DMol3如何计算特定原子的频率呢？

zzm925427892

谢谢

卡开发发

DMol3 Calculations->Properties->Frequency->More，选择你指定的原子add，然后勾选Calculate Partial Hessian。

zzm925427892

卡开发发 发表于 2019-8-29 15:01
DMol3 Calculations->Properties->Frequency->More，选择你指定的原子add，然后勾选Calculate Partial Hess ...

好的谢谢您

wuzhiyi

DMol3算频率慢到吐血

zzm925427892

wuzhiyi 发表于 2019-8-30 06:10
DMol3算频率慢到吐血

是的，但没办法啊

zzm925427892

卡开发发 发表于 2019-8-29 15:01
DMol3 Calculations->Properties->Frequency->More，选择你指定的原子add，然后勾选Calculate Partial Hess ...

您好，我刚刚按照您说的步骤算了一遍，还是算的全部的原子的频率。。。不知道问题出在哪里。。

卡开发发

zzm925427892 发表于 2019-8-30 09:43
您好，我刚刚按照您说的步骤算了一遍，还是算的全部的原子的频率。。。不知道问题出在哪里。。

按道理不应该。还有两种方法可以试试：
1、非活性区域试着做固定；
2、非活性区域的原子质量设置到很大，比如9999

zzm925427892

卡开发发 发表于 2019-8-30 12:50
按道理不应该。还有两种方法可以试试：
1、非活性区域试着做固定；
2、非活性区域的原子质量设置到很大 ...

好的谢谢您，我再试下！

kyuu

卡开发发 发表于 2019-8-30 12:50
按道理不应该。还有两种方法可以试试：
1、非活性区域试着做固定；
2、非活性区域的原子质量设置到很大 ...

何来的单原子或单种类原子振动，难道不是伪命题吗，今日差评

nnu-xyk

你好，问题解决了吗？我这边也是这个方法算的，然后计算出来频率有问题，一半正一半负，以氨气分子为例，算整体的时候频率全部是正的，使用这个方法以后，选择N原子为partial hessian，计算出来的频率就是一半正一半负。困扰好几天了，实在是想问下

卡开发发

nnu-xyk 发表于 2019-9-27 15:32
你好，问题解决了吗？我这边也是这个方法算的，然后计算出来频率有问题，一半正一半负，以氨气分子为例，算 ...

所以这种方法有很大任意性，也就是说不参与有限差分的原子的振动耦合不被考虑在计算中，但并没有什么明确依据，使用的时候应当非常慎重，一般作为EF方法精修过渡态的话勉强可以用一下。非要说个物理意义你可以认为那些原子的质量是∞，这样算出来的质量加权的Hessian矩阵只有活性区域是非0的，这样就解除了那些原子的耦合。

nnu-xyk

卡开发发 发表于 2019-9-27 18:24
所以这种方法有很大任意性，也就是说不参与有限差分的原子的振动耦合不被考虑在计算中，但并没有什么明确 ...

非常感谢您的回复，抱歉，隔这么久才看到真的是非常不好意思。对于周期性体系想要获取频率实在是太慢了，这个partial hessian的方法负值太多，现在只能尝试计算全部的振动频率，有意思的是计算全部的频率时，频率全部是正的。另外一个问题，我的体系里含75个原子，非线性的振动频率个数应该是3N-6也就是219个，但是outmol里有225也就是3N个，这也是有点费解，方便还请告知一下。

granvia

特定原子的频率？ 不懂啥意思

卡开发发

nnu-xyk 发表于 2019-10-6 10:33
非常感谢您的回复，抱歉，隔这么久才看到真的是非常不好意思。对于周期性体系想要获取频率实在是太慢了， ...

1、那要看获得频率做什么事情。如果只是过渡态计算，那么即便有负值影响并不是很大，可以通过TS opt，这个Hessian本身就是SR1的初猜；但如果计算热化学性质，那么这样的方法使用需要很慎重，原因在上面已经提到了。
2、outmol里面是按照3N算的，平动和转动的投影是在tools-vib analysis完成的，所以这里显示3N-6。

nnu-xyk

卡开发发 发表于 2019-10-6 12:09
1、那要看获得频率做什么事情。如果只是过渡态计算，那么即便有负值影响并不是很大，可以通过TS opt，这 ...

非常感谢您的回答，想获取频率来计算反应的动力学参数，所以有点麻烦。想偷懒使用这方法，没想到用不上了，还是老老实实慢慢算吧。 再次感谢您的回答。