简单量子化学问题答疑专帖

爱喝宝矿力 · 发表于 Post on 2025-7-2 09:53:06

各位老师同学好，我现在在尝试对两个小分子（63原子，308电子）进行弱作用力分析，我首先使用高斯在溶剂模型下对其进行优化，考虑色散校正，输入文件如下：可是在32核的机子上优化了一整天都没有结果（依旧在计算），请问这样正常么？

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2025-7-2 10:01:46

爱喝宝矿力发表于 2025-7-2 09:53
各位老师同学好，我现在在尝试对两个小分子（63原子，308电子）进行弱作用力分析，我首先使用高斯在溶剂模 ...

初始结构太差了，H44和H50靠太近，极不合理。你还用弥散函数，计算量会暴增，这种体系没有带明显负电的不需要加弥散。

爱喝宝矿力 · 发表于 Post on 2025-7-2 10:04:41

北大-陶豫发表于 2025-7-2 10:01
初始结构太差了，H44和H50靠太近，极不合理。你还用弥散函数，计算量会暴增，这种体系没有带明显负电的不 ...

谢谢老师的指导！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-2 11:45:53

爱喝宝矿力发表于 2025-7-2 09:53
各位老师同学好，我现在在尝试对两个小分子（63原子，308电子）进行弱作用力分析，我首先使用高斯在溶剂模 ...

此外必须做构型搜索，例如用Molclus、ABCluster、CREST或ORCA的GOAT、DOCKER模块做。对于构象不唯一且构象很重要的体系，在GaussView里手画一个结构，哪怕结构优化收敛、没有虚频、结构看起来合理，也是不能发表的，因为只能确保是局部极小值点，而很可能不是全局极小值点

爱喝宝矿力 · 发表于 Post on 2025-7-2 12:16:52

wzkchem5 发表于 2025-7-2 11:45
此外必须做构型搜索，例如用Molclus、ABCluster、CREST或ORCA的GOAT、DOCKER模块做。对于构象不唯一且构 ...

收到，谢谢老师的指导！

bean233 · 发表于 Post on 2025-7-2 13:01:37

各位老师，我在进行有机分子的嵌入金属离子过程的计算，我想问一下我自旋多重度的设置是否有问题：
1.有机分子的嵌入金属离子过程下图的N型有机物，在嵌入金属离子后，会去质子化得到一个电子，然后与金属离子结合，整体呈现电中性，在嵌入1、2、3、4个锂离子时，我根据2S+1的原则分别设置自旋多重度为2、1、2、1是否合理？
2.我在使用Gaussian09版本进行分子的结构优化时，在opt freq b3lyp/6-31g(d,p)的基组下进行初步的几何优化以及频率计算，发现出现了虚频，然后看到论坛的帖子中有进一步优化的指令，请问我设置的#p b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj opt=tight int=ultrafine freq 的计算指令是否正确呢？
3.我在结构优化时，发现结果中出现虚频数值时-8.1，我看到sob老师的帖子说虚频可能是由系统bug引起的，小虚频对结果的影响不大，小虚频的数值范围多小才能算小呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-2 13:47:16

bean233 发表于 2025-7-2 13:01
各位老师，我在进行有机分子的嵌入金属离子过程的计算，我想问一下我自旋多重度的设置是否有问题：
1.有机 ...

1. 有机物得到两个电子以后的体系是单重态还是三重态，以至于这个单重态是不是开壳层单重态，必须具体问题具体分析，不能一概而论。得到3、4个电子的体系同理
2. B3LYP的自相互作用误差比较严重，估计不适合算阴离子自由基，个人建议用wB97XD；如果得到电子的有机物有的原子带明显负电荷，那么需要加弥散函数；必须用显式/隐式混合溶剂模型
3. 那不叫系统bug，叫数值误差。仔细阅读https://bdf-manual.readthedocs.i ... r%20Guide.html#id78

bean233 · 发表于 Post on 2025-7-2 14:39:19

wzkchem5 发表于 2025-7-2 13:47
1. 有机物得到两个电子以后的体系是单重态还是三重态，以至于这个单重态是不是开壳层单重态，必须具体问 ...

