计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

16801#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 17:13:49 | 只看该作者 Only view this author
bxpu 发表于 2022-10-18 10:11
请教sob老师,我在论坛上看到了关于双自由基计算的文章,题目是:CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计 ...

文中的目的是获得比较合适的活性轨道,如果也想基于这样的UNO做CASSCF,对于molpro
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

93

帖子

1

威望

1401

eV
积分
1514

Level 5 (御坂)

16802#
发表于 Post on 2022-10-18 17:36:05 | 只看该作者 Only view this author
xtb做md的时候,还是要设置单电子数是吗。如果2x2x2体系,每个体系的单电子数是1,那就设为8?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

16803#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 17:40:55 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-10-18 17:36
xtb做md的时候,还是要设置单电子数是吗。如果2x2x2体系,每个体系的单电子数是1,那就设为8?
肯定得设
2x2x2指代不明
单电子数没有简单加和的关系,视具体条件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

217

eV
积分
252

Level 3 能力者

16804#
发表于 Post on 2022-10-18 18:34:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-18 17:13
文中的目的是获得比较合适的活性轨道,如果也想基于这样的UNO做CASSCF,对于molpro

sob老师,我能理解为双自由基体系不是必须要基于UNO做CASSCF。我目前是通过对轨道定域化后,观察轨道形状,确定活性空间,并使用rotate关键词将轨道交换到活性空间,然后进行的结构优化。请问老师,我这个思路是否是正确的呢?

1万

帖子

0

威望

9004

eV
积分
20764

Level 6 (一方通行)

16805#
发表于 Post on 2022-10-18 18:49:15 | 只看该作者 Only view this author
bxpu 发表于 2022-10-18 11:34
sob老师,我能理解为双自由基体系不是必须要基于UNO做CASSCF。我目前是通过对轨道定域化后,观察轨道形状 ...

只要初始轨道定性正确(也就是和UNO差别不大),最后收敛的CASSCF轨道就和从UNO开始收敛得到的CASSCF轨道一致。不是一定要用UNO。
初始轨道选择的方式不同,只影响最终收敛得到正确轨道的概率,没有绝对的对错之分,要想知道某一种方法收敛得到的CASSCF轨道对不对,唯一的办法是看收敛后的轨道是否符合化学常识,和初始轨道怎么来的没有必然联系。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1万

帖子

0

威望

9004

eV
积分
20764

Level 6 (一方通行)

16806#
发表于 Post on 2022-10-18 18:52:02 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-10-18 10:36
xtb做md的时候,还是要设置单电子数是吗。如果2x2x2体系,每个体系的单电子数是1,那就设为8?

当且仅当这些单电子之间没有成共价键,也没有电子转移等任何能让电子成对的过程的时候,应当设为8。
至于这些单电子是否会成对,需要用化学常识来判断

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
luzujia + 4 谢谢

查看全部评分 View all ratings

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

35

帖子

0

威望

217

eV
积分
252

Level 3 能力者

16807#
发表于 Post on 2022-10-18 18:53:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-18 18:49
只要初始轨道定性正确(也就是和UNO差别不大),最后收敛的CASSCF轨道就和从UNO开始收敛得到的CASSCF轨道 ...

好的,我明白啦,谢谢老师!

173

帖子

0

威望

1023

eV
积分
1196

Level 4 (黑子)

16808#
发表于 Post on 2022-10-18 19:07:54 | 只看该作者 Only view this author

审稿人的问题:An increase anddecrease in the NPA atomic charges of Ob and Oc,respectively, occurred after anchoring Pd SACs. Can you give a reasonableexplanation for the trend of charge change of O at both sites?

1666091150933.jpg (293.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

1666091150933.jpg

1万

帖子

0

威望

9004

eV
积分
20764

Level 6 (一方通行)

16809#
发表于 Post on 2022-10-18 19:38:48 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2022-10-18 12:07
审稿人的问题:An increase anddecrease in the NPA atomic charges of Ob and Oc,respectively, occurre ...

