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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-5-28 21:18:22 | 只看该作者 Only view this author
你想计算哪两部分的 就拆哪俩

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发表于 Post on 2025-5-28 21:43:27 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,我想通过电子能垒判断一个弱酸的水解反应能否进行,但在论坛内搜索发现酸碱中和反应一般没有能垒,于是我做了酸根和水的质子距离减小的势能面扫描
扫描结果是没有出现峰值,ORCA进行了多次optTS也没有找到过渡态,请问能否用产物和反应物的电子能量差值来判断反应能否进行?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 07:46:19 | 只看该作者 Only view this author
Eianghuan 发表于 2025-5-28 21:43
请教老师,我想通过电子能垒判断一个弱酸的水解反应能否进行,但在论坛内搜索发现酸碱中和反应一般没有能垒 ...

把具体反应式,最好是连同输入文件给出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 07:48:27 | 只看该作者 Only view this author
bean233 发表于 2025-5-28 14:25
老师好,我根据博客里计算溶剂DOL:DME=1:1的条件下的单点能和频率,eps我查过了是7.15,我输入的这两个文件 ...

输入文件末尾空行数不够。最起码两个空行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 08:12:26 | 只看该作者 Only view this author
ddlpy 发表于 2025-5-28 19:26
请教一下,含多个配体的配合物在计算配体-中心离子相互作用能时,是将体系拆分为中心离子和所有配体两部分 ...

你若想计算中心金属与所有配体的相互作用能,就是。如果只是打算计算其中一个配体解离能,就不是
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发表于 Post on 2025-5-29 09:09:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2025-5-29 09:10 编辑
〇66 发表于 2025-5-28 19:07
非常感谢老师,我的是纯固体分子,属于(3)情况,测试也是固体紫外,异构化也是在固体的状态下光照后变 ...

取决于异构化时是极少部分分子异构化,还是绝大部分分子都异构化了。前者不应该改MM构型,后者必须改
此外如果异构化后体系仍然是结晶态的,那么原则上可以尝试从异构前的分子的单晶出发,进行光异构化,然后看异构化后是不是也是单晶,如果是的话就可以解出结构
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-5-29 09:12:30 | 只看该作者 Only view this author
Eianghuan 发表于 2025-5-28 21:43
请教老师,我想通过电子能垒判断一个弱酸的水解反应能否进行,但在论坛内搜索发现酸碱中和反应一般没有能垒 ...

要用自由能差而非能量差。其他没问题
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2025-5-29 10:24:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-29 07:46
把具体反应式,最好是连同输入文件给出来

老师,ORCA输入文件如下
过渡态搜寻:
! B3LYP D3 def2-TZVP(-f) def2/J RIJCOSX optTS freq DefGrid3 verytightSCF noautostart miniprint
%maxcore    32000
%pal nprocs  32 end
%geom Calc_Hess true end
* xyzfile   -2   1 TS0520_2.xyz

势能面扫描:
! B3LYP/G ma-def2-svp opt DefGrid3 verytightSCF noautostart miniprint
%geom
  Scan
  B 28 54 =1.42127,0.90,40
  end
end  
%maxcore    32000
%pal nprocs  32 end
* xyzfile   -2   1 scan_4.xyz

反应式如下

file:///C:/Users/hjc/Desktop/%E5%9B%BE%E7%89%871.png

202505291024525573..png (82.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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发表于 Post on 2025-5-29 10:24:33 | 只看该作者 Only view this author

高斯模拟的小分子和氮化碳结合,一直无法收敛,万分求助

详细内容如下,已经改成loose了,还是一直不收敛,绝望,求大神帮助
%chk=DCSeV+2Pt-CN-3.chk
%nprocshared=56
%mem=40GB
#p opt=loose freq b3lyp/genecp

