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[GROMACS] 怎么生成蒙脱石的力场文件itp

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各位老师好,我在做黏土对水合物的影响,想用蒙脱石,已经用MS建立好了pdb模型,想知道怎么生成蒙脱石的力场文件itp

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发表于 Post on 2023-4-17 21:08:56 | 只看该作者 Only view this author
我还以为你要发布蒙脱石力场文件,结果是来求力场文件。

http://sobereva.com/soft/Sobtop/
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2023-4-18 00:45:54 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蒙脱石力场文件” 改了,以后务必注意

借助sobtop产生,参考比如里面的SiO2的例子
http://sobereva.com/soft/Sobtop
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-18 09:32:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-18 00:45
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的好的,谢谢各位老师,我尝试一下

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发表于 Post on 2023-4-18 13:21:40 | 只看该作者 Only view this author
可以尝试一下我们最近开发的工具:https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... /inorganic-crystals

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-18 16:52:03 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具:https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

这个我输入pdb文件什么操作都没有,是要激活吗

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发表于 Post on 2023-4-18 17:08:42 | 只看该作者 Only view this author
wuxiaofei 发表于 2023-4-18 16:52
这个我输入pdb文件什么操作都没有,是要激活吗

蒙脱石不是晶体吗?

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发表于 Post on 2023-4-18 17:10:33 | 只看该作者 Only view this author
wuxiaofei 发表于 2023-4-18 16:52
这个我输入pdb文件什么操作都没有,是要激活吗

晶体那儿只允许上传vasp或者cif文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-18 17:31:06 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-4-18 17:10
晶体那儿只允许上传vasp或者cif文件

可以了,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-18 22:14:02 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-4-18 17:10
晶体那儿只允许上传vasp或者cif文件

这个网站的clayff力场不支持gromacs吗

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发表于 Post on 2023-4-19 13:16:30 | 只看该作者 Only view this author
wuxiaofei 发表于 2023-4-18 22:14
这个网站的clayff力场不支持gromacs吗

其实是支持的,可以用一个小技巧来实现,就是MOF/COF那个模块都是一代力场,里面也有ClayFF,同时也支持Gromacs输出,你在那儿上传cif,然后选择ClayFF就行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-19 15:32:58 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-4-19 13:16
其实是支持的,可以用一个小技巧来实现,就是MOF/COF那个模块都是一代力场,里面也有ClayFF,同时也支持G ...

原来如此,太谢谢了

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发表于 Post on 2023-4-19 17:25:16 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具:https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

老师,您好。想生成黏土矿物的GROMACS格式的力场文件。按照您的说法在MOF界面处上传自己准备好的cif文件,但是一直没有显示出结构,也无法进行下一步,请问该怎样解决?

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发表于 Post on 2023-4-19 17:28:23 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具:https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

我上传的CIF文件一共38个原子,小于1000

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发表于 Post on 2023-4-19 17:35:38 | 只看该作者 Only view this author
wo335979123 发表于 2023-4-19 17:25
老师,您好。想生成黏土矿物的GROMACS格式的力场文件。按照您的说法在MOF界面处上传自己准备好的cif文件 ...

cif文件发一下

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