好的老师，谢谢老师的解答

18217265596 · 发表于 Post on 2025-7-2 18:57:00

老师看到一问题让比较碳正离子稳定性
算了单点左边比右边低0.02hartree
有什么指标适合比较这类同分异构体吗？
nocv？或者怎么用波函数分析衡量空p轨道受到的共轭稳定能？

Amélie · 发表于 Post on 2025-7-3 07:49:33

老师好这是我在做正丁烷随中央碳碳单键旋转的势能面扫描时的gjf文件，但是我发现扫描结果中只是甲基整体在旋转，而中间的亚甲基仍然是固定的，这是哪里出问题了？输出输出文件如下，谢谢老师们

孙一舟 · 发表于 Post on 2025-7-4 14:26:36

本帖最后由孙一舟于 2025-7-4 14:35 编辑

各位老师好，我尝试用ctest gfnff方法找含自由基分子的最优构象，发生了报错
我尝试指令 crest H0H0_prim_rct_opt.xyz --gfnff --len 10 -T 12 -mquick -ewin 3 -uhf 1
结果输出信息()报错信息在最后
╔════════════════════════════════════════════╗
   ║          ___ ___ ___ ___ _____          ║
   ║          / __| _ \ __/ __|_ _|       ║
   ║       | (__| / _|\__ \ | |          ║
   ║          \___|_|_\___|___/ |_|          ║
   ║                                           ║
   ║  Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool  ║
   ║       based on the xTB methods       ║
   ║                                           ║
   ╚════════════════════════════════════════════╝
   Version 3.0.2, Thu, 29 August 14:20:46, 08/29/2024
   commit (65685a7) compiled by 'usr@d37571da525e'

Cite work conducted with this code as

• P.Pracht, F.Bohle, S.Grimme, PCCP, 2020, 22, 7169-7192.
• S.Grimme, JCTC, 2019, 15, 2847-2862.
• P.Pracht, S.Grimme, C.Bannwarth, F.Bohle, S.Ehlert,
   G.Feldmann, J.Gorges, M.Müller, T.Neudecker, C.Plett,
   S.Spicher, P.Steinbach, P.Wesołowski, F.Zeller,
   J. Chem. Phys., 2024, 160, 114110.

for works involving QCG cite

• S.Spicher, C.Plett, P.Pracht, A.Hansen, S.Grimme,
   JCTC, 2022, 18 (5), 3174-3189.
• C.Plett, S. Grimme,
   Angew. Chem. Int. Ed. 2023, 62, e202214477.

for works involving MECP screening cite

• P.Pracht, C.Bannwarth, JCTC, 2022, 18 (10), 6370-6385.

Original code
   P.Pracht, S.Grimme, Universität Bonn, MCTC
with help from (alphabetical order):
   C.Bannwarth, F.Bohle, S.Ehlert, G.Feldmann, J.Gorges,
   S.Grimme, C.Plett, P.Pracht, S.Spicher, P.Steinbach,
   P.Wesolowski, F.Zeller

Online documentation is available at
https://crest-lab.github.io/crest-docs/

This program is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
GNU Lesser General Public License (LGPL) for more details.

Command line input:
$ crest /home/kangjie/syz/charge_prediction/5_exo_6_endo_dig/dataset/5_endo_trig/5_endo_trig_xtb/H0H0_prim_rct_opt.xyz --gfnff --len 10 -T 12 -mquick -ewin 3 -uhf 1

  --gfnff : Use of GFN-FF requested.
  --len 10 (MD length in ps)
  -T 12 (CPUs/Threads selected)
  -mquick  : very crude quick-mode (no NORMMD, no GC, crude opt.)
  -ewin 3
  -uhf 1

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x8088ba4251f in ???
      at ./signal/../sysdeps/unix/sysv/linux/x86_64/libc_sigaction.c:0
#1  0x8088bba07cd in ???
      at ../sysdeps/x86_64/multiarch/memmove-vec-unaligned-erms.S:317
#2  0x5b9f3a6b7cde in read_xtbdatablock
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/parsing/parse_xtbinput.f90:719
#3  0x5b9f3a6b7cde in __parse_xtbinput_MOD_parse_xtb_input_fallback
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/parsing/parse_xtbinput.f90:657
#4  0x5b9f3a6b7f50 in __parse_xtbinput_MOD_parse_xtb_inputfile
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/parsing/parse_xtbinput.f90:75
#5  0x5b9f3a6926d8 in internal_constraint_repair_
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/parsing/confparse2.f90:156
#6  0x5b9f3a599724 in parseflags_
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/confparse.f90:2094
#7  0x5b9f3a22303c in crest
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/crest_main.f90:56
#8  0x5b9f3a222280 in main
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/crest_main.f90:26
Segmentation fault (core dumped)

请问是什么原因呢，

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-4 15:33:27

孙一舟发表于 2025-7-4 14:26
各位老师好，我尝试用ctest gfnff方法找含自由基分子的最优构象，发生了报错
我尝试指令 crest H0H0_prim_ ...