DCSeV+2Pt-CN-3

2 1
N                  9.27519500    2.24766800    2.28161500
C                  9.08668800    2.24976600    0.90594800
N                  8.88925900    1.09286800    0.34221000
C                  9.38168100    1.05557000    3.02573000
N                 14.09186200   -3.35118800    1.45144100
N                 11.13988700   -3.43133300   -0.79808700
N                 11.81222200   -3.86651800    1.45587300
C                 12.91970400   -3.42533300    2.12678800
N                  9.07785100    3.49697400    0.34481300
C                  9.06081900    3.54541000   -0.97645500
N                  9.10003800    2.35297300   -1.71705400
C                  8.62936900    1.12641200   -1.03836200
N                 10.03503500   -3.46753900   -3.02321500
C                 10.67235300   -4.02809700   -1.84977900
N                  9.31984800    0.06054400   -1.72636000
N                 10.58910800   -5.37294600   -2.08577100
C                 10.83761200   -6.29906200   -1.02352400
N                 11.20892700   -5.78146800    0.11213200
N                  9.05304100    4.69753600   -1.65457900
N                  8.80610500    3.48804100   -3.74951300
C                  8.85110000    2.35650600   -3.08768300
N                  8.71899600    1.14996800   -3.73327200
C                  9.14237300    0.10924900   -3.04545600
N                  9.42234100   -1.13026400   -3.68732000
C                  9.92057800   -2.08359400   -2.84565900
N                  9.63765700   -4.42107100   -3.79824300
C                  9.90237500   -5.69515000   -3.27718300
N                  9.59838200   -6.93996600   -3.57250900
C                 10.01479200   -7.82278700   -2.59111400
N                 10.56671100   -7.56703900   -1.37291700
N                 11.40770300   -1.35100400    3.52885300
C                 10.61425600   -0.44763900    4.38802000
N                 10.46030400    0.79239600    3.64814800
N                 12.95092100   -3.11756700    3.39502100
C                 12.16923500   -2.32730200    4.13867300
N                 12.22537600   -2.40761600    5.45885400
C                 11.84844500   -1.27945300    6.14074600
N                 11.19479700   -0.23187800    5.67433800
N                 12.25575200   -1.24230600    7.43332200
C                 11.79294900   -4.45046300    0.14052000
C                  8.98081100    4.60956300   -2.98827200
N                  9.07928100    5.75487100   -3.68420900
N                  9.79045400   -9.11743500   -2.86612000
Pt                10.44140600   -1.46266300   -1.06947000
N                  8.23002000    0.26104600    3.01994100
C                 -2.29345700    6.14933800   -0.78151300
N                 -2.51289400    6.97894800   -1.83884500
C                 -1.48829200    7.70924600   -2.38022600
C                 -0.21822100    7.64632000   -1.87729900
C                  0.05532100    6.80678200   -0.76687400
C                 -1.03125500    6.05422400   -0.23851400
C                  1.28964100    6.61368200   -0.07773300
C                  2.55131600    7.20480700   -0.33678300
C                  3.61873800    6.90783100    0.46851300
N                  3.50023100    6.04277500    1.52151800
C                  2.30478200    5.43681100    1.79817400
C                  1.20564900    5.70394900    1.01761100
C                  4.63976100    5.82584500    2.44887500
C                  5.19004400    4.41103800    2.46435700
C                  4.86177000    3.44501800    1.51171100
C                  5.44698000    2.18193000    1.56620400
C                  6.38614600    1.87799000    2.55291600
C                  6.68654000    2.83384100    3.52772400
C                  6.09516000    4.09024300    3.48186000
C                  6.91983900    0.47848200    2.60954400
C                 -5.52363500    6.94466100   -0.57386100
C                 -6.58502200    6.31502800    0.05871400
C                 -7.15591500    5.15725300   -0.48842100
C                 -6.65467900    4.65034900   -1.69279400
C                 -5.57507700    5.27489100   -2.31797700
C                 -4.99914300    6.42193400   -1.76637300
C                 -3.87920900    7.13022000   -2.47427700
Se                -0.53683300    4.97596500    1.24952100
C                 -8.34710500    4.58992100    0.26575300
O                  6.19437000   -0.47330500    2.38508900
N                -13.27284500   -2.54881400    2.73050000
C                -12.53715300   -3.65308000    2.37024600
N                -11.35037100   -3.44887500    1.84754400
C                -13.08264500   -1.22065200    2.26783100
N                 -8.71681300    3.30572500   -0.12721600
N                 -9.00863700   -0.69419100   -1.08972200
N                -10.05956100    1.40484600   -0.41336200
C                 -9.90050800    2.64312300    0.19632900
N                -13.13466500   -4.87013800    2.57896100
C                -12.67580800   -5.90169700    1.87797800
N                -11.53946300   -5.71620400    1.06634300
C                -10.66050400   -4.65710700    1.55994600
N                 -7.91940600   -2.54136900   -2.26220000
C                 -8.26063000   -1.19591200   -2.01749700
N                 -9.78260200   -4.34797200    0.48216600
N                 -7.69936300   -0.53594800   -3.03356900
C                 -7.61829100    0.86548500   -3.04652700
N                 -8.31637500    1.48843200   -2.11777000
N                -13.26451700   -7.10228100    1.85239700
N                -11.52596500   -7.94867800    0.36145800
C                -10.95540900   -6.77432600    0.36773900
N                 -9.81621200   -6.53215800   -0.37689300
C                 -9.41097800   -5.28992500   -0.36649000
N                 -8.56344400   -4.73843500   -1.40039900
C                 -8.43328900   -3.40122000   -1.37263900
N                 -7.13589300   -2.68310900   -3.44156500
C                 -6.97301400   -1.42205000   -3.85072200
N                 -6.22924000   -0.89346200   -4.80929700
C                 -6.17960500    0.46645100   -4.80416600
N                 -6.80257600    1.36408800   -3.97880400
N                -12.04699400    1.48382000    1.95219300
C                -13.26238100    1.14519700    2.77041000
N                -13.43528700   -0.25834100    3.05229200
N                -10.79828600    3.22199300    0.91477200
C                -11.97369800    2.73559600    1.40458400
N                -13.04644500    3.50937500    1.31056700
C                -14.25435600    2.91825600    1.62168300
N                -14.43672800    1.72855600    2.17377300
N                -15.34951200    3.65023500    1.26471100
C                 -9.40035900    0.74530900   -1.52681200
C                -12.68331000   -8.04619900    1.09831400
N                -13.29822300   -9.23422200    1.00872600
N                 -5.40351500    1.00643500   -5.76493300
Pt                -9.31505500   -2.50042200    0.07263500
N                -12.64024200   -1.11845400    0.93691900
O                 -8.88517700    5.24551600    1.12777100
H                  9.64851200    3.09431800    2.68406800
H                 14.90299500   -3.11278100    1.99817700
H                 14.20785200   -3.55815800    0.47577200
H                 10.93989800   -3.84990600    1.96483600
H                  7.55126100    1.01844500   -1.26745700
H                  9.61798800   -1.12974400   -4.68296200
H                 11.71923900   -0.96115100    2.64953600
H                  9.64428500   -0.94237900    4.60159900
H                 11.94368900   -0.49463400    8.02781600
H                 12.75953200   -2.02799900    7.80896800
H                 12.83035600   -4.53233900   -0.20214400
H                  9.01932800    5.72949500   -4.68855400
H                  9.21457600    6.62113300   -3.19076600
H                 10.06342600   -9.81720900   -2.19344800
H                  9.41242000   -9.37800200   -3.76340800
H                  8.36475300   -0.71390400    3.25702100
H                 -3.15124400    5.60530300   -0.41300800
H                 -1.74735100    8.34247500   -3.21808800
H                  0.55231800    8.25078500   -2.33785300
H                  2.69851500    7.89608300   -1.15635400
H                  4.60041100    7.32919100    0.30629000
H                  2.29153200    4.76860400    2.64823600
H                  4.29493300    6.11996300    3.44422900
H                  5.42332500    6.52926100    2.16232400
H                  4.16668800    3.66470000    0.70938500
H                  5.18390000    1.42045100    0.84271700
H                  7.34547800    2.58526800    4.35078000
H                  6.34413600    4.82282800    4.24306800
H                 -5.11537900    7.85764800   -0.15046600
H                 -7.01752400    6.71738500    0.96633900
H                 -7.12271700    3.80555000   -2.18640100
H                 -5.20838600    4.87810900   -3.25918100
H                 -3.77990700    6.77737200   -3.50261800
H                 -4.06866500    8.20584600   -2.50288300
H                -14.06337300   -2.70710800    3.34231600
H                 -8.16104600    2.82680100   -0.83756200
H                -10.83055600    0.85935200   -0.04864900
H                -10.09755800   -5.03371700    2.43576400
H                 -8.16706000   -5.33129000   -2.12444400
H                -11.19910400    0.95915900    2.15502300
H                -13.09771500    1.63065900    3.75171300
H                -16.26576400    3.26792500    1.43221500
H                -15.22618200    4.47243300    0.69430800
H                -10.18162400    0.55049300   -2.28009600
H                -12.89342900   -9.96061700    0.43837600
H                -14.13618800   -9.39669600    1.54223200
H                 -5.36105100    2.00639300   -5.86038000
H                 -4.96625300    0.39843600   -6.44057400
H                -12.57145400   -2.00394000    0.43461300
H                -13.09033100   -0.36731700    0.40781000

