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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on yesterday 18:05 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-8-15 14:20
我比较了键长呀 老师 ,催化剂加上抗衡离子之后就是电中性的,K3PO4也是电中性的。磷酸钾和催化剂摆放在 ...

我是说实验上。计算上你把两者放在一起算,当然会吸附,但是不排除实验上两者根本到不了一起
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on yesterday 18:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-8-15 18:16 编辑

输入文件内存指定不足,体系似乎不小,32核搭配30GB过于抠搜,计算牛马节点看了都流泪。“不然一开始提交就会报错终止”没有这回事,可以算几秒、几分钟、几十分钟后再报错。

若你独占1台机器进行计算,应该占满那台机器的内存,不应该写个小的数字。因为CPU你已经占满了,别人用不了,你应该顺便把内存全用上。当然,不能超过机器物理内存。在提交任务的脚本里写free -h或free -m可以查看计算节点的内存情况。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on yesterday 19:39 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2025-8-15 18:14
输入文件内存指定不足,体系似乎不小,32核搭配30GB过于抠搜,计算牛马节点看了都流泪。“不然一开始提交就 ...

好的,谢谢老师,我再根据物理内存调大一些试试,感谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 13 hour ago | 只看该作者 Only view this author
HHAO 发表于 2025-8-15 17:37
老师们好,我最近在利用高斯计算一个主客体分子模型的时候,在计算平台上提交计算了8h后,SCF done完成后, ...

仔细阅读此文关于内存分配的讨论
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
不同计算阶段耗内存量明显不一样,大体系振动分析耗内存多了去了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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4595#
发表于 Post on 4 hour ago | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在使用xtb优化分子结构时,发现有时候拓扑结构会发生改变。xtb是没有约束键连关系对吗?想请教一下各位老师这是正常情况吗,如果我要保证分子拓扑不变应该做些什么。
我的命令 xtb 1.xyz -gfn 2 --uhf 1 --opt
附上的例子里优化完C-S键断开了 (1.82A到2.00A) 见1.xyz xtbopt.xyz

实际操作中还遇到了优化完关环的,也附上 见2.xyz xtbopt2.xyz

1.xyz

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xtbopt.xyz

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2.xyz

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