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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 23:10:45 | 只看该作者 Only view this author
wangyueda 发表于 2022-10-18 23:05
请问下卢老师,我有一个离子/分子复合物体系(1个阳离子,3个阴离子,1个分子),用Gaussian做opt+freq,在 ...

上传压缩后的输入输出文件
几何优化收敛难易程度和溶剂模型(SMD除外)以及用不用弥散函数没必然关系
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发表于 Post on 2022-10-19 00:57:42 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,def2-SV(P)相对于6-31G*有什么劣势嘛?
为什么我在ORCA中不用加速也发现def2-SV(p)比6-31g*更快,看博文Sob老师也说明了这两个基组属于一个级别,然而大家都用的是6-31g*,def2-sv(p) 似乎无人问津,难道6-31g*有什么不可以替代的优势?
小白希望听听老师的视角和看法。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 01:10:19 | 只看该作者 Only view this author
wanghaoyu 发表于 2022-10-19 00:57
请问各位老师,def2-SV(P)相对于6-31G*有什么劣势嘛?
为什么我在ORCA中不用加速也发现def2-SV(p)比6-31g* ...

基本没有劣势(除少数个例外),精度和大小基本一样
Gaussian用户习惯用6-31G*而非def2-SV(P),主要是历史原因,不是因为耗时和精度原因。另一方面,Gaussian专门考虑了利用6-31G*用的SP壳层节约耗时(但影响并不大)
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发表于 Post on 2022-10-19 08:25:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-18 16:40
对于共轭程度和几何平面性直接相关的情况,按下文的方法表征几何平面性
使用Multiwfn定量化和图形化考察 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-10-19 09:06:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-10-19 09:08 编辑

请教各位老师,图片内容是一篇计算环丙烷H提取反应的文献截图,complex mechanism指的是环丙烷和例如H的氢提取剂反应会先形成反应前络合物;请问这段描述的意思是这种形成反应前络合物的complex mechanism只能计算高压极限速率常数吗?

202210190908381650..png (317.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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发表于 Post on 2022-10-19 10:08:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-18 23:10
上传压缩后的输入输出文件
几何优化收敛难易程度和溶剂模型(SMD除外)以及用不用弥散函数没必然关系

老师,这是我的输入输出文件

system.zip

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发表于 Post on 2022-10-19 10:31:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-10-19 10:33 编辑

请问一下各位老师,对于径向分布函数,我统计了Cu周围氧原子的数量。我作图是否有误?第一个峰值代表什么?

1666095511226.jpg (23.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2022-10-19 16:01:52 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下我想知道下面这个有机分子C=N双键的电子轨道填充,这个有什么办法计算出来吗?,因为我在做金属离子的吸附的时候发现吸附了金属离子后他C=N双键的红外峰左移,我看有些配位书籍里面说这中现象可能是金属与配体形成反馈配位形成的,所以我就想计算一下看看这个有机化合物的C=N最低能量的电子轨道是成键还是反键来和我这个红外现象对应一下,判断是不是形成了反馈键

202210191601493260..jpg (15.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 18:37:25 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-10-19 10:31
请问一下各位老师,对于径向分布函数,我统计了Cu周围氧原子的数量。我作图是否有误?第一个峰值代表什么?

此问题和量化无关,应在分子模拟板块单独发帖
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 18:40:23 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-19 16:01
各位老师我想问一下我想知道下面这个有机分子C=N双键的电子轨道填充,这个有什么办法计算出来吗?,因为我 ...

反馈键是要结合具体金属离子来说的,用ETS-NOCV和CDA就可以很好地展现,看
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

如果仅仅是讨论这是不是双键,方法多了去了,都可以用Multiwfn实现,比如Mayer键级、ELF、IRI-pi、轨道定域化、NAdO等,下文都介绍了
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
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发表于 Post on 2022-10-19 18:48:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-19 18:37
此问题和量化无关,应在分子模拟板块单独发帖

好的,老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 18:51:27 | 只看该作者 Only view this author
wangyueda 发表于 2022-10-19 10:08
老师,这是我的输入输出文件

只给氧和氮带弥散,加上calcall,再试。没必要maxstep=1,设maxstep=3足矣
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发表于 Post on 2022-10-19 18:59:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-19 18:51
只给氧和氮带弥散,加上calcall,再试。没必要maxstep=1,设maxstep=3足矣

好的老师 请问下为啥F不用带弥散 F不也是显著带负电荷吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-19 19:05:40 | 只看该作者 Only view this author
wangyueda 发表于 2022-10-19 18:59
好的老师 请问下为啥F不用带弥散 F不也是显著带负电荷吗

没有N和O带的那么厉害,而且优化对于弥散函数要求也不算高。等到单点计算时再带上
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发表于 Post on 2022-10-19 19:11:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-19 19:05
没有N和O带的那么厉害

好的 谢谢老师 我算了这个阴离子里面的RESP2原子电荷 发现N的原子电荷为-0.47 O的原子电荷为-0.4 F的原子电荷为-0.2,确实要比O,N带的那么厉害。请问卢老师,后面遇到类似的情况是不是可以大致参照RESP2原子电荷的大小来添加弥散函数?

本版积分规则 Credits rule

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