Pt 0
SDD
****
H C N O Se 0
6-311g(d,p)
****

Pt 0
SDD









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发表于 Post on 2025-5-29 10:25:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-5-29 09:12
要用自由能差而非能量差。其他没问题

好的,谢谢wzkchem5老师!

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4436#
发表于 Post on 2025-5-29 10:44:29 | 只看该作者 Only view this author
有Pt最好不要用B3LYP。基组可以先改小一点优化看看。另外就是你这个能量相近的构象很多。建议先用xTB之类的方法优化一下,同时搜索构象。得出初步结果再用高级方法和基组优化。

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4437#
发表于 Post on 2025-5-29 11:25:25 | 只看该作者 Only view this author
610372498 发表于 2025-5-29 10:24
详细内容如下,已经改成loose了,还是一直不收敛,绝望,求大神帮助
%chk=DCSeV+2Pt-CN-3.chk
%nprocshar ...

必须加色散校正,否则即使收敛了结果也不可用
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 11:52:32 | 只看该作者 Only view this author
610372498 发表于 2025-5-29 10:24
详细内容如下,已经改成loose了,还是一直不收敛,绝望,求大神帮助
%chk=DCSeV+2Pt-CN-3.chk
%nprocshar ...

认真看下文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2025-5-29 11:54:50 | 只看该作者 Only view this author

使用高斯对小分子结构进行优化后,输出的mol2文件成键与原始结构不一样

使用高斯对小分子构象进行优化,但是优化后的结构成键发生变化,特别是苯环和双键。这样的问题要怎么解决?生成的.fchk文件还可以后续用吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 11:55:58 | 只看该作者 Only view this author
Eianghuan 发表于 2025-5-29 10:24
老师,ORCA输入文件如下
过渡态搜寻:
! B3LYP D3 def2-TZVP(-f) def2/J RIJCOSX optTS freq DefGrid3  ...

难道你要研究真空下的过程?溶剂模型都没有。而且净电荷也不该是-2
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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