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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-18 13:34:38 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,请教一个修稿回复的问题!审稿人问我,单原子金属锚定后为何两个表面氧原子,一个电荷增加了,一个电荷减少了,这种应该怎么解释呢?

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发表于 Post on 2022-10-18 13:52:53 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,如何计算液态水的定压热容呀?用高斯软件可以算吗?单个水分子优化频率计算和实验值对不上。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 16:21:39 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-10-18 13:52
sob老师您好,如何计算液态水的定压热容呀?用高斯软件可以算吗?单个水分子优化频率计算和实验值对不上。

这是GROMACS干的事。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里专门讲怎么算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 16:22:06 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-10-18 13:34
老师们好,请教一个修稿回复的问题!审稿人问我,单原子金属锚定后为何两个表面氧原子,一个电荷增加了,一 ...

发个图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 16:40:04 | 只看该作者 Only view this author
white-album 发表于 2022-10-18 11:18
想请问下各位老师,如果我要比较几个非平面聚合物的共轭程度(例如聚苯胺,聚吡咯,聚氢醌等)可以用什么描 ...

对于共轭程度和几何平面性直接相关的情况,按下文的方法表征几何平面性
使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性(planarity)
http://sobereva.com/618http://bbs.keinsci.com/thread-25272-1-1.html

图形化直接从电子结构层面展现共轭程度看
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 17:13:49 | 只看该作者 Only view this author
bxpu 发表于 2022-10-18 10:11
请教sob老师,我在论坛上看到了关于双自由基计算的文章,题目是:CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计 ...

文中的目的是获得比较合适的活性轨道,如果也想基于这样的UNO做CASSCF,对于molpro
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发表于 Post on 2022-10-18 17:36:05 | 只看该作者 Only view this author
xtb做md的时候,还是要设置单电子数是吗。如果2x2x2体系,每个体系的单电子数是1,那就设为8?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 17:40:55 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-10-18 17:36
xtb做md的时候,还是要设置单电子数是吗。如果2x2x2体系,每个体系的单电子数是1,那就设为8?
肯定得设
2x2x2指代不明
单电子数没有简单加和的关系,视具体条件
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发表于 Post on 2022-10-18 18:34:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-18 17:13
文中的目的是获得比较合适的活性轨道,如果也想基于这样的UNO做CASSCF,对于molpro

sob老师,我能理解为双自由基体系不是必须要基于UNO做CASSCF。我目前是通过对轨道定域化后,观察轨道形状,确定活性空间,并使用rotate关键词将轨道交换到活性空间,然后进行的结构优化。请问老师,我这个思路是否是正确的呢?

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发表于 Post on 2022-10-18 18:49:15 | 只看该作者 Only view this author
bxpu 发表于 2022-10-18 11:34
sob老师,我能理解为双自由基体系不是必须要基于UNO做CASSCF。我目前是通过对轨道定域化后,观察轨道形状 ...

只要初始轨道定性正确(也就是和UNO差别不大),最后收敛的CASSCF轨道就和从UNO开始收敛得到的CASSCF轨道一致。不是一定要用UNO。
初始轨道选择的方式不同,只影响最终收敛得到正确轨道的概率,没有绝对的对错之分,要想知道某一种方法收敛得到的CASSCF轨道对不对,唯一的办法是看收敛后的轨道是否符合化学常识,和初始轨道怎么来的没有必然联系。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2022-10-18 18:52:02 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-10-18 10:36
xtb做md的时候,还是要设置单电子数是吗。如果2x2x2体系,每个体系的单电子数是1,那就设为8?

当且仅当这些单电子之间没有成共价键,也没有电子转移等任何能让电子成对的过程的时候,应当设为8。
至于这些单电子是否会成对,需要用化学常识来判断

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-18 18:53:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-18 18:49
只要初始轨道定性正确(也就是和UNO差别不大),最后收敛的CASSCF轨道就和从UNO开始收敛得到的CASSCF轨道 ...

好的,我明白啦,谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-10-18 19:07:54 | 只看该作者 Only view this author

审稿人的问题:An increase anddecrease in the NPA atomic charges of Ob and Oc,respectively, occurred after anchoring Pd SACs. Can you give a reasonableexplanation for the trend of charge change of O at both sites?

1666091150933.jpg (293.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

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发表于 Post on 2022-10-18 19:38:48 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-10-18 12:07
审稿人的问题:An increase anddecrease in the NPA atomic charges of Ob and Oc,respectively, occurre ...

Pd和这个氧化物基底之间可能有很多种相互作用,比如成键、电荷转移等。可能这些相互作用对氧原子电荷的贡献是相反的,对于有的氧原子正贡献多,对于有的氧原子负贡献多。
可以看一下Pd-Ob和Pd-Oc的距离以及键级的差别,看从这方面入手能不能挖掘出原因来
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-10-18 20:04:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-17 16:51
是的,但是只能找到和这个过渡态直接相连的RC、PC结构,不能保证找到最稳定的RC、PC结构。而无论是能垒还 ...

老师,也就是说对于RH+X=R+HX的反应,我取过渡态R-H-X的IRC曲线端点结构,优化之后也不能保证是最稳定的RC/PC。那对于这个反应的能垒,您的意思是不用“直接相连的RC、PC结构”呢?而是要用最稳定的RC-过渡态R-H-X计算吗?

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