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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-11-5 14:22:29 | 只看该作者 Only view this author
请问,羟基自由基与有机物反应的单电子转移怎么计算?

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发表于 Post on 2022-11-5 14:46:47 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2022-11-5 07:22
请问,羟基自由基与有机物反应的单电子转移怎么计算?

用Marcus理论计算。注意必须对OH做显式溶剂化,且必须对氧加弥散,因为电子转移的产物是OH-,需要显式溶剂化和弥散函数
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-11-5 14:50:06 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-11-5 04:24
老师您好,这是我的输入文件
%chk=
%nprocshared=6

这个输出不是高斯直接产生的,而是你的任务脚本(或者排队系统)产生的。要把相关的脚本也都一并上传上来,我们才可能知道报错原因
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-11-5 21:21:00 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算单点能

各位前辈们好,我刚接触计算化学,现在课题需要计算一个有机分子的ESP,目前已经跑完了opt+fre,请问现在得到的结果算出的ESP能用么?
是否需要进一步单点能计算?
需要的话我该对哪个文件进行编辑运算指令呢?

我基本纯小白,如果发言有哪点不合站规还望各位前辈们点出,请大家多多指教!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-5 21:46:35 | 只看该作者 Only view this author
cap_lin 发表于 2022-11-5 21:21
各位前辈们好,我刚接触计算化学,现在课题需要计算一个有机分子的ESP,目前已经跑完了opt+fre,请问现在得 ...

不要把freq简写为fre

问题问得太粗糙,是什么体系、用的什么理论方法和基组,都没交代,别人也没法判断你的计算有没有硬伤。如果不知道怎么描述全面,就把输入输出文件压缩后上传。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 09:59:20 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-4 19:25
有老师用过pbe0/def2-tzvp基组的频率校正因子吗?在网友Liyuanhe整理的表格中只有pbe/def2-tzvp基组的频率 ...

表格里没有就是没有,可以自己拟合
自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法
http://sobereva.com/391http://bbs.keinsci.com/thread-6907-1-1.html

也可以用PBE0结合其它3-zeta带极化函数档次的基组的校正因子借用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 10:00:22 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-5 10:12
老师们好,计算A和B分子在SMD溶剂的相互作用能。在气相下计算得到了BSSE energy。然后带上溶剂模型分别计算 ...

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发表于 Post on 2022-11-6 12:50:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-5 14:50
这个输出不是高斯直接产生的,而是你的任务脚本(或者排队系统)产生的。要把相关的脚本也都一并上传上来 ...

好的
谢谢老师

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发表于 Post on 2022-11-6 20:36:51 | 只看该作者 Only view this author
计算freq时最后出现错误:CPHF failed to converge in LinEq2.,查了论坛上的帖子要加入关键词:CPHF=grid=fine

想请问各位老师:我的分子有三百多个原子,freq算了三天出现的这个错误,加入关键词是要重新从头再算一遍吗?不知道这种情况能不能续算之类的?谢谢!

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发表于 Post on 2022-11-7 00:56:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-28 06:40
QQ群里已经问了,干嘛在这里又问一遍?

不好意思老师,当时群里过了比较久没有收到回复,怕群消息您看不到,所以又发了帖子。以后我多等等。另外感谢您的耐心解答,我回去好好再学习一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-7 10:18:46 | 只看该作者 Only view this author
lr8616 发表于 2022-11-6 20:36
计算freq时最后出现错误:CPHF failed to converge in LinEq2.,查了论坛上的帖子要加入关键词:CPHF=grid= ...


不能续算
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发表于 Post on 2022-11-7 14:03:49 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,有没有什么角度可以解释有机物体系三重态和单重态能量高低的原因呢?我们课题组的老师让我用库伦相互作用来解释,但结果并不准确,所以想问问各位老师有什么好的建议么?

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发表于 Post on 2022-11-7 14:32:55 | 只看该作者 Only view this author
请问用shermo计算的能量的热校正和用高斯计算热校正的方法有什么不同呢?我尝试计算了一个分子发现从小数点后第四第五位才开始不同(单位a.u.)

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-11-7 15:00:05 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-11-7 14:32
请问用shermo计算的能量的热校正和用高斯计算热校正的方法有什么不同呢?我尝试计算了一个分子发现从小数点 ...

应该是一样。注意到GaussView显示的能量只保留前几位小数,在输出文件里有小数位更多的数据。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-11-7 15:16:09 | 只看该作者 Only view this author
完全小白。在用gauss view构建分子时,输出后的文件分子坐标与exploring书中给出的坐标不一致,请问有什么影响吗

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