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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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发表于 Post on 2023-3-16 16:28:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-3-16 16:30 编辑
sobereva 发表于 2023-3-8 22:27
电子密度必然大于0,没什么可说的

H

老师好,我从▽2ρ>0,ρ>0从而判断是电荷转移键, 我把ELF等值面图(等值面为0.9 a.u)和临界点CPs.pdb结合起来作图,显示在临界点没有电子凝聚,但氧原子的电子明显向Cu偏移,导致▽2ρ>0,这样说明是否可行,用拉普拉斯等值面图还是ELF等值面图比较好?

1678955405675.jpg (293.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

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发表于 Post on 2023-3-16 17:07:37 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我算了氟化碳笼中不加,加入一个过剩电子的回转半径,发现只差0.01,请问中性体系下(没有加入过剩电子)计算出的回转半径有意义吗,是否可以用来分析?
2,当氟化碳笼加入一个小分子和一个过剩电子时,是否可以通过总电子密度(电荷为-1)减 含有过剩电子的氟化碳笼的电子密度(电荷为-1) 减 小分子的电子密度来做电子密度差图?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 03:12:51 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2023-3-16 17:07
各位老师好,我算了氟化碳笼中不加,加入一个过剩电子的回转半径,发现只差0.01,请问中性体系下(没有加入 ...

对于电子数很多的体系,相差一个电子对回转半径影响很小。还不如用Multiwfn绘制笼中央的电子密度径向分布函数来对比(两种情况的曲线图绘制在一起),能较为清楚体现过剩电子带来的差异

可以是可以,参考态的选取是人为的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 03:15:46 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2023-3-16 13:45
老师您好,在《使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)》一文(514) ...

单位是a.u.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 03:18:26 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-3-16 16:28
老师好,我从▽2ρ>0,ρ>0从而判断是电荷转移键, 我把ELF等值面图(等值面为0.9 a.u)和临界点CPs.pdb结 ...

这种体系明显不可能有电荷转移键(charge-shift bond),这和极性键完全是两码事
讨论电荷转移键之前先阅读相关文章
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发表于 Post on 2023-3-17 14:03:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 orangesea 于 2023-3-17 14:07 编辑

老师您好,在ALIE分析(514文)我按照ALIE_isoext.txt里的流程手动输入了一遍 ,观察了一下Multiwfn程序和输出的surfanalysis.pdb文件内容,我是使用443文
[atomselect top "index 3"] get beta即可显示出数值。

这段代码在VMD命令窗口读取的数值,为surfanalysis.pdb倒数第二列的数值,和Multiwfn中eV单位数值一致,此时我用代码读取的数据单位是否为eV?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 14:50:25 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2023-3-17 14:03
老师您好,在ALIE分析(514文)我按照ALIE_isoext.txt里的流程手动输入了一遍 ,观察了一下M ...

始终注意看Multiwfn在文本窗口里很详细的提示,导出时明确说了

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发表于 Post on 2023-3-17 20:59:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-17 03:12
对于电子数很多的体系,相差一个电子对回转半径影响很小。还不如用Multiwfn绘制笼中央的电子密度径向分布 ...

谢谢老师的建议,今天学习了http://sobereva.com/616,用Gaussian得到的fchk文件做出的图如下,但不太理解的是加入一个过剩电子后(e=1), 过剩电子不是应该比较集中分布在氟代碳笼中央吗?那在r<3前面rdf应该会比中性大吧?为啥和中性时的分布相似也是rdf几乎为0呢?是我对电子密度径向分布函数理解的不对吗?

1679057321(1).png (9.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 22:50:39 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2023-3-17 20:59
谢谢老师的建议,今天学习了http://sobereva.com/616,用Gaussian得到的fchk文件做出的图如下,但不太理 ...

你先作个密度差图,看是怎么分布再说,别想当然就觉得一定在中央
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

并且确保绘制径向rdf图时中点位置恰当选取了。
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发表于 Post on 2023-3-23 13:09:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-3-23 13:12 编辑

老师好,我使用轨道正交化后观察LUMO轨道,但是图1中所标记的轨道形状有点不解,为什么Co原子里面和外面都有一层电子云排布?

1.png (218.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

1.png

Hirshfeld计算的原子贡献.jpg (51.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

Hirshfeld计算的原子贡献.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-24 00:25:31 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-3-23 13:09
老师好,我使用轨道正交化后观察LUMO轨道,但是图1中所标记的轨道形状有点不解,为什么Co原子里面和外面都 ...

那叫概率密度分布

没什么明显异常,有一点里德堡特征而已
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发表于 Post on 2023-3-24 09:29:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-24 00:25
那叫概率密度分布

没什么明显异常,有一点里德堡特征而已

很感谢老师的回复。那我描述的时候是不是简单说一下Co原子LUMO的贡献明显很大,就可以了,这个里德堡特征需要提到吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-25 03:30:37 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-3-24 09:29
很感谢老师的回复。那我描述的时候是不是简单说一下Co原子LUMO的贡献明显很大,就可以了,这个里德堡特征 ...

是。没必要刻意提
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发表于 Post on 2023-3-25 22:18:40 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,在做Hirshfeld surface指纹图时,如何修改参数做出跟文献类似的指纹图呢?文献给出的指纹图如下(我看到该文章在方法中写道用了multiwfn及VMD,但我琢磨好久也找不到能修改参数的地方)

202303252215592819..png (278.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

202303252215592819..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-26 00:30:27 | 只看该作者 Only view this author
Landyooo 发表于 2023-3-25 22:18
请教老师,在做Hirshfeld surface指纹图时,如何修改参数做出跟文献类似的指纹图呢?文献给出的指纹图如下 ...

你贴的图明明就是Multiwfn直接画出来的,步骤在手册4.12.6节都写明了
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