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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-19 11:58:10 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-5-19 09:50
这个报错l9999,这个算是振荡吗,应该怎么处理比较好呢?感谢老师答复

典型的震荡,认真看下文。甭写=cartesian、甭用SMD,自找难收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2025-5-20 12:18:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2025-5-20 12:20 编辑

各位老师好,请问对于判断 吸附位点 (主要研究有机光催化),静电势原子电荷这两种判据,哪一种更合适该分析呢?

事实上这个领域绝大多数研究,都会用静电势来粗略/预判断吸附位点。
但我会有这个疑问是因为在计算 有机阳离子分子(光催化剂)时,结果显示即使 最“负” 的羰基氧,其ESP也为正值。但动力学+量化计算结果以及实验结果都表明,小分子与催化剂的吸附位点在氧上,而且是氢键,这个时候采用 ESP 结果似乎就有一些“矛盾”。

还望各位老师指点迷津,感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-21 04:21:18 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2025-5-20 12:18
各位老师好,请问对于判断 吸附位点 (主要研究有机光催化),静电势和原子电荷这两种判据,哪一种更合适该 ...

你只需要关心静电势的相对正负,总值是正是负不是当前需要关心的

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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2025-5-28 10:05:25 | 只看该作者 Only view this author
QMMM在没有单晶结构的时候如何进行建模呢?摆放位置怎么看?之前做的时候都是通过用cif文件导入到Mercury 3.8这个软件里进行晶胞叠加,然后导出为高斯可以打开的格式。

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发表于 Post on 2025-5-28 12:38:55 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-5-28 10:05
QMMM在没有单晶结构的时候如何进行建模呢?摆放位置怎么看?之前做的时候都是通过用cif文件导入到Mercury 3 ...

你研究的是蛋白,还是MOF,还是金属氧化物,还是其他的什么体系?视体系不同,建模方式非常不一样
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2025-5-28 13:12:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-5-28 12:38
你研究的是蛋白,还是MOF,还是金属氧化物,还是其他的什么体系?视体系不同,建模方式非常不一样

谢谢老师答复,是我没有说清楚,就是一个纯的固体的荧光小分子,不是蛋白,不是MOF,也不是金属氧化物。

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发表于 Post on 2025-5-28 14:25:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 bean233 于 2025-5-28 15:10 编辑

老师好,我根据博客里计算溶剂DOL:DME=1:1的条件下的单点能和频率,eps我查过了是7.15,我输入的这两个文件一直报错,刚输入进去就立马退出,是我的输入文件写错了吗?以下是我的报错信息
Exited with exit code 1.

Resource usage summary:

    CPU time   : 0.13999999999999999 sec.
    Max Memory :                21 MB
    Max Processes  :               1


The output (if any) follows:

Loading Gaussian09 - 09 : /storage/public/apps/software/Gaussian/g09
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 000014c4a111cafb
   rdx 0000000000000000, rsp 00007ffd759c7ee8, rbp 00007ffd759c8460
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000011886e, r8  0000000200001000
   r9  000014c4a1c54080, r10 0000000000000006, r11 0000000000000206
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007ffd759c84a8
   r15 00000000000003e6
  --- traceback not available

2NQ-DFP.gjf

3.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

2NQ-DFP.gjf

3.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

输出结果.rar

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发表于 Post on 2025-5-28 15:00:11 | 只看该作者 Only view this author
bean233 发表于 2025-5-28 14:25
老师好,我根据博客里计算溶剂DOL:DME=1:1的条件下的单点能和频率,eps我查过了是7.15,我输入的这两个文件 ...

上传完整输出文件
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-5-28 15:03:03 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-5-28 13:12
谢谢老师答复,是我没有说清楚,就是一个纯的固体的荧光小分子,不是蛋白,不是MOF,也不是金属氧化物。

如果这个分子的结构不是那种一看就特别难结晶的,建议找实验合作把这个单晶长出来。
否则审稿人肯定觉得你长个单晶、解个结构就是顺手的事,即使你做的是纯计算也是如此。
如果没有实验合作条件,且已知单晶环境主要是以介电环境的形式对荧光起作用的,那么建议用隐式溶剂模型,选一个大体能反映晶体环境的介电常数
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-5-28 15:11:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 bean233 于 2025-5-28 15:12 编辑
wzkchem5 发表于 2025-5-28 15:00
上传完整输出文件

您好老师,我在刚才的回帖中把输出文件全加上了,这就是两个输出结果

输出结果.rar

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发表于 Post on 2025-5-28 15:41:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-5-28 15:03
如果这个分子的结构不是那种一看就特别难结晶的,建议找实验合作把这个单晶长出来。
否则审稿人肯定觉得 ...

谢谢老师耐心解答。
我的这个工作是一个可以发生光致异构化的分子,在异构化之前是有单晶结构的,但是光照后,异构化后的结构也不可能养单晶,
我是想通过QM/MM算他光照前后一些光物理性质的变化,尤其是光谱的变化。
异构化之前的分子因为有单晶可以成功建模并进行计算分析,但是我在想异构化之后的分子该如何建模进行计算,总不能在之前有单晶的分子上直接改结构再优化吧,用隐式溶剂模型和QMMM算出来的区别也很大,尤其是光谱,这样和实际单晶结构差的远,不好比较了。

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发表于 Post on 2025-5-28 16:57:56 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-5-28 15:41
谢谢老师耐心解答。
我的这个工作是一个可以发生光致异构化的分子,在异构化之前是有单晶结构的,但是光 ...

你要研究的是以下哪种情况:
(1)原来的分子在溶液里异构化,然后在溶液里测荧光光谱
(2)原来的分子在溶液里异构化,然后长成晶体,测荧光光谱
(3)原来的分子先长成单晶,然后异构化,然后测荧光光谱,全程不涉及溶剂

(1)只需要对异构化后的分子做构象搜索就行了,(3)在原来的单晶结构上直接改结构问题不大,主要难的是(2)。如果有充足的论据说明异构化后的结构几乎不可能长单晶,那可以用一些团簇构型搜索的方法,搜足够大的分子团簇的结构,然后以大团簇代替单晶做计算(或者仿照大团簇的结构自己搭单晶结构,但我不确定这样做一般大家是否认可)
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-5-28 16:58:44 | 只看该作者 Only view this author
bean233 发表于 2025-5-28 15:11
您好老师,我在刚才的回帖中把输出文件全加上了,这就是两个输出结果

错误信息说得很清楚了
Using the following non-standard input for PCM:
eps=7.15
epsinf=1.9
End of line while reading PCM input.
检查溶剂相关输入的正确性,尤其是空行的数目
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-5-28 19:07:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-5-28 16:57
你要研究的是以下哪种情况:
(1)原来的分子在溶液里异构化,然后在溶液里测荧光光谱
(2)原来的分子 ...

非常感谢老师,我的是纯固体分子,属于(3)情况,测试也是固体紫外,异构化也是在固体的状态下光照后变色再测紫外吸收的。
还有个小问题,如果是(3)情况的话,QM/MM只需要改QM的分子构型就好了嘛,MM需要一起改构型吗?
我想根据sob老师这个帖子的步骤进行光谱的计算预测http://sobereva.com/579

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发表于 Post on 2025-5-28 19:26:59 | 只看该作者 Only view this author

关于配合物相互作用能的计算问题

请教一下,含多个配体的配合物在计算配体-中心离子相互作用能时,是将体系拆分为中心离子和所有配体两部分,计算二体相互作用能吗?

本版积分规则 Credits rule

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