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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-9 12:42:18 | 只看该作者 Only view this author
Lym 发表于 2022-11-8 18:17
老师您好,我拜读了您AtXn⋯H2O/H2S络合物的这篇文章,请问文中所提及的NBO,SDD的讨论方法能否能够用 ...

SDD是赝势,不是方法

文中的NBO分析不是我做的。NBO分析对于讨论弱相互作用没太大意义,下文明确说了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
如果从轨道相互作用层面讨论,建议用Multiwfn中的ETS-NOCV,看
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-9 12:45:51 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-8 18:58
老师好,请问对于Ni(h2)6和Co(h2o)6两种配合物,定义了两个片段分别为:金属、水配体。理论级别是pbe0/def2 ...

CDA对基组比较敏感
电荷转移量没有唯一衡量方法。从原理上,中心金属不同的情况,电荷转移量和轨道相互作用能也没有绝对的正相关性
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发表于 Post on 2022-11-10 09:39:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-9 12:45
CDA对基组比较敏感
电荷转移量没有唯一衡量方法。从原理上,中心金属不同的情况,电荷转移量和轨道相互 ...

老师您好。我拜读Multiwfn手册,用Multiwfn结合Gaussian对两个配合物作了简单能量分解及NOCV分析,ETS-NOCV计算文件如压缩包里。能量分解算的轨道相互作用能是Co配合物小于Ni配合物(-204.01 vs -210.76),而在Multiwfn程序通过ETS-NOCV方法计算得到的总能量则显示Co配合物大于Ni配合物(-365.57 vs -235.13)。(两个方法定义的片段一样:1,配体,2,金属离子,所用级别都是pbe0/def2svp),不知道为何会出现这样现象?

co.zip

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ni.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 12:34:51 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-10 09:39
老师您好。我拜读Multiwfn手册,用Multiwfn结合Gaussian对两个配合物作了简单能量分解及NOCV分析,ETS-NO ...

一个可能是简单能量分解做的有问题;还一个可能是由于Multiwfn中的ETS-NOCV用的Fock矩阵是用的配合物的,而不是非相互作用状态和实际配合物状态的平均,某些情况计算的轨道相互作用能的绝对大小可能不十分准确。
如果你关注的是轨道相互作用能的总大小,在确保操作正确的前提下,建议用简单能量分解给出的。
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发表于 Post on 2022-11-10 14:07:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-10 12:34
一个可能是简单能量分解做的有问题;还一个可能是由于Multiwfn中的ETS-NOCV用的Fock矩阵是用的配合物的, ...

感谢老师的回复。我上传了ni复合物做简单能量分解的输入文件,麻烦老师有空帮忙看一下是否正确。我是想EDA和ETS-NOCV结合分析,顺便输出一些主要NOCV pair 对轨道相互能的贡献。请问老师针对您说的第二张可能,有解决的办法吗?

ni-EDA.zip

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发表于 Post on 2022-11-15 19:46:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师:在你发的“使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构”帖子中,二茂铁的那个DOS图,为什么Carbon S, Px, Py有一段是负值?我的体系用multifn做的DOS图,横坐标0.2a.u.后,有一段也是负的,审稿人提出说不应该有负值,请问老师是怎么回事呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-15 23:20:47 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-11-15 19:46
sob老师:在你发的“使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构”帖子中,二茂铁的那个DOS图,为什么Carbo ...

Mulliken轨道成份分析方法原理的缺陷,可能给出负的轨道贡献
仔细看
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
《分子轨道成份的计算》(http://sioc-journal.cn/Jwk_hxxb/CN/abstract/abstract340458.shtml
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发表于 Post on 2022-11-16 20:32:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-15 23:20
Mulliken轨道成份分析方法原理的缺陷,可能给出负的轨道贡献
仔细看
谈谈轨道成份的计算方法

非常感谢sob老师。你提到的两篇文章我认真看了,我的体系中PDOS的负值高达-10,这样合理吗?如果合理我直接回复审稿人说Mulliken轨道成份分析方法原理的缺陷,可能给出负的轨道贡献,引这篇分子轨道成分计算的文章,这样可以吗?是不是还要说点什么,请老师指导一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 01:55:56 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-11-16 20:32
非常感谢sob老师。你提到的两篇文章我认真看了,我的体系中PDOS的负值高达-10,这样合理吗?如果合理我直 ...

贴图说明。绝对大小没意义,本来单位就是任意的。PDOS的相对大小才有意义
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发表于 Post on 2022-11-17 19:31:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2022-11-17 19:35 编辑
sobereva 发表于 2022-11-17 01:55
贴图说明。绝对大小没意义,本来单位就是任意的。PDOS的相对大小才有意义



蓝色的线是被吸附气体的,值在-10左右,红色是母体的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-18 02:21:45 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-11-17 19:31
蓝色的线是被吸附气体的,值在-10左右,红色是母体的。

Mulliken计算空轨道成份经常有显著负值,《分子轨道成份的计算》文中明确说了

不想出现负值就用Hirshfeld、Becke或者SCPA方法,下文2.4节都非常明确说了
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html

讨论那么高阶空轨道范围的PDOS本来也没意义,横坐标完全没必要留出那么大空轨道范围

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发表于 Post on 2022-11-18 04:56:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-18 02:21
Mulliken计算空轨道成份经常有显著负值,《分子轨道成份的计算》文中明确说了

不想出现负值就用Hirshf ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-11-23 16:01:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问想将EDA与ETS-NOCV联用分析,但是GAMESS做的能量分解的定义没有轨道相互作用能,该如何联用?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-24 01:03:06 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-23 16:01
老师好,请问想将EDA与ETS-NOCV联用分析,但是GAMESS做的能量分解的定义没有轨道相互作用能,该如何联用?

LMOEDA/GKSEDA内在通过极化项体现轨道相互作用的稳定化
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发表于 Post on 2022-11-28 10:35:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-11-28 10:36 编辑

老师好,我做了ETS-NOCV分析,中心原子是Co,配体都是氧原子。得到了两个贡献最大的NOCV pair,但是不知道该如何分析,望老师指点迷津?

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