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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-6-3 18:34:13 | 只看该作者 Only view this author
bean233 发表于 2025-6-3 18:09
老师您好,我还有个疑问,我的结构和图片里这个应该是有一定相似性的,C=O键作活性位点属于图中的N型物质 ...

这叫做“在嵌入锂离子的同时增加一个电子”
把话说全了,你只说嵌入锂离子,不说增加了电子,别人没法给你正确的指导
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2025-6-3 18:51:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-3 18:34
这叫做“在嵌入锂离子的同时增加一个电子”
把话说全了,你只说嵌入锂离子,不说增加了电子,别人没法给 ...

对不起老师,今后我一定注意我的表达,把全部的信息都提供到位,再次表达歉意。

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发表于 Post on 2025-6-9 15:13:59 | 只看该作者 Only view this author

优化结构出现报错

本帖最后由 paperz 于 2025-6-29 10:55 编辑

想要研究弱相互作用,并得到优化结构和单点能。
在“%nprocshared=48
%mem=48GB
%chk=5.chk
#p opt freq b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=(solvent=water) em=gd3bj”该条件下优化。
但是我调整了好几次初始结构,找了很多解决方法,也取过最后一步的计算结果继续算,总是出现“Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.”报错。单个分子在这个条件下优化没有报错,将这些分子放在一起优化就会报这种错误。查找了常见问题解决方法的帖子,发现并不是chk文件的错误。参考帖子“http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html”,按照帖子里面的方法似乎并没有找到我的文件的错误。请问各位老师文件具体的错误在哪里? 目前正在尝试解决,如解决成功,将回来再次更新结果.更新一下解决进度,之前删了缓存文件,发现还是报错。后面尝试从g09换到g16之后,用相同的gjf文件计算,问题就解决了,不再报“Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.”错误。应该不是硬盘和方法的问题,如果有友友遇到这种问题,可以尝试更换高斯版本,也许是g09的bug。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-9 18:43:25 | 只看该作者 Only view this author
paperz 发表于 2025-6-9 15:13
优化的分子分别是三甲基氧磷,1-苯基-1,3丁二酮,一分子的水,Li。想要研究弱相互作用,并得到优化结构和 ...

8成是程序bug。基于最后的结构,继续优化
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发表于 Post on 2025-6-10 16:18:47 | 只看该作者 Only view this author

怎么选择泛函和基组

各位老师,我的体系是含有6个氧原子,两个硫原子,两个碳原子,两个氢原子,一个锌离子,做结构优化和能量计算时选用什么合适泛函和基组?

微信图片_20250610161637.png (28.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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发表于 Post on 2025-6-10 18:45:26 | 只看该作者 Only view this author
这种体系,泛函、基组的选择倒是次要的,主要决定精度的因素是构型搜索和显式溶剂化。
结构优化,泛函用PBE0-D3问题不大,基组对氧用ma-def2-TZVP,其他用def2-TZVP;单点能用DLPNO-CCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-10 22:59:16 | 只看该作者 Only view this author
XxxXOO 发表于 2025-6-10 16:18
各位老师,我的体系是含有6个氧原子,两个硫原子,两个碳原子,两个氢原子,一个锌离子,做结构优化和能量 ...

如果你用Gaussian,PBE0/def-TZVP做opt freq。至于单点用什么级别,取决于算能量具体干什么用,不交代具体没法推荐最佳选择。
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发表于 Post on 2025-6-12 09:51:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,我查阅BSE和orca的基组数据库时,发现F12系列没有弥散版本,请问如果计算分子间高精度弱相互作用
对方法进行比较
选ccsd(t)F12计算用还是用普通ccsd(t)方法带aug弥散

我以为这里的问题核心是F12的完备程度
成本的话应该是后者高?

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发表于 Post on 2025-6-12 10:11:00 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-6-12 09:51
老师,我查阅BSE和orca的基组数据库时,发现F12系列没有弥散版本,请问如果计算分子间高精度弱相互作用
对 ...

