DMol3如何计算特定原子的频率呢？

nnu-xyk

granvia 发表于 2019-10-6 11:22
特定原子的频率？ 不懂啥意思

因为是在slab上面吸附的，考虑到平面在吸附时发生的形变小，因此slab的频率发生的变化不会太大，所以主要的贡献是来自吸附质的，因此叫做“特定原子的频率”，另计算ΔG时需要使用频率，很多文献中也是使用这样的方法，不过不是在dmol3里面，而是在vasp。是这样的思路，有不妥之处还请告知。

卡开发发

nnu-xyk 发表于 2019-10-6 15:10
因为是在slab上面吸附的，考虑到平面在吸附时发生的形变小，因此slab的频率发生的变化不会太大，所以主要 ...

确实有这么做的，方法是一样的。非要这么做的话，也许你可以试试把算完频率的结构勾选using starting Hessian来读取freq计算得到的Hessian再优化一下看看能否把虚频消除。

nnu-xyk

卡开发发 发表于 2019-10-6 17:47
确实有这么做的，方法是一样的。非要这么做的话，也许你可以试试把算完频率的结构勾选using starting Hes ...

好，另还有一个问题,就是我在使用Tools里面的vibrational analysis时提示计算错误，原子质量为0，但是看properties里面质量不为零啊，这样有补救的办法吗？还是只能重新优化了？详见附件。

granvia

卡开发发 发表于 2019-9-27 18:24
所以这种方法有很大任意性，也就是说不参与有限差分的原子的振动耦合不被考虑在计算中，但并没有什么明确 ...

原因应该是强制把Hessian矩阵分块对角化，子块未必是正定的吧？

卡开发发

granvia 发表于 2019-10-6 19:32
原因应该是强制把Hessian矩阵分块对角化，子块未必是正定的吧？

是。但能分块的原因就是因为其他块都是0。但是选择特定的块有可能能够正定，这就有很大任意性。

卡开发发

nnu-xyk 发表于 2019-10-6 18:50
好，另还有一个问题,就是我在使用Tools里面的vibrational analysis时提示计算错误，原子质量为0，但是看p ...

看一下是否处于xsd文件激活状态，具体原因我也不是很了解。

nnu-xyk

卡开发发 发表于 2019-10-6 19:56
看一下是否处于xsd文件激活状态，具体原因我也不是很了解。

感谢回答。 另using starting hessian在xsd文件里右击并没有这个选项呀，具体操作方便告知下吗？就是您上面提到的那个。

卡开发发

nnu-xyk 发表于 2019-10-7 09:23
感谢回答。 另using starting hessian在xsd文件里右击并没有这个选项呀，具体操作方便告知下吗？就 ...

DMol3 Calculations->Task=Geom Optimization->More

nnu-xyk

卡开发发 发表于 2019-10-7 09:42
DMol3 Calculations->Task=Geom Optimization->More

老师您好，还是这个频率的问题，之前计算举的例子氨气在ms7.0里计算N原子为partial hessian时出现负值，而在ms2019里使用同样的一套参数及方法，然后并没有负值，我已经懵了.....

卡开发发

nnu-xyk 发表于 2019-10-15 13:00
老师您好，还是这个频率的问题，之前计算举的例子氨气在ms7.0里计算N原子为partial hessian时出现负值， ...

看一下vibration analysis里面的option是否都勾选project out zero freq modes？

nnu-xyk

卡开发发 发表于 2019-10-15 13:46
看一下vibration analysis里面的option是否都勾选project out zero freq modes？

outmol里是如此的，您说的这个也勾选了。

卡开发发

nnu-xyk 发表于 2019-10-15 17:01
outmol里是如此的，您说的这个也勾选了。

应该参考vibration analysis的。
当然，其他可能也会存在着一些计算参数上的差异，我没用过新版本，但从以往几个版本来说，确实或多或少存在这种问题。