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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2023-2-6 20:02:03 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn打开一个大fchk文件(Ubuntu),错误如下,请问哪里错了?
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
Multiwfn           0000000001F7BEE3  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.32.s  00007F79D8506BB0  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000546D1A  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000753427  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           00000000006EEF64  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           00000000008113BE  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000430E22  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.32.so       00007F79D832ECB2  __libc_start_main     Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000430D29  Unknown               Unknown  Unknown

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-7 01:44:29 | 只看该作者 Only view this author
zhangfuqiang 发表于 2023-2-6 20:02
Multiwfn打开一个大fchk文件(Ubuntu),错误如下,请问哪里错了?
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segment ...

fchk文件有问题(没转换完整、没传输完整等)
或者fchk太大而可用内存太少(注意按照Multiwfn手册2.1.2节说的配置系统,否则空余内存够大也没法利用)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-2-10 17:25:53 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,载入.fchk文件后出现如下信息,随后闪退,请问这是什么原因呢?谢谢老师

202302101725079797..png (44.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

202302101725079797..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-10 23:32:32 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-10 17:25
请教各位老师,载入.fchk文件后出现如下信息,随后闪退,请问这是什么原因呢?谢谢老师

确保当前目录有可写入权限
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-2-11 10:56:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-10 23:32
确保当前目录有可写入权限

这些是利用集群计算的,可能没有权限,谢谢社长

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发表于 Post on 2023-2-15 02:16:16 | 只看该作者 Only view this author
老师好,如图,想在NBO分析中计算O(14)的电子离域到Cu而产生的二阶微扰能量,是不是不分离域到什么轨道,直接加和?

1676398221830.jpg (69.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

1676398221830.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-15 05:20:34 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-2-15 02:16
老师好,如图,想在NBO分析中计算O(14)的电子离域到Cu而产生的二阶微扰能量,是不是不分离域到什么轨道, ...

没有简单的可加和关系
E2之间存在耦合的情况加和没有意义
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发表于 Post on 2023-2-16 02:07:13 | 只看该作者 Only view this author
老师好,按照博文对开壳层波函数作双正交化后,发现轨道能隙改变很大?这样是否正常?该用哪个来讨论?

未双正交化.jpg (28.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

未双正交化.jpg

双正交化后.jpg (29.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

双正交化后.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-16 05:30:13 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-2-16 02:07
老师好,按照博文对开壳层波函数作双正交化后,发现轨道能隙改变很大?这样是否正常?该用哪个来讨论?

讨论双正交化轨道当然用双正交化轨道的能量,显然不能还用MO能量说事。计算方式正确的情况下算出来多少就是多少,本来也没有理由相同序号的双正交化轨道和MO的能量接近,最起码也先从Multiwfn显示的两类轨道图形上对比差异。
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发表于 Post on 2023-2-16 17:09:29 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问图1中的表4.11,所表示的配体的自然电荷,是直接三个原子的自然相加得到的吗?文中表示该配体的自然电荷为转移到金属的净电荷,这种说法是否可行?

图1.jpg (83.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

图1.jpg

图2.jpg (141.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

图2.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-17 02:50:44 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-2-16 17:09
老师好,请问图1中的表4.11,所表示的配体的自然电荷,是直接三个原子的自然相加得到的吗?文中表示该配体的 ...


实际上一个配体和另一个配体之间也或多或少有电子转移,仅当你忽略这一点时,才能把此配体的净电荷当成是与金属之间的净转移量。
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发表于 Post on 2023-2-18 02:46:26 | 只看该作者 Only view this author
老师好,图中是配合物的LUMO图以及原子对其的贡献,我的理解Co的4s轨道对LUMO贡献很大,会有比较明显的正值的电子云形状,是不是我的理解错了?

1676657905083.png (279.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

1676657905083.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-18 06:31:13 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-2-18 02:46
老师好,图中是配合物的LUMO图以及原子对其的贡献,我的理解Co的4s轨道对LUMO贡献很大,会有比较明显的正值 ...

可能你没找对轨道序号
也可能你用了弥散函数,这时候尤其是对空轨道,Mulliken轨道成分分析大概率不可靠。建议用Hirshfeld或Becke,下文说了
谈谈轨道成份的计算方法
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发表于 Post on 2023-2-25 16:27:55 | 只看该作者 Only view this author

Multiwfn导入fch文件报错的问题

各位老师同学好,请问在用Multiwfnd导入fch文件制作分子静电势图时,运行ESPpt.bat提示Unable to find the input file you specified in argument. 用examples里面给出的文件没有这样的问题,尝试用formchk程序重新导出fch文件还是一样的报错,请问我是哪里出错了呀?

1.png (96.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

1.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-26 03:49:57 | 只看该作者 Only view this author
THU_GQ 发表于 2023-2-25 16:27
各位老师同学好,请问在用Multiwfnd导入fch文件制作分子静电势图时,运行ESPpt.bat提示Unable to find the  ...

看清楚Multiwfn屏幕上超级清楚的提示,相信都做量化计算了不至于都没学过英语
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