计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 21429|回复 Reply: 24
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] guess=mix 对能量造成差异的原因

[复制链接 Copy URL]

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

在对一个体系计算之前,推测为双自由基体系,于是用guess=mix关键词,但根据输出文件中mulliken spin density判断,没有双自由基的特征,此时就用普通计算单重态的方法计算,但两种方法得到的能量有明显的差异,请问这是什么原因

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-9-9 12:51:22 | 只看该作者 Only view this author
必定有一个没收敛到稳定波函数,stable一测试就知道谁不稳定
另外,原子的Mulliken自旋布居不为0不意味着当前体系就一定不是对称破缺态,比如完全有可能未成对的alpha单电子和未成对的beta电子全都在某一个原子上。绘制自旋密度图,或者看<S**2>是否偏离单重态理想值一下就能判断出来。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-9 14:15:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xujian 于 2017-9-9 16:27 编辑
sobereva 发表于 2017-9-9 12:51
必定有一个没收敛到稳定波函数,stable一测试就知道谁不稳定
另外,原子的Mulliken自旋布居不为0不意味着 ...

老师,请问:1.用stable=opt 是不是也一起优化结构了? 2.如果是的话,是用得到的结构再加freq关键词得到零点能吗?好像不能同时写stable=opt freq关键词

465

帖子

10

威望

6534

eV
积分
7199

Level 6 (一方通行)

BSJ Institute

4#
发表于 Post on 2017-9-10 00:05:45 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-9-9 14:15
老师,请问:1.用stable=opt 是不是也一起优化结构了? 2.如果是的话,是用得到的结构再加freq关键词得到 ...

stable=opt只让波函数收敛到一个稳定点,不会优化结构。可以事后opt freq读取stable=opt的chk文件

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
BLTX1248617004 + 4 谢谢

查看全部评分 View all ratings

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-11 18:55:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-9 12:51
必定有一个没收敛到稳定波函数,stable一测试就知道谁不稳定
另外,原子的Mulliken自旋布居不为0不意味着 ...

老师,我用"opt freq","opt freq guess=mix nosymm"以及“先用stable=opt得到chk文件,在用opt freq guess=read读取波函数”三种方法分别计算,得到的三个能量都不同,这时应该以哪个为准。ps: 对称破缺方法用stable检测波函数是不稳定的。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2017-9-11 19:32:54 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-9-11 18:55
老师,我用"opt freq","opt freq guess=mix nosymm"以及“先用stable=opt得到chk文件,在用opt freq gues ...


最后那个为准
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-11 19:37:58 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,我也测试了“opt freq”的波函数的稳定性,波函数同样不稳定“The wavefunction has an RHF -> UHF instability”,请问老师,碰到什么样的单重态体系,我需要用这种方法去优化,才会避免得到的仅仅是不稳定波函数下优化的结果?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2017-9-11 20:31:18 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-9-11 19:37
谢谢老师,我也测试了“opt freq”的波函数的稳定性,波函数同样不稳定“The wavefunction has an RHF -> ...


意义不明
既然当前stable结果都已经表明闭壳层不是基态了,直接用opt必然得到的不是真正基态的结构
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-12 08:43:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-11 20:31
意义不明
既然当前stable结果都已经表明闭壳层不是基态了,直接用opt必然得到的不是真正基态的结构

老师,我的意思是一般体系优化结构算频率直接用“opt freq”计算,但得到结果之后,我怎么判断需不需要检测波函数的稳定性。另外,先得到稳定波函数在读取波函数优化的体系,是不是不能用热力学组合方法计算?或是计算时也需要先得到稳定的波函数,再读取稳定的波函数。麻烦老师。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2017-9-12 12:59:17 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-9-12 08:43
老师,我的意思是一般体系优化结构算频率直接用“opt freq”计算,但得到结果之后,我怎么判断需不需要检 ...


当没经验、拿不准时就stable测一下。
此时用热力学组合方法可能够呛,未必那个合适的初猜能传递给每一步计算,可以自行测试一下或者问高斯的客服
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-12 14:59:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-12 12:59
当没经验、拿不准时就stable测一下。
此时用热力学组合方法可能够呛,未必那个合适的初猜能传递给每一 ...

谢谢老师,我用stable检测对称破缺方法的波函数,出现“The wavefunction is stable under the perturbations considered”,但结果还是与用stable=opt先得到稳定的波函数再读取波函数优化结构和频率的结果不同,请问这是什么原因?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2017-9-12 15:15:31 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-9-12 14:59
谢谢老师,我用stable检测对称破缺方法的波函数,出现“The wavefunction is stable under the perturbat ...

如果当前结构和“用stable=opt先得到稳定的波函数再读取波函数优化结构”的结构不同,那结果必然不同

对于同一个几何结构,只可能有一个解用stable测出来是“The wavefunction is stable under the perturbations considered”的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-12 15:32:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-12 15:15
如果当前结构和“用stable=opt先得到稳定的波函数再读取波函数优化结构”的结构不同,那结果必然不同

...

谢谢老师,那是不是代表“有稳定波函数存在的对称破缺方法优化出来的结构”以及“用stable=opt先得到稳定的波函数再读取波函数优化结构”都属于这个分子的稳定结构?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2017-9-12 16:20:43 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-9-12 15:32
谢谢老师,那是不是代表“有稳定波函数存在的对称破缺方法优化出来的结构”以及“用stable=opt先得到稳定 ...


你就用“用stable=opt先得到稳定的波函数再读取波函数优化结构”,在此结构下,再guess=read并且做一下stable,如果还显示是稳定的,那这个就是稳定结构100%没问题。

前者说法太含糊。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-14 09:48:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-12 12:59
当没经验、拿不准时就stable测一下。
此时用热力学组合方法可能够呛,未必那个合适的初猜能传递给每一 ...

老师,关于热力学组合方法适合可以用“guess=read”关键词,我问了高斯客服,他是这么答复我的:"The short answer is yes. the Guess=Read option will only apply to the initial optimization step of the compound method and each of the latter steps will read the result from the prior step as a starting point.  That said you should check the results of the intermediate to make sure your state is being maintained. That said, all of these methods use B3LYP for the original optimization.  You should check to see if this instability also occurs with B3LYP/CBSB7 for CBS-QB3 or B3LYP/GTBas3 for G4." 我的问题是:为何他让我在 B3LYP/CBSB7 for CBS-QB3 or B3LYP/GTBas3 for G4在这些水平下检测稳定性,而不是B3LYP/6-311G(2d,d,p) for CBS-QB3 or B3LYP/6-31G(2df,p) for G4.

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 07:49 , Processed in 0.171570 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list