如何画环己烷的椅式构象转换图

tianmafei · 发表于 Post on 2020-6-7 08:40:19

本帖最后由 tianmafei 于 2020-6-7 08:42 编辑

请问，如何画出环己烷的椅式构象以及构象转换，从椅式转化为半椅式，扭船式，船式的变化过程？用什么软件能实现？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-6-7 11:33:37

搜索并示意一下你具体想要何种图

tianmafei · 发表于 Post on 2020-6-7 16:29:53

liyuanhe211 发表于 2020-6-7 11:33
搜索并示意一下你具体想要何种图

我想画如上图所示的构象图，它可以演示出环己烷的构象转换过程。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-6-7 17:37:50

tianmafei 发表于 2020-6-7 16:29
我想画如上图所示的构象图，它可以演示出环己烷的构象转换过程。

你这不就是个静态的构象？如何演示转换过程

tianmafei · 发表于 Post on 2020-6-7 19:12:29

liyuanhe211 发表于 2020-6-7 17:37
你这不就是个静态的构象？如何演示转换过程

上图只是我截的图，出处在大连理工大学的有机化学MOOC课，高占先教授主讲。里面有环己烷的构象转换视频，我截了屏。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-6-7 19:27:55

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-6-7 19:30 编辑

tianmafei 发表于 2020-6-7 19:12
上图只是我截的图，出处在大连理工大学的有机化学MOOC课，高占先教授主讲。里面有环己烷的构象转换视频， ...

简单的：算个过渡态，然后导出虚频对应的振动的gif
复杂的：算个过渡态，然后跑irc，然后把每一帧的结构存成png，然后用别的工具制作gif。
柔性扫描也许也可以。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-6-7 19:38:30

本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-6-7 19:41 编辑

tianmafei 发表于 2020-6-7 19:12
上图只是我截的图，出处在大连理工大学的有机化学MOOC课，高占先教授主讲。里面有环己烷的构象转换视频， ...

licecap录个屏呀，截个图谁知道它做的是哪种过程

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-8 15:58:11

最简单的流程：
拿Gaussian先把三种构象都优化出来，利用QST2获得相应的两种构象转变的TS，跑IRC，用gview把IRC动画直接导出成gif动画
用到的知识：
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

tianmafei · 发表于 Post on 2020-6-9 08:22:35

sobereva 发表于 2020-6-8 15:58
最简单的流程：
拿Gaussian先把三种构象都优化出来，利用QST2获得相应的两种构象转变的TS，跑IRC，用gview ...

明白了，谢谢社长！

granvia · 发表于 Post on 2020-6-9 12:05:51

sobereva 发表于 2020-6-8 15:58
最简单的流程：
拿Gaussian先把三种构象都优化出来，利用QST2获得相应的两种构象转变的TS，跑IRC，用gview ...

跑个MD是不是更简单？构像转换温度应该不会太高

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-9 15:27:27

granvia 发表于 2020-6-9 12:05
跑个MD是不是更简单？构像转换温度应该不会太高

MD没法给出最理想化的路径，实际分析起来也不方便

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-12 09:20:22

本帖最后由 flyingchow 于 2021-10-12 09:24 编辑

sobereva 发表于 2020-6-8 15:58
最简单的流程：
拿Gaussian先把三种构象都优化出来，利用QST2获得相应的两种构象转变的TS，跑IRC，用gview ...

谢谢社长的指导，我在用qst2跑过渡态的时候，老是出现原子间距过小的报错。

请问您，我们建立初始船式构象核末尾椅式构象的时候，有什么需要注意的点使得这个过渡态寻找能更顺利吗？

(船式和椅式构象都经过优化了。)
谢谢！

asdf · 发表于 Post on 2021-10-12 11:12:19

做过类似环幸烷结构带基团的构象转换，环己烷各结构已知，就按社长说的方法做。如果不知道构象结构，试试动力学搜索。环状结构参数复杂，不太好做柔性搜索。

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-12 11:28:58

asdf 发表于 2021-10-12 11:12
做过类似环幸烷结构带基团的构象转换，环己烷各结构已知，就按社长说的方法做。如果不知道构象结构，试试动 ...

我就是按社长的方法跑qst2，但是总是报错，原子间距过小。

我不知道我的初始和终点结构有什么问题。

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-10-12 17:37:53

flyingchow 发表于 2021-10-12 11:28
我就是按社长的方法跑qst2，但是总是报错，原子间距过小。

我不知道我的初始和终点结构有什么问题。

有问题你就把结构贴出来。上传输入输出文件，大家几秒就看出来了

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