OMP_STACKSIZE和ulimit设置了吗

孙一舟 · 发表于 Post on 2025-7-4 19:43:27

wzkchem5 发表于 2025-7-4 15:33
OMP_STACKSIZE和ulimit设置了吗

老师好，之前确实没有设置，经您提醒
我在bashrc里增加了
export OMP_STACKSIZE=4000M
ulimit -s unlimited

然而仍然有报错
(base) kangjie@gpu-4090-03:~/syz$ crest /home/kangjie/syz/charge_prediction/5_exo_6_endo_dig/dataset/5_endo_trig/5_endo_trig_xtb/H0H0_prim_rct_opt.xyz --gfnff --len 10 -T 12 -mquick -ewin 3 -uhf 1

   ╔════════════════════════════════════════════╗
   ║          ___ ___ ___ ___ _____          ║
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   ║       | (__| / _|\__ \ | |          ║
   ║          \___|_|_\___|___/ |_|          ║
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   ║  Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool  ║
   ║       based on the xTB methods       ║
   ║                                           ║
   ╚════════════════════════════════════════════╝
   Version 3.0.2, Thu, 29 August 14:20:46, 08/29/2024
   commit (65685a7) compiled by 'usr@d37571da525e'

Cite work conducted with this code as

• P.Pracht, F.Bohle, S.Grimme, PCCP, 2020, 22, 7169-7192.
• S.Grimme, JCTC, 2019, 15, 2847-2862.
• P.Pracht, S.Grimme, C.Bannwarth, F.Bohle, S.Ehlert,
   G.Feldmann, J.Gorges, M.Müller, T.Neudecker, C.Plett,
   S.Spicher, P.Steinbach, P.Wesołowski, F.Zeller,
   J. Chem. Phys., 2024, 160, 114110.

for works involving QCG cite

• S.Spicher, C.Plett, P.Pracht, A.Hansen, S.Grimme,
   JCTC, 2022, 18 (5), 3174-3189.
• C.Plett, S. Grimme,
   Angew. Chem. Int. Ed. 2023, 62, e202214477.

for works involving MECP screening cite

• P.Pracht, C.Bannwarth, JCTC, 2022, 18 (10), 6370-6385.

Original code
   P.Pracht, S.Grimme, Universität Bonn, MCTC
with help from (alphabetical order):
   C.Bannwarth, F.Bohle, S.Ehlert, G.Feldmann, J.Gorges,
   S.Grimme, C.Plett, P.Pracht, S.Spicher, P.Steinbach,
   P.Wesolowski, F.Zeller

Online documentation is available at
https://crest-lab.github.io/crest-docs/

This program is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
GNU Lesser General Public License (LGPL) for more details.

Command line input:
$ crest /home/kangjie/syz/charge_prediction/5_exo_6_endo_dig/dataset/5_endo_trig/5_endo_trig_xtb/H0H0_prim_rct_opt.xyz --gfnff --len 10 -T 12 -mquick -ewin 3 -uhf 1

  --gfnff : Use of GFN-FF requested.
  --len 10 (MD length in ps)
  -T 12 (CPUs/Threads selected)
  -mquick  : very crude quick-mode (no NORMMD, no GC, crude opt.)
  -ewin 3
  -uhf 1

Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

Backtrace for this error:
#0  0x1238c064251f in ???
      at ./signal/../sysdeps/unix/sysv/linux/x86_64/libc_sigaction.c:0
#1  0x1238c07a07cd in ???
      at ../sysdeps/x86_64/multiarch/memmove-vec-unaligned-erms.S:317
#2  0x60c7ab1f5cde in read_xtbdatablock
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/parsing/parse_xtbinput.f90:719
#3  0x60c7ab1f5cde in __parse_xtbinput_MOD_parse_xtb_input_fallback
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/parsing/parse_xtbinput.f90:657
#4  0x60c7ab1f5f50 in __parse_xtbinput_MOD_parse_xtb_inputfile
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/parsing/parse_xtbinput.f90:75
#5  0x60c7ab1d06d8 in internal_constraint_repair_
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/parsing/confparse2.f90:156
#6  0x60c7ab0d7724 in parseflags_
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/confparse.f90:2094
#7  0x60c7aad6103c in crest
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/crest_main.f90:56
#8  0x60c7aad60280 in main
      at /usr/local/src/conda/crest-3.0.2/src/crest_main.f90:26
Segmentation fault (core dumped)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-4 20:22:50

孙一舟发表于 2025-7-4 19:43
老师好，之前确实没有设置，经您提醒
我在bashrc里增加了
export OMP_STACKSIZE=4000M

如果确定xyz文件的格式没错（包括是否有空行，换行符的种类等），且用最新版crest，仍然报这个错的话，可以去crest的git页面提个issue

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-5 07:30:55

孙一舟发表于 2025-7-4 14:26
各位老师好，我尝试用ctest gfnff方法找含自由基分子的最优构象，发生了报错
我尝试指令 crest H0H0_prim_ ...

强烈建议用Molclus做构象搜索，原理清楚，可控性强得多，参看：
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730（http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html）
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

而且GFN-FF用于自由基体系本来就未必靠谱

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