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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 19:11:56 | 只看该作者 Only view this author
wangyueda 发表于 2022-10-19 19:11
好的 谢谢老师 我算了这个阴离子里面的RESP2原子电荷 发现N的原子电荷为-0.47 O的原子电荷为-0.4 F的原子 ...

可以
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发表于 Post on 2022-10-20 09:07:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-18 16:21
这是GROMACS干的事。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-10-20 14:41:43 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我用molpro在CASPT2/6-311g(d,p)下计算一个断键反应的势能曲线时,设置这个断的键在1.4-8.0埃内,并固定这个键长,进行结构优化和频率分析。由于我固定了一个键长,频率计算结果应该是有且仅有一个虚频的,但是我查看我结构优化后的频率,有部分键长是有一个虚频的,有部分没有虚频,甚至在键长=8.0埃时还出现了两个虚频。请教各位老师,为什么会出现这样的情况呢?我应该怎么做才能避免这种情况呢?

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发表于 Post on 2022-10-20 15:53:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-10-21 08:35 编辑

请教老师,计算O原子提取环丙烷上H原子反应,过渡态只有一个虚频,也满足收敛标准。但是跑出来的IRC过渡态在第一帧,凸起的那个点是理论上产物的结构,这是什么原因呢?#p irc=(rcfc,LQA,maxpoints=100) um062x 6-311g(d,p) guess=read geom=allcheck   (电荷与自旋多重度设置为0 3),麻烦老师们看看,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 16:12:17 | 只看该作者 Only view this author
bxpu 发表于 2022-10-20 14:41
各位老师好,我用molpro在CASPT2/6-311g(d,p)下计算一个断键反应的势能曲线时,设置这个断的键在1.4-8.0埃 ...

最好单独发个帖子,把体系结构图贴出来,标出来断的是哪个键
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 16:13:25 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-20 15:53
请教老师,计算O原子提取环丙烷上H原子反应,过渡态只有一个虚频,也满足收敛标准。但是跑出来的IRC过渡态 ...

没你的具体out文件不好判断
如果那个点一下子突越到了本应该是最后一个点的位置,可能gview或Gaussian的bug
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发表于 Post on 2022-10-20 16:26:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 16:12
最好单独发个帖子,把体系结构图贴出来,标出来断的是哪个键

好的,老师

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发表于 Post on 2022-10-20 16:45:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2022-10-20 21:32 编辑

各位大佬好!小弟量化新人,关于用G16优化季铵盐(阴离子为溴2个,阳离子为吡啶的季铵盐2个)的方法有需要求助,是一个长程共轭的有机分子,共轭链为:苯-三键-苯-三键-苯,分子如图为一个十字形,季铵盐在左右方向的柔性饱和烷烃链末段。

(附图为用我下述基组泛函优化后的分子构型,溶剂为水,做了d3和阻尼矫正)

1. 请问优化的时候,为什么在导入分子结构后,季铵盐为吡啶盐时Gaussian默认charge=0, spin=2;而季铵盐结构由吡啶盐替换为二甲胺的季铵盐后,G16默认spin变成了1呢?

2. 我选择的优化泛函和基组为:cam-b3lyp/6-31G*,请问合理吗?(虽然体系是电中性,但是依然存在阴阳离子,我不知道是否有更多需要考量的我不知道的要求,比如是否需要为溴加弥散等等)

3. 请问我在导入分子结构时,将溴原子做了初始摆位,但是在优化计算(使用我上述的基组泛函)后,其中一个溴元素跑到了吡啶盐平面的侧面,根据我的经验判断,优化后的两个溴元素位置应该是中心对称的,但结果并不是,请问是我“经验”不靠谱,还是我有必要重新在Gview里重新摆位后重新计算呢?

谢谢大家

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发表于 Post on 2022-10-20 17:00:23 | 只看该作者 Only view this author
萌新问下声子谱的问题,我用的vasp+phonopy用冷冻声子法计算的声子谱,出现了很多虚频带,请问还有救嘛,结构优化能量为-8次方

声子谱.jpg (136.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

声子谱.jpg

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发表于 Post on 2022-10-20 17:10:27 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-20 09:45
各位大佬好!小弟量化新人,关于用G16优化季铵盐(阴离子为溴2个,阳离子为吡啶的季铵盐2个)的方法有需要 ...

1. 不要看GaussView默认的电荷和自旋多重度,GaussView总是默认电荷=0,然后如果电子数是奇数的话自旋多重度默认2,否则默认1。但是这个默认值常常是错的,尤其电荷=0常常是错的。你要手动改正
2. 必须对Br加弥散,虽然不是所有带负电的体系都要加弥散,但是Br-这种负电荷极其集中的体系必须加。此外必须加色散校正,必须考虑溶剂模型(如果算的是固体,需要要么把固体近似看作是一种溶液然后用溶剂模型,要么用http://sobereva.com/579的方法考虑固体环境,绝对不可以不考虑固体环境)
3. 经验不靠谱。因为一个溴离子移动了以后,会改变另一个溴离子感受到的静电场,导致另一个溴离子未必严格按照和第一个溴离子等价的方式运动
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 17:10:28 | 只看该作者 Only view this author
yuchen230 发表于 2022-10-20 17:00
萌新问下声子谱的问题,我用的vasp+phonopy用冷冻声子法计算的声子谱,出现了很多虚频带,请问还有救嘛,结 ...

不属于量子化学问题
去第一性原理版问
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发表于 Post on 2022-10-20 17:36:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-20 17:10
1. 不要看GaussView默认的电荷和自旋多重度,GaussView总是默认电荷=0,然后如果电子数是奇数的话自旋多 ...

感谢老师的回答,基于您的回复,我还想追问几个问题:

1. Gview里的电荷是指的体系电荷对吗?也就是说阴阳子都包含的整体为电中性,那么我应选择的电荷数就是0请问这样理解是否正确呢?还是说我的季铵盐里,有机的部分带多少电荷我就应该选设置电荷为几呢?

2. 我如果是在溶剂=水的体系里优化季铵盐(阴离子为溴),那么我选择6-31+G*就相当于只对分子局部(重原子)加了弥散对吗?那针对这个加了弥散优化好的结果,计算单点能时是否依然需要加弥散呢?

再次感谢老师为我们解惑!

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发表于 Post on 2022-10-20 17:56:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 17:10
不属于量子化学问题
去第一性原理版问

好的,谢谢老师,我重新发一下

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发表于 Post on 2022-10-20 18:14:09 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-20 10:36
感谢老师的回答,基于您的回复,我还想追问几个问题:

1. Gview里的电荷是指的体系电荷对吗?也就是说 ...

1. 对,总电荷,即使你的体系里不止一个分子/离子,也是总电荷。
2. 对,单点加弥散的必要性甚至比结构优化加弥散的必要性还要大。不过你可以只对Br加弥散,节省计算时间
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2022-10-20 20:35:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2022-10-20 20:46 编辑
wzkchem5 发表于 2022-10-20 18:14
1. 对,总电荷,即使你的体系里不止一个分子/离子,也是总电荷。
2. 对,单点加弥散的必要性甚至比结构 ...

感谢老师!!关于这个的最后一个问题是:
我有必要直接写上int=superfine来预防加了弥散后的可能的难以/无法收敛吗?还是说没必要在没算过的时候就加,除非无法收敛报错,否则没必要上来就加呢?

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