vasp做过渡态经验<二>：Dimer

pyscf · 发表于 Post on 2019-4-21 22:40:21

hakuna 发表于 2017-12-8 09:21
写得非常好！
做过频率计算之后，查看振动模式时，还可以直接用wxdragon

请问老师除了wxdragon之外能用来查看振动模式的还有什么趁手的工具？
谢谢

美美pig · 发表于 Post on 2019-4-26 16:08:35

路人乙-z 发表于 2019-4-21 21:44
使用ned2dim.pl是不是就不用频率分析，直接生成dimmer文件夹，MODECAR文件

是的，就用的是VTST带的Dimer方法

alonewolfyang · 发表于 Post on 2019-4-26 19:47:36

谢谢，已收藏

gyy · 发表于 Post on 2019-5-12 17:07:38

路人乙-z 发表于 2019-4-21 21:44
使用ned2dim.pl是不是就不用频率分析，直接生成dimmer文件夹，MODECAR文件

请问你做dimer的问题解决了吗？

gyy · 发表于 Post on 2019-5-12 17:09:46

我想问一下，为什么我用了dimer之后算频率还有两个虚频。

高雪皎 · 发表于 Post on 2019-6-11 19:00:21

在包里没找到imagefreq.py，不知是不是您更新了。谢谢楼主

cokoy · 发表于 Post on 2019-6-11 20:43:15

高雪皎发表于 2019-6-11 19:00
在包里没找到imagefreq.py，不知是不是您更新了。谢谢楼主

就是那个exfreq.py

高雪皎 · 发表于 Post on 2019-6-11 22:29:55

cokoy 发表于 2019-6-11 20:43
就是那个exfreq.py

thank u so much！我看了下freqfile的格式，就是频率分析OUTCAR里的完整虚频信息。不用脚本也是可以滴，grep一下就行。参见原作者的教程

mimimi · 发表于 Post on 2019-7-3 08:54:40

请问在计算dimer的时候，MODECAR 文件和 POSCAR 文件后面原子的初速度作用是不是一样的？

fallleave · 发表于 Post on 2019-7-4 11:49:29

本帖最后由 fallleave 于 2019-7-4 11:51 编辑

mimimi 发表于 2019-7-3 08:54
请问在计算dimer的时候，MODECAR 文件和 POSCAR 文件后面原子的初速度作用是不是一样的？

作用一样：1. MODECAR是必须要将vtst编译进VASP，采用vtst的dimer算法所需要的文件。
2. 如果直接用VASP自带的dimer，将MODECAR中的内容复制到POSCAR原子坐标后即可。
3. INCAR还要根据1和2进行不同设置。具体INCAR设置可以查找手册或在vaspwiki中搜索dimer关键字即可。

dt97511 · 发表于 Post on 2019-7-4 15:40:26

请问在计算dimer的时候，任务中途终止了如何继续任务。
在结构优化和CLNEB的时候，我都是复制了CONTCAR，改为POSCAR，就按新任务一样直接运行了，而dimer算法有MODECAR，且在计算的过程中没有更新MODECAR，所以应该不能直接更该POSCAR，请问大家都怎么继续dimer任务的

mimimi · 发表于 Post on 2019-7-4 19:07:43

fallleave 发表于 2019-7-4 11:49
作用一样：1. MODECAR是必须要将vtst编译进VASP，采用vtst的dimer算法所需要的文件。
2. 如果直接用VASP ...

谢谢你！

fallleave · 发表于 Post on 2019-7-5 08:13:53

dt97511 发表于 2019-7-4 15:40
请问在计算dimer的时候，任务中途终止了如何继续任务。
在结构优化和CLNEB的时候，我都是复制了CONTCAR， ...

没有NEWMODECAR就直接复制一下CONTCAR到POSCAR，重新开始就行了。

dt97511 · 发表于 Post on 2019-7-6 08:33:53

fallleave 发表于 2019-7-5 08:13
没有NEWMODECAR就直接复制一下CONTCAR到POSCAR，重新开始就行了。

我看了一下，是有这个文件的，请问这个NEWMODECAR文件的用处，是不是和CONTCAR一样的呢。
继续计算的时候，是不是把这个NEWMODECAR复制到MODECAR，并把CONTCAR复制到POSCAR，就可以重新开始了

fallleave · 发表于 Post on 2019-7-6 12:36:20

dt97511 发表于 2019-7-6 08:33
我看了一下，是有这个文件的，请问这个NEWMODECAR文件的用处，是不是和CONTCAR一样的呢。
继续计算的时 ...

1. NEWMODECAR作用是指明初始dimer的搜索方向
2. 对的。复制NEWMODECAR到MODECAR，复制CONTCAR到POSCAR

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