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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-1-13 12:42:55 | 只看该作者 Only view this author

高斯报错Input section not terminated by blank line.

计算时出现 以下报错:
Input section not terminated by blank line. Error termination via Lnk1e in /project/liugaojie/gaussian/g16/l9999.exe at Sun Jan 12 23:01:24 2025.
查阅论坛已有的讨论发现这个问题一般出现在文件没有以空行结尾的情况,但我检查输入文件确保结尾是空行后仍然出现这样的报错,向大家求教



BINAP Pd.gjf

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BINAP Pd.log

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发表于 Post on 2025-1-13 13:32:43 | 只看该作者 Only view this author
把最后的连通性表删掉,或者在关键词里面写geom=connectivity

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-14 04:40:30 | 只看该作者 Only view this author
senpai1919 发表于 2025-1-13 12:42
计算时出现 以下报错:
Input section not terminated by blank line. Error termination via Lnk1e in /p ...

5d完全多余,对于def2系列基组本来默认就是5d

搞清楚每一个关键词都是干什么的再用,你写了out=wfn最后不写输出的文件路径当然会报错
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-1-14 13:14:36 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,请问我在计算过渡金属化合物中的 Ir-H 的化学位移时,采用 revTPSS/pcSseg-1 级别计算 1H-NMR,发现计算的结果和实验差了 5-10 ppm,请问老师有什么比较适合解决此类问题的基组和泛函吗
KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-14 13:48:44 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2025-1-14 13:14
卢老师,请问我在计算过渡金属化合物中的 Ir-H 的化学位移时,采用 revTPSS/pcSseg-1 级别计算 1H-NMR,发 ...
H的基组用pcSseg-2
试试PBE0、TPSSh。也不好的话,用revDSD-PBEP86/2021双杂化试试
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发表于 Post on 2025-1-14 16:57:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-14 13:48
H的基组用pcSseg-2
试试PBE0、TPSSh。也不好的话,用revDSD-PBEP86/2021双杂化试试

感谢卢老师的解答
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发表于 Post on 2025-1-14 17:09:41 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2025-1-14 06:14
卢老师,请问我在计算过渡金属化合物中的 Ir-H 的化学位移时,采用 revTPSS/pcSseg-1 级别计算 1H-NMR,发 ...

这种重原子体系,可能相对论效应比泛函更重要。检查算化学位移的时候有没有考虑SOC,此外如果相对论方法用的不是X2C的话,考虑改用X2C
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-1-18 16:46:39 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,一个分子的手性有中心手性和轴手性,有没有办法计算一个分子中心手性和轴手性的成分分别是多少?

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发表于 Post on 2025-1-18 17:24:11 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2025-1-18 09:46
各位老师好,一个分子的手性有中心手性和轴手性,有没有办法计算一个分子中心手性和轴手性的成分分别是多少 ...

只能数一下有多少个手性中心,多少根手性轴
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2025-1-19 16:19:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-1-14 17:09
这种重原子体系,可能相对论效应比泛函更重要。检查算化学位移的时候有没有考虑SOC,此外如果相对论方法 ...

感谢王老师的回答,我在查阅资料的时候,发现 Inorg. Chem. 2020, 59, 17509−17518 文中研究的体系和我需要研究的体系非常相似,不过我对相对论计算仅限于会在程序中使用,不太了解不同相对论方法的区别
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发表于 Post on 2025-1-22 10:05:04 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,学生在计算一个150个原子酞菁三聚体的体系时优化过程中突然停掉了,查看log文件提示Erroneous write. Write -1 instead of 15934568. fd = 4 orig len = 15934568 left = 15934568  g_write,我查看过往帖子有说是内存不足的,但是我把内存提高到200GB续算之后还是相同的报错,我想请问下老师们这是为什么啊?

202501221004417546..png (122.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202501221004417546..png

3FePCO2.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-22 13:06:19 | 只看该作者 Only view this author
white-album 发表于 2025-1-22 10:05
各位老师好,学生在计算一个150个原子酞菁三聚体的体系时优化过程中突然停掉了,查看log文件提示Erroneous  ...

分清楚内存和硬盘。跟内存毫无关系

参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)的ppt:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-1-22 20:07:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-22 13:06
分清楚内存和硬盘。跟内存毫无关系

参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC) ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-1-23 15:35:54 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,小白刚开始接触ChemDraw, Chem3D等软件,现在想对下图这一荧光素分子做简单的MM2优化再放入高斯进行计算。
在画第一种情况时,发现画成如下图所示的这样是不会报错的
而可能由于分子中Na与O时离子键相连接,再把这个分子放入Chem3D进行MM2 Minimize的时候发现会出现如下报错
请教各位老师是何原因,是否是因为Na离子与O离子之间需要键连还是其他我不清楚的原因,以及解决方法,不胜感激!

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发表于 Post on 2025-1-23 17:30:57 | 只看该作者 Only view this author
FelixLaw 发表于 2025-1-23 08:35
请教各位老师,小白刚开始接触ChemDraw, Chem3D等软件,现在想对下图这一荧光素分子做简单的MM2优化再放入 ...

MM2不支持Na和其他原子成键,只支持单独的Na离子
解决方法有两个,(1)删掉Na-O键,或(2)改用MM2以外的优化方法,例如高斯自带的UFF,或者PM6、xtb

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FelixLaw + 2 谢谢

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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