简单量子化学问题答疑专帖

sobereva

Mary_p 发表于 2025-5-29 11:54
使用高斯对小分子构象进行优化，但是优化后的结构成键发生变化，特别是苯环和双键。这样的问题要怎么解决？ ...

仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）
甭管可视化程序怎么显示的

bean233

sobereva 发表于 2025-5-29 07:48
输入文件末尾空行数不够。最起码两个空行

谢谢老师，问题解决了

610372498

sobereva 发表于 2025-5-29 11:55
难道你要研究真空下的过程？溶剂模型都没有。而且净电荷也不该是-2

老师，之前是因为持续不收敛，就想着先把溶剂模型去掉了，担心计算量过大，电荷数是因为我的文件是把一个紫精小分子和氮化碳复合了，氮化碳自身不带电，紫精是带2价的，所以价态定了个2，有劳您帮忙看下该如何修改

Eianghuan

sobereva 发表于 2025-5-29 11:55
难道你要研究真空下的过程？溶剂模型都没有。而且净电荷也不该是-2

sobereva老师，我一开始的想法是先在真空条件下寻找过渡态，如果找到了再在隐式溶剂环境下算单点。
请问optTS的时候就必须带上隐式溶剂模型是吗？
计算的时候用的电荷是-1，不好意思贴上来的文件忘了更改了

sobereva

Eianghuan 发表于 2025-5-29 17:17
sobereva老师，我一开始的想法是先在真空条件下寻找过渡态，如果找到了再在隐式溶剂环境下算单点。
请问 ...

必须带
极性溶剂对带净电荷体系的势能面的影响大了去了

moiumuio

北大-陶豫 发表于 2025-5-11 20:28
I'd recommend you to do opt freq job without diffuse function (or diffuse for significant negative ...

Hi,
I want to ask, should I add the diffused function on all atoms or on heavy atoms only, since I have read posts of the admin that the diffused function on H is not needed
Thank you

Eianghuan

sobereva 发表于 2025-5-29 17:19
必须带
极性溶剂对带净电荷体系的势能面的影响大了去了

好的我明白了，谢谢sobereva老师

北大-陶豫

moiumuio 发表于 2025-5-29 17:44
Hi,
I want to ask, should I add the diffused function on all atoms or on heavy atoms only, since  ...

diffused function is meant to describe diffused wavefunction (e.g. on negative-charged atoms) better. You can choose to use diffused functions on negative-charged atoms only, but remember to be consistnt when comparing across different systems. For example, if you calculate p-hydroxybenzoate anion, you can choose to diffuse only the two O atoms on carboxylate (the O atom on phenol OH is not diffused); if you want to compare it with o-hydroxybenzoate anion, still diffuse only the two O atoms on the carboxylate of o-hydroxybenzoate. An example is given as follows:

1. %chk=p-hydroxybenzoate.chk
   
2. # B3LYP/gen
   
3. 
   
4. Title Card Required
   
5. 
   
6. -1 1
   
7. C                  0.00284057   -0.70719646    0.00000000
   
8. C                  1.22680428   -0.02167001    0.00000000
   
9. C                  1.24406085    1.37970710    0.00000000
   
10. C                  0.04096098    2.09538363    0.00000000
    
11. C                 -1.18205902    1.41112590    0.00000000
    
12. C                 -1.20110806    0.00871920    0.00000000
    
13. H                  2.14568099   -0.56983467    0.00000000
    
14. H                  2.17845037    1.90141040    0.00000000
    
15. H                 -2.10273394    1.95731725    0.00000000
    
16. H                 -2.13428604   -0.51295152    0.00000000
    
17. C                 -0.01724851   -2.24677758    0.00000000
    
18. O                 -1.15172352   -2.88351879    0.00000000
    
19. O                  1.10205962   -2.91127766    0.00000000
    
20. O                  0.05827755    3.52604564    0.00000000
    
21. H                 -0.84152697    3.85831432    0.00000000
    
22. 
    
23. C H 14 0
    
24. 6-311G*
    
25. ****
    
26. 12 13 0
    
27. 6-311+G**
    
28. ****
    
29. 
    
