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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2015-10-16 12:20:06 | 只看该作者 Only view this author
请问老师:使用的AMBER力场缺参数(键长,键角,二面角等等),利用Gaussian优化结构能否获得力场参数?可行的话,读取哪个地方?不可行,通常用什么方法获得?
淡泊以明志,宁静以致远。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-16 13:57:05 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-10-16 12:20
请问老师:使用的AMBER力场缺参数(键长,键角,二面角等等),利用Gaussian优化结构能否获得力场参数?可 ...

弄力场参数没那么简单
结构优化没用
你得扫描键长、键角、二面角,拟合势能曲线得到所需参数。
不过键长、键角比较刚性,在模拟过程中一般变化不大,几何优化后获得平衡距离、角度,然后把数值在模拟过程中冻结住也可以。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-10-16 14:51:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-16 13:57
弄力场参数没那么简单
结构优化没用
你得扫描键长、键角、二面角,拟合势能曲线得到所需参数。

哦,这样啊,谢谢老师。
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发表于 Post on 2015-10-16 16:10:50 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我想用使用“大体系弱相互作用计算的解决之道”中提及的PM6D3关于两个有机共轭体系之间存在pi-pi相互作用,步骤是是先优化每个有机共轭分子,然后使平面间距离3-4埃之间平行放置,这样做对不对?
另外对于PM6D3命令反复试验输入有误,求指点。

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发表于 Post on 2015-10-16 16:29:03 | 只看该作者 Only view this author
另外,使平面间距离3-4埃之间平行放置再次优化之后,我如何能求出这个pi-pi作用能呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-16 16:43:07 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2015-10-16 16:10
请问各位老师,我想用使用“大体系弱相互作用计算的解决之道”中提及的PM6D3关于两个有机共轭体系之间存在p ...


怎么输入的?关键词怎么写的?是用的最新的MOPAC2012么?
步骤是那样没错。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-16 16:45:29 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2015-10-16 16:29
另外,使平面间距离3-4埃之间平行放置再次优化之后,我如何能求出这个pi-pi作用能呢?

优化完了,用复合物单点能减去每个片段单点能之和。
前提是相互作用几乎只有pi-pi部分贡献,如果还有其它部分,你得把其它部分都砍掉再算,才能把pi-pi作用能孤立出来。
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发表于 Post on 2015-10-16 16:46:17 | 只看该作者 Only view this author
我是用高斯做的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-16 16:46:50 | 只看该作者 Only view this author

高斯只支持PM6,带D3必须用MOPAC2012
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发表于 Post on 2015-10-16 16:48:12 | 只看该作者 Only view this author
因为之前用过B3LYP-D3完全跑不动,之后,看您的帖子,决定用半经验试试,输入文件命令行# opt PM6-D3,老师别骂我

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发表于 Post on 2015-10-16 16:50:45 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,那我怎么办呢?只有高斯。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-16 21:18:04 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2015-10-16 16:50
谢谢老师,那我怎么办呢?只有高斯。

下个MOPAC2012啊,又不要钱
MOPAC2012安装方法
http://sobereva.com/262
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发表于 Post on 2015-10-17 02:27:33 | 只看该作者 Only view this author
你好,
不知理论化学能否解答下面这个问题:

假设 Hfo_wOH + AsO4-3 + 3H+ = Hfo_wH2AsO4 + H2O logK = 30

那么能否粗略估计对于 Hfo_wOH + AsO2S2-3 + 3H+ = Hfo_wH2AsO2S2 + H2O logK = ?
ps 这是两个络合反应,Hfo_wOH 是三价Fe的一种氢氧化物,化学式是不确定的。

只学过普通化学物理化学地球化学水化学这几门化学课。
作为化学小白,我感觉这个问题可以这样分解:
1 首先需要考察AsO2S2-3是个什么样的结构。
2 根据它的结构考察它的电负性。
3 考察Hfo_wH2-AsO2S2这个离子键的键能。
4 考察正反应和逆反应的活化能。
5 求出logK。

然而除了5以外,我对于每一步都不是很熟悉。而且也不知道这样分解问题是否正确。
求指导。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-17 15:30:05 | 只看该作者 Only view this author
swlaaaa 发表于 2015-10-17 02:27
你好,
不知理论化学能否解答下面这个问题:


算logK关键是计算这个反应的自由能变,因为deltaG=-RTLnK
原理上,你把反应物的吉布斯自由能,还有产物的吉布斯自由能,用量化算出来就行。用不着考察电负性、活化能和键能。
但有一些细节问题很关键,不考虑合适的话自由能不可能算准,K会相差巨大。一个难题是你得考虑分子/离子的溶解自由能,H+的能直接查到,但你的公式中其它离子的没法查到,但想算准又很困难,离子的溶解自由能计算误差比中性分子的大N倍。

由于你已经有第一个反应的logK了,也因此可知对应的deltaG,你可以想办法设计个热力学循环,通过求AsO4-3与AsO2S2-3,以及Hfo_wH2AsO4与Hfo_wH2AsO2S2自由能的差值,来求第二个反应的deltaG,并得到相应的logK。这种求差值计算的时候计算误差会很大程度抵消。
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发表于 Post on 2015-10-17 16:42:33 | 只看该作者 Only view this author
好的。

自己是之前完全没接触过量化。刚才翻了一下赖文写的量子化学,没有发现可以直接计算化合物自由能的内容。

您知道哪本书或者文献能覆盖这个内容吗?计算这个可以用手算吗,需不需要使用量化的软件呢?

本版积分规则 Credits rule

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