怎么生成蒙脱石的力场文件itp

wo335979123 · 发表于 Post on 2023-4-19 20:28:49

slxc920113 发表于 2023-4-19 17:35
cif文件发一下

已上传，黏土

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-4-19 20:40:15

wo335979123 发表于 2023-4-19 20:28
已上传，黏土

复制代码

cif的解析比较严格，这儿的O-H，程序没有识别出来是O原子，手动改成O就行了。

wo335979123 · 发表于 Post on 2023-4-19 22:17:14

slxc920113 发表于 2023-4-19 20:40
cif的解析比较严格，这儿的O-H，程序没有识别出来是O原子，手动改成O就行了。

非常感谢老师，这个工具非常好用，已推荐给课题组

lyy043 · 发表于 Post on 2023-5-15 10:21:43

slxc920113 发表于 2023-4-18 13:21
可以尝试一下我们最近开发的工具：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

请问老师，您的这个工具可以生成有机分子晶体的CHARMM力场文件吗，我按要求上传后没反应

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-5-15 11:01:48

lyy043 发表于 2023-5-15 10:21
请问老师，您的这个工具可以生成有机分子晶体的CHARMM力场文件吗，我按要求上传后没反应

CHARMM力场不适合有机小分子，得用CGenFF，而且用晶体的话没办法给你生成高精度的电荷。上传没反应估计是你的cif文件不规范或者不干净，可以用VESTA转成vasp的格式再试试。

lyy043 · 发表于 Post on 2023-5-15 11:16:33

slxc920113 发表于 2023-5-15 11:01
CHARMM力场不适合有机小分子，得用CGenFF，而且用晶体的话没办法给你生成高精度的电荷。上传没反应估计是 ...

非常感谢老师的回答，我试试

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-5-15 11:30:48

lyy043 发表于 2023-5-15 11:16
非常感谢老师的回答，我试试

在MOF/COF模块内上传，只有那儿支持有机晶体，并且有QEq模型可以算电荷。

lyy043 · 发表于 Post on 2023-5-15 14:36:03

slxc920113 发表于 2023-5-15 11:30
在MOF/COF模块内上传，只有那儿支持有机晶体，并且有QEq模型可以算电荷。

谢谢老师，我是刚开始接触分子力学这块，我研究的是炸药有机分子晶体CL20，在选择电荷模型时，我该选择哪种QEq模型，还有最后一步生成文件时的，x y z该如何填写，当我生成GROMACS或CHARMM软件时的，我该如何转化成适合NAMD软件的，再次感谢老师的帮助

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-5-15 16:04:33

lyy043 发表于 2023-5-15 14:36
谢谢老师，我是刚开始接触分子力学这块，我研究的是炸药有机分子晶体CL20，在选择电荷模型时，我该选择哪 ...

研究爆炸反应应该用反应力场，传统力场只能模拟物理性质。QEq电荷模型你用QMP参数就行。NAMD的格式和CHARMM差不多，未来会直接支持，现在得手动修改。

wo335979123 · 发表于 Post on 2023-5-15 16:15:56

slxc920113 发表于 2023-4-19 20:40
cif的解析比较严格，这儿的O-H，程序没有识别出来是O原子，手动改成O就行了。

老师，你好，还有一个问题，我在MOF模块上传了白云石晶体结构，网站也能够读取信息，但是出现无法下一步的问题，这是力场不支持该结构的问题吗？还是有别的问题.

lyy043 · 发表于 Post on 2023-5-15 16:23:28

slxc920113 发表于 2023-5-15 16:04
研究爆炸反应应该用反应力场，传统力场只能模拟物理性质。QEq电荷模型你用QMP参数就行。NAMD的格式和CHAR ...

好的，非常感谢您

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-5-15 16:32:23

wo335979123 发表于 2023-5-15 16:15
老师，你好，还有一个问题，我在MOF模块上传了白云石晶体结构，网站也能够读取信息，但是出现无法下一步 ...

说明有元素是这个力场所不支持的，可以通过选择多个力场进行杂化来尝试完全匹配。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-5-15 16:33:37

wo335979123 发表于 2023-5-15 16:15
老师，你好，还有一个问题，我在MOF模块上传了白云石晶体结构，网站也能够读取信息，但是出现无法下一步 ...

比如UFF力场

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-5-15 16:43:31

如下图所示

wo335979123 · 发表于 Post on 2023-5-15 21:16:49

slxc920113 发表于 2023-5-15 16:43
如下图所示

非常感谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 怎么生成蒙脱石的力场文件itp