vasp做过渡态经验<二>：Dimer

vasp民工 · 发表于 Post on 2019-8-25 11:06:36

我按照方法计算的时候发现自己写的MODECAR运行时候会报错，不知道为什么呢？

小诗哥不屈服 · 发表于 Post on 2019-9-19 15:18:45

你好，我在运行freqmov.py POSCAR freq23 freq24 30 0.6 这个指令的时候报错
Traceback (most recent call last):
File "./freqmov.py", line 4, in <module>
from VASP import execCmd, CmdRrror
ModuleNotFoundError: No module named 'VASP'
是为什么呢.
然后我又跳过这步选择了虚频比较大的一个freq运行 modemake.py freq24 也是没有反应，最后我去查找了一下 modemake.py的使用方法，上面说的是还要指定一个系数也就是命令是 modemake.py freq24+系数，这上面说0.5，我想问一下这个系数有什么区别吗对于不同的体系进行设置。输入系数以后确实可以出来一个MODECAR是否可以直接用来跑DIMER了？

郑明 · 发表于 Post on 2019-12-14 10:42:28

起就起发表于 2018-6-8 10:39
你好，我看vasp说明中的improved dimer method，只需要把算的频率加在POSCAR后边，以及IBRION设为44就可以 ...

请问你用过官网IBRION=44这个吗？我用的时候，力一直震动不收敛。

Athena0218 · 发表于 Post on 2020-2-10 22:13:58

pyscf 发表于 2019-4-21 22:40
请问老师除了wxdragon之外能用来查看振动模式的还有什么趁手的工具？
谢谢

Jmol

yiningyi · 发表于 Post on 2020-2-19 18:57:27

学习了

ztchem · 发表于 Post on 2020-3-6 17:38:32

在生成MODCAR的最后一步出现问题：Traceback (most recent call last):
File "/export/home/902/bin/modemake.py", line 26, in <module>
output_file.write("%10.5f %10.5f %10.5f\n" % (float(line[3]), float(line[4]), float(line[5])))
IndexError: list index out of range
这个是python的问题吗？我用的是python2.7
另外能否将第二步得到的freqfile中的dx，dy，dz列抠出来直接做成MODCAR？我看到MODCAR中的内容与dx，dy，dz是一样的啊

刘小英雄steven · 发表于 Post on 2020-3-6 17:41:51

请问CASTEP有类似dimmer的方法吗？

郑明 · 发表于 Post on 2020-6-19 16:29:01

请教dimer计算结束后，过渡态的能量选择哪个？

DFT搬砖工 · 发表于 Post on 2020-6-25 12:08:17

################ This script makes animation of vibration ################

                        Processing POSCAR
Traceback (most recent call last):
  File "/public/home/jccao/bin/VASP-script-master/freqmov.py", line 79, in <module>
freq_pos, vibration = readFreq(freq_file)
  File "/public/home/jccao/bin/VASP-script-master/freqmov.py", line 36, in readFreq
dcoordinates.append(np.array([line[3], line[4], line[5]]))
IndexError: list index out of range
使用freqmov.py了这样的报错不知道是什么出了问题？

EuphoriantWorld · 发表于 Post on 2020-7-22 18:00:18

感谢分享。
我有个疑问，官网上DRotMax（Maximum number of rotation steps per translation step）是1，而您这是10，这对体系优化有何影响？

小段不可爱 · 发表于 Post on 2020-9-5 15:23:38

大佬您好，在连接里没找到imagefreq.py 和freqmov.pl这两个脚本，大佬方便再传一份吗？

yamin · 发表于 Post on 2020-10-4 08:44:14

起就起发表于 2018-6-8 10:39
你好，我看vasp说明中的improved dimer method，只需要把算的频率加在POSCAR后边，以及IBRION设为44就可以 ...

是的，我也看到这个，有点迷糊了

我是大帅逼 · 发表于 Post on 2020-10-5 08:46:23

我做表面催化。用dimer搜索过渡态，需要先将近似点做一次频率分析。那这次频率分析是跟之前的neb/优化时原子的固定，弛豫方式相同（我还同时弛豫了催化剂上两层原子），还是只弛豫反应物。

我用只弛豫反应物的方法做的，结果发现，反应物分子在dimer后力都很小了，但是与之接触的催化剂原子力就比较大
所以我想问一下，同样用dimer方法进行计算的道友们，你们是怎样用dimer的，我这样做合不合理。

dmh1998dmh · 发表于 Post on 2020-11-30 20:44:07

我是大帅逼发表于 2020-10-5 08:46
我做表面催化。用dimer搜索过渡态，需要先将近似点做一次频率分析。那这次频率分析是跟之前的neb/优化时原 ...

优化过渡态时放开的原子应该和优化能量极小点时保持一致，我是这样做的。
至于slab底层原子受力较大，因为底层原子模拟体相没有表面弛豫所以是受力较大必然的

denghuima · 发表于 Post on 2020-12-15 20:41:04

请问我按照楼主的方法取出我要得虚频振动方向，计算dimer时的力一直处在一个较大的值每一个离子步变化很小？跑几百步都是一样

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VASP] vasp做过渡态经验<二>：Dimer

浏览过的版块