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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-12-31 11:20:46 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,以下文献是一个多余的电子在团簇中的动力学演化,挑了几个结构在一定自旋密度等值面内,计算了整个体系在此等值面内所包含的电子体积的变化(图右)。想请教一下老师如何像他一样计算这个等值面内电子体积呢?


微信图片_20241231111930.png (217.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

电子体积

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发表于 Post on 2024-12-31 16:37:00 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好 我想算一下Ni原子的单点能 使用的是泛函和基组是pbe1pbe ma-TZVP(-f) 但是不收敛 换成6-311g**就可以 想问一下为什么 是电荷数和自旋多重度设置错误吗 谢谢各位老师

Ni.gjf

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Ni.log

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发表于 Post on 2024-12-31 17:58:52 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2024-12-31 09:37
各位老师好 我想算一下Ni原子的单点能 使用的是泛函和基组是pbe1pbe ma-TZVP(-f) 但是不收敛 换成6-311g** ...

自己查元素周期表确定Ni的轨道排布(几个3d电子几个4s电子),然后用Hund规则确定自旋多重度。收敛以后检查轨道占据数,确定和元素周期表里写的轨道排布一致
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-12-31 18:00:23 | 只看该作者 Only view this author
z782393229 发表于 2024-12-31 03:06
各位大佬好,在使用pyscf基态计算中发现,UHF其也加入了一些自旋匹配使得自旋污染严重的分子变得并不严重, ...

先用规范、没有歧义的用词重新说一遍你的问题。你说的那个不叫自旋匹配
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-12-31 18:01:32 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-12-30 12:21
请问老师,我google得到分子内氢键被破坏(比如丢到质子溶剂中)会导致吸收光谱蓝移,但是我没有查询到分子 ...

这种规则反例很多,不要盲信。该做波函数分析就做波函数分析,不要试图只从是否有氢键得到这么多信息
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-12-31 18:34:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-12-31 18:01
这种规则反例很多,不要盲信。该做波函数分析就做波函数分析,不要试图只从是否有氢键得到这么多信息

是的老师,谢谢回答,但是我是观测实验现象,而后据此提出假设再设计计算,只是想引用下有这些规则的文献来增强假设的严谨性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-1 00:37:13 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2024-12-31 16:37
各位老师好 我想算一下Ni原子的单点能 使用的是泛函和基组是pbe1pbe ma-TZVP(-f) 但是不收敛 换成6-311g** ...

ma-TZVP(-f)带弥散函数,带弥散函数普遍比不带SCF更难收敛。另外,Ni的基态不是单重态,考虑清楚该算几重态,算过渡金属的非基态自旋态往往也比基态更难收敛。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-1 00:40:05 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2024-12-31 11:20
老师您好,以下文献是一个多余的电子在团簇中的动力学演化,挑了几个结构在一定自旋密度等值面内,计算了整 ...

Multiwfn主功能12可以计算任何函数的等值面内包围的体积
参考下文,把文中的轨道波函数替换为自旋密度即可
使用Multiwfn计算轨道的体积
http://sobereva.com/734http://bbs.keinsci.com/thread-50907-1-1.html
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发表于 Post on 2025-1-1 14:06:20 | 只看该作者 Only view this author
请教老师一个问题,我目前在研究一个ESIPT的问题,该反应是在室温下发生,我算出来能垒为4kcal/mol,我打算用ORCA跑AIMD复现过程,但是跑了300fs都没发生迁移,请问此时我升高点温度,加快ESIPT的发生,并在文章中注明为加快现象的发生将模拟温度调高,这样做是合理的么?
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发表于 Post on 2025-1-1 20:18:21 | 只看该作者 Only view this author
请问做激发态几何优化用什么软件、什么方法比较合适,我的体系静态相关很强,计算资源一般,不用商业软件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-2 03:01:23 | 只看该作者 Only view this author
EwTE_H 发表于 2025-1-1 20:18
请问做激发态几何优化用什么软件、什么方法比较合适,我的体系静态相关很强,计算资源一般,不用商业软件

CASSCF的话可以用ORCA,有解析梯度(但没解析Hessian)

北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)里有ORCA的使用和做CASSCF的详细讲解
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-2 03:02:53 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-1-1 14:06
请教老师一个问题,我目前在研究一个ESIPT的问题,该反应是在室温下发生,我算出来能垒为4kcal/mol,我打算 ...

合理
还有个做法是让Gaussian做AIMD的时候在极小点位置开始做准经典动力学,此时初始动能就能有ZPE的大小,可能就已经很容易在AIMD过程中越过势垒了,这样原理上也更好说得通


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发表于 Post on 2025-1-2 11:50:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-2 03:02
合理
还有个做法是让Gaussian做AIMD的时候在极小点位置开始做准经典动力学,此时初始动能就能有ZPE的大 ...

好滴,谢谢老师的解答
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发表于 Post on 2025-1-2 16:37:18 | 只看该作者 Only view this author
EwTE_H 发表于 2025-1-1 13:18
请问做激发态几何优化用什么软件、什么方法比较合适,我的体系静态相关很强,计算资源一般,不用商业软件

此外如果T1态静态相关不强的话,可以做SF-TDA,ORCA、GAMESS等很多软件可以做
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2025-1-3 07:40:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-2 03:01
CASSCF的话可以用ORCA,有解析梯度(但没解析Hessian)

北京科音高级量子化学培训班(http://www.kein ...

感谢老师解答

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