F12基组自带弥散函数,看F12基组的基函数组成就知道了。例如cc-pVTZ-F12和aug-cc-pVTZ是接近的。
F12基组自带弥散函数的原因是,F12方法对电子相关能的基组误差的校正非常好,但不擅长校正HF能量的误差,尤其不擅长校正原子轨道尾部的误差,所以需要在基组里增加弥散函数来弥补
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-6-12 10:31:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-12 10:11
F12基组自带弥散函数,看F12基组的基函数组成就知道了。例如cc-pVTZ-F12和aug-cc-pVTZ是接近的。
F12基 ...

好的老师 谢谢您的回答

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发表于 Post on 2025-6-13 15:35:31 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我的体系是一个氟代碳笼里包封两个氮气分子和两个过剩电子的磁自旋耦合,首先使用Gaussian软件分别在开壳层单重态(加关键词guess=mix)和三重态下结构优化,分别得到两个没有虚频的结构,并加关键词stable=opt进行能量计算(开壳层单态同时使用了guess=mix关键词),然后能量对比得到开壳层单态能量低,是基态。对此体系的开壳层单重态和三重态也分别了不小于8ps的CP2K动力学模拟,分别取动力学后期一个周期的几个单点结构同样使用Gaussian软件用关键词stable=opt  ,guess=mix (开壳层单态中)算能量,发现目前开壳层单态动力学轨迹一个变化周期内取点 8 个中,均为三重态能量更低是基态,且三重态动力学轨迹一个变化周期内取点10个中,有一半为三重态能量更低是基态,泛函和基组是B3LYP-D3BJ/6-311+G(d,p)。请问老师这种情况合理吗?是否可能三重态为基态,需要再次换个初始结构进行结构优化和能量计算呢?

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发表于 Post on 2025-6-13 21:58:09 | 只看该作者 Only view this author

各位老师好,我想使用gaussain计算这个反应的反应过程(势能面)。我有几个问题
1. 自旋多重度:目前我能理解的是原料40,3和产物4的自旋多重度都是1。激发态F和G的自旋多重度为3。麻烦各位老师看看对不对
2. F-G的过程:这是一个自由基加成反应,F, G和过渡态都是自旋多重度为3。优化关键词opt=(calcfc,ts,noeigen,gdiis) freq guess=mix scrf=(solvent=ch3cn) def2svp em=gd3 m062x这样写对不对呢?
3. G-4的过程:ISC过程怎样计算呢?有点不太理解,反应过程的自旋多重度怎么设置?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-15 05:09:48 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2025-6-13 15:35
老师好,我的体系是一个氟代碳笼里包封两个氮气分子和两个过剩电子的磁自旋耦合,首先使用Gaussian软件分别 ...

别光看能量高低,要看能量相差多少
两个单电子位点如果自旋耦合作用较弱,自旋平行和反平行的能量差很小,MD过程中结构的波动就很可能造成两个态能量顺序的改变。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-15 05:48:00 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2025-6-13 21:58
各位老师好,我想使用gaussain计算这个反应的反应过程(势能面)。我有几个问题
1. 自旋多重度:目前我 ...

1 如果你要按照Lewis式所画的状态来计算,对

2 算三重态不需要guess=mix。那是自旋极化单重态计算才涉及的,看下文
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
并且我不推荐M06-2X做opt freq任务,容易出虚频而且贵。用B3LYP或更稳但更贵一点的wB97XD都可以

3 取决于你想算什么。如果要找MECP,参考下文的讨论
使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286http://bbs.keinsci.com/thread-865-1-1.html
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发表于 Post on 2025-6-15 07:46:11 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2025-6-13 21:58
各位老师好,我想使用gaussain计算这个反应的反应过程(势能面)。我有几个问题
1. 自旋多重度:目前我 ...

ISC速率用ORCA的ESD模块计算
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