Pd和这个氧化物基底之间可能有很多种相互作用,比如成键、电荷转移等。可能这些相互作用对氧原子电荷的贡献是相反的,对于有的氧原子正贡献多,对于有的氧原子负贡献多。
可以看一下Pd-Ob和Pd-Oc的距离以及键级的差别,看从这方面入手能不能挖掘出原因来
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16810#
发表于 Post on 2022-10-18 20:04:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-17 16:51
是的,但是只能找到和这个过渡态直接相连的RC、PC结构,不能保证找到最稳定的RC、PC结构。而无论是能垒还 ...

老师,也就是说对于RH+X=R+HX的反应,我取过渡态R-H-X的IRC曲线端点结构,优化之后也不能保证是最稳定的RC/PC。那对于这个反应的能垒,您的意思是不用“直接相连的RC、PC结构”呢?而是要用最稳定的RC-过渡态R-H-X计算吗?

93

帖子

1

威望

1401

eV
积分
1514

Level 5 (御坂)

16811#
发表于 Post on 2022-10-18 20:09:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-18 17:40
肯定得设
2x2x2指代不明
单电子数没有简单加和的关系,视具体条件

谢谢社长。我算的是一个配合物分子,每个配合物分子的单电子数是1,然后在三个方向上分别扩充一个分子。没有理由认为每个配合物分子间的单电子会成对,所以整个2x2x2的大体系的单电子数应设为8。这样理解对否?

9

帖子

0

威望

41

eV
积分
50

Level 2 能力者

16812#
发表于 Post on 2022-10-18 20:38:09 | 只看该作者 Only view this author
想请教一下,用gausssian进行opt计算,计算在没有出现错误的情况下被人为中止,目前我了解到的opt的续算有两种方法,一种是把之前的.out文件里最后一步的结构复制一下,作为新的.gjf文件里的结构,重新提交一个任务。还有一个就是从之前的chk文件里读取结构和初猜的,大概像这样:

%oldchk=CH-new2.chk
%chk=CH-new2-2.chk
#p opt freq b3lyp/6-31g(d) guess=read geom=check

想请教一下老师:

1.这两种续算方法的效果有什么区别吗?
2.中途中断之后续算,前后两次任务加起来的总计算用时,和从头到尾不中断进行计算的计算用时相比,会多很多吗?另外计算得到的最终结果会有所不同吗?

1万

帖子

0

威望

9004

eV
积分
20764

Level 6 (一方通行)

16813#
发表于 Post on 2022-10-18 20:40:55 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-18 13:04
老师,也就是说对于RH+X=R+HX的反应,我取过渡态R-H-X的IRC曲线端点结构,优化之后也不能保证是最稳定的R ...

直接和TS相连的RC、PC对于讨论反应过程可能有一定意义,但是计算反应能、能垒的时候,RC、TS、PC都要取最稳定构象。其实即便取最稳定构象也是一个近似,最严格的做法是对所有构象做Boltzmann平均。
当然,以上都是假设各个RC构象、各个PC构象之间都是快平衡。如果不满足这个条件,那么不能简单取最稳定构象做计算,而是要把构象之间互相转变的过渡态也找出来,再讨论主要反应路径和决速步的问题。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

16814#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 21:09:21 | 只看该作者 Only view this author
Mary 发表于 2022-10-18 20:38
想请教一下,用gausssian进行opt计算,计算在没有出现错误的情况下被人为中止,目前我了解到的opt的续算有 ...

guess=read能确保波函数延续之前的状态,也节约了第一步几何优化SCF的时间

多不了多少。一般不会

更好的做法:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

252

帖子

3

威望

1874

eV
积分
2186

Level 5 (御坂)

16815#
发表于 Post on 2022-10-18 23:05:06 | 只看该作者 Only view this author
请问下卢老师,我有一个离子/分子复合物体系(1个阳离子,3个阴离子,1个分子),用Gaussian做opt+freq,在真空中优化可以收敛,一旦加上隐式溶剂模型就没法收敛了,参照了http://sobereva.com/164中解决方法,也尝试了分步优化(1. 不加弥散和隐式溶剂模型 2. 只加弥散 3. 加弥散+隐式溶剂模型),还是没搞定。想问下加了隐式溶剂模型后会对此离子复合物体系的势能面有多大影响,为啥用真空中优化好的结构作为初始结构在隐式溶剂模型下优化还是会很难收敛?ps: 优化采用的隐式溶剂模型为默认的IEFPCM溶剂模型

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 07:55 , Processed in 0.203482 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list