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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-17 17:09:41 | 只看该作者 Only view this author
swlaaaa 发表于 2015-10-17 16:42
好的。

自己是之前完全没接触过量化。刚才翻了一下赖文写的量子化学,没有发现可以直接计算化合物自由 ...

必须得用量化程序算

这只是量化计算中的众多问题之一,Levine的书里也有提到,但是只是很少一部分。
经典基础量化书很多,除了levine的还有比如Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer),都仔细看了就自然明白了。

首先得弄明白常用的理论方法、基组,怎么得到热力学数据,最好搞明白热力学组合方法的思路,再搞明白溶剂模型。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-10-17 17:20:30 | 只看该作者 Only view this author
好的。

现在就想赶紧找个最安静的地方看书然后解决这个问题。

非常感谢。

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发表于 Post on 2015-10-18 15:42:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-16 21:18
下个MOPAC2012啊,又不要钱
MOPAC2012安装方法
http://sobereva.com/262

Sob老师正在尝试mopac

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发表于 Post on 2015-10-18 15:45:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,我安装完,打开mop,显示该页面,但是马上闪退

无标题.png (89.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

无标题.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-18 17:06:42 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2015-10-18 15:45
老师,我安装完,打开mop,显示该页面,但是马上闪退

已经安完了啊,直接双击你自己的.mop输入文件运行就得了。
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发表于 Post on 2015-10-19 09:16:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 哈哈宝 于 2015-10-19 10:29 编辑
sobereva 发表于 2015-10-18 17:06
已经安完了啊,直接双击你自己的.mop输入文件运行就得了。

老师,我输入文件如下
PM6-D3 CHARGE=0
bid
All coordinates are Cartesian
N                  2.99001308   -6.47343052    5.59773691
N                  4.16523810   -6.25952632    5.89925831
C                  1.58775596   -6.72865712    5.23796707
C                  1.25427765   -7.85693642    4.48813411
C                  0.59058410   -5.84295658    5.64629410
........

几秒后out文件出现JOB ENDED NORMALLY
== MOPAC DONE ==
是正常结束了么?结束后如何能找到复合物的生成焓?
是这个么? FINAL HEAT OF FORMATION =         88.73432 KCAL/MOL =     371.26438 KJ/MOL
然后如果要求这两个共轭分子之间的pi-pi相互作用该如何处理?我将复合物结构导出,用gview看了一下,发生了扭曲,这样的结果合理么?
求大神指点



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-19 15:55:02 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2015-10-19 09:16
老师,我输入文件如下
PM6-D3 CHARGE=0
bid


最好用这个观看优化轨迹
将MOPAC2012的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的小工具
http://sobereva.com/212

方法建议用PM6-D3H4

弯曲是正常的,除非你之前用DFT算发现并没有弯曲。

生成焓就是那个。

复合物生成焓减两个片段生成焓就是相互作用焓。
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发表于 Post on 2015-10-19 21:14:16 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想问一下,静电相互作用和范德华作用有什么不同?它们两个属于非键相互作用,都存在于两分子间以及1个分子内1-4关系以上,但是这样的话,感觉它们两个都一样了。百度上说:“范德华力是原子与原子或分子与分子之间由于静电吸引而产生的力,所以说范德华力是一种静电引力”,这更让我疑惑了,我知道VDW和静电相互作用所用公式是不同的,但感觉还没有清楚它们两个之间到底有什么不同。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-20 02:23:39 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-10-19 21:14
老师,我想问一下,静电相互作用和范德华作用有什么不同?它们两个属于非键相互作用,都存在于两分子间以及 ...


百度上都是胡说八道,不要信。学术问题要用google。

无论是范德华作用还是平时说的静电作用,最根本的本质都是电子-电子间的库仑作用,即哈密顿算符中的1/r12项。但是对于实际问题,从表观特征上来说,可以划分为这两种类型,行为大不一样。
一般说的静电作用,来自于电荷的永久分布特征,就是电磁学上经典的那些东西。比如一个正电荷,一个负电荷,二者有静电吸引作用。
范德华作用分两部分,一部分是交换互斥,一部分是色散吸引。色散作用本质就是电子相关作用,没有经典的解释,一些书里将之抽象、近似地描述成瞬时偶极-瞬时偶极作用。两个没有净电荷的体系,比如两个Ar原子,之间会有色散作用,但是静电作用就不会对它们的相互作用有所贡献。
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发表于 Post on 2015-10-20 08:43:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-19 15:55
最好用这个观看优化轨迹
将MOPAC2012的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的小工具
http://sobereva.com/ ...

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2015-10-20 12:05:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-20 02:23
百度上都是胡说八道,不要信。学术问题要用google。

无论是范德华作用还是平时说的静电作用,最根本 ...

谢sob老师提醒和教诲。交换互斥和电子相关作用是什么意思?是这个意思吗:“交换相关作用包括交换势和关联势,交换势是由Pauli原理决定的相互作用所产生的势(自旋相同的费米交换作用);关联势是一个给定的电子对整个电荷分布的影响所产生的(自旋相反的关联作用)。” google是不是用英语查比较好啊。。。。。。。
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发表于 Post on 2015-10-20 14:19:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 哈哈宝 于 2015-10-20 16:53 编辑

Sob老师,我想追问个问题,如果我将mopac的优化结果放在高斯里面用DFT-D做个单点,然后再使用multiwfn进行图形化分析是否是pi-pi相互作用,这样的做法时候可行?

另外,老师我想用高斯做稀土配合物的优化,BP86方法,Er用SDD,Sb用def2tzvp,您看合理么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-20 17:03:14 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-10-20 12:05
谢sob老师提醒和教诲。交换互斥和电子相关作用是什么意思?是这个意思吗:“交换相关作用包括交换势和关 ...


不是一码事
什么是电子相关你把A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed看了就知道了
这里也有一部分讨论
电子的定域性与相关穴
http://sobereva.com/94

交换互斥本质来自于pauli不相容原理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-20 17:04:46 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2015-10-20 14:19
Sob老师,我想追问个问题,如果我将mopac的优化结果放在高斯里面用DFT-D做个单点,然后再使用multiwfn进行 ...


可以。合理
但如果没特殊必要(比如对Sb必须用小核赝势),Sb和Er都有SDD就完了,没必要分开。
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发表于 Post on 2015-10-20 18:21:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-20 17:03
不是一码事
什么是电子相关你把A Chemist's Guide to Density Functional Theory 2ed看了就知道了
这 ...

谢谢sob老师
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