30. 
    

复制代码

For more details see: http://sobereva.com/60

bean233

老师好，我是使用gaussian09计算了在溶剂条件下的分子嵌入锂离子的freq计算，发现一直报错，运行一分钟就强制终止了计算，也没出具体的报错信息，请问这种情况如何解决？是计算设置的内存问题吗？

chands

bean233 发表于 2025-6-1 12:25
老师好，我是使用gaussian09计算了在溶剂条件下的分子嵌入锂离子的freq计算，发现一直报错，运行一分钟就强 ...

Inaccurate quadrature in CalDSu.

http://bbs.keinsci.com/thread-4287-1-1.html

但是你的体系是一个中性分子加三个Li+, 还在某溶液中，Li+不溶剂化吗？

bean233

请问各位前辈老师们，我在做一个有机分子嵌入金属离子的模型计算，确定了有机分子在嵌入金属离子的时候会去质子化，有机分子上会多产生一个电子，总体电荷数仍然保持为0，我想请问如下两个问题：1.一共分子可以嵌入四个离子，拿锂离子举例，在分别嵌入1、2、4个锂离子时，设置自旋多重态为2 1 1，对吗？理由是分别在嵌入过程中去掉1、2、4个质子，相当于多引入1、2、4个电子，因此分别就有1、0、0个未成电子数，所以自旋多重态是2S+1=2、1、1，我这样理解是正确的吗？
2.我在b3lyp/6-31g(d,p)基组下进行opt freq的计算，发现最后freq计算后面两项converge结果是no，且出现虚频，根据卢老师的帖子，我在初步优化的结果上，进一步进行这样优化设置是否合理：%nprocshared=16
%mem=16GB
%chk=/storage/public/home/2024131041/guassin/2NQ_DFP/6.3freq/1li.chk
# b3lyp/6-31g(d,p) empiricaldispersion=gd3bj int=ultrafine opt(tight,calcall) freq

chands

bean233 发表于 2025-6-3 15:38
请问各位前辈老师们，我在做一个有机分子嵌入金属离子的模型计算，确定了有机分子在嵌入金属离子的时候会去 ...

Li+离子是闭壳的，alpha电子数=beta电子数。总自旋为0。
那个去质子化的分子是闭壳的吗？那么总自旋也是0。
于是最后分子加上Li+的结构总自旋就是0， 自旋多重度=2X0+1=1。
保险的话，上传结构看一看。

bean233

chands 发表于 2025-6-3 16:06
Li+离子是闭壳的，alpha电子数=beta电子数。总自旋为0。
那个去质子化的分子是闭壳的吗？那么总自旋也是 ...

好的老师，我上传一下结构，我在计算嵌入一个锂离子的时候，设置0 1是无法计算的，只有在0 2的自旋多重度设置下才能计算。嵌入2、4个电子的时候设置0 1是可以继续计算的

chands

bean233 发表于 2025-6-3 16:10
好的老师，我上传一下结构，我在计算嵌入一个锂离子的时候，设置0 1是无法计算的，只有在0 2的自旋多重度 ...

这两个分子都是闭壳中性的，你加了一个Li+离子，除非分子脱出一个H+什么的，就应该设1 1，不是0 1，因为加了一个Li+离子，体系带一个单位正电荷。

bean233

chands 发表于 2025-6-3 17:12
这两个分子都是闭壳中性的，你加了一个Li+离子，除非分子脱出一个H+什么的，就应该设1 1，不是0 1，因为 ...

老师您好，我还有个疑问，我的结构和图片里这个应该是有一定相似性的，C=O键作活性位点属于图中的N型物质，如果按照嵌入锂离子后1 1的话，计算出来homo-lumo能级的走向与参考文献完全不同，设置成0 2 等计算的化，homo-lumo的变化趋势才相同，当然这个不能完全说明哪种计算方法是对的，文献中给出的原理是有机分子在嵌入锂离子的同时去质子化，有机分子上多出来电子，然后整个体系的电荷还是0