如何画环己烷的椅式构象转换图

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-12 20:37:39

flyingchow 发表于 2021-10-12 11:28
我就是按社长的方法跑qst2，但是总是报错，原子间距过小。

我不知道我的初始和终点结构有什么问题。

那是你用法不对，估计原子序号没有匹配正确，导致自动确定的过渡态初猜是扭曲的

我的培训里都有现成的例子

跑完的输出文件

cyclohexane.out (474.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-12 21:59:29

zjxitcc 发表于 2021-10-12 17:37
有问题你就把结构贴出来。上传输入输出文件，大家几秒就看出来了

大家好，这个就是我的输入文件附件。请大家帮忙检查一下，看看是哪里出了问题。谢谢。

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-12 22:01:20

sobereva 发表于 2021-10-12 20:37
那是你用法不对，估计原子序号没有匹配正确，导致自动确定的过渡态初猜是扭曲的

我的培训里都有现成的 ...

谢谢老师，我人在美国，现在也不方便回国。上个月才远程上了您的入门版。希望近期开始进一步学习。

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-10-12 22:07:17

flyingchow 发表于 2021-10-12 21:59
大家好，这个就是我的输入文件附件。请大家帮忙检查一下，看看是哪里出了问题。谢谢。

很明显结构十分不合理，14,15号氢两个几乎重合了，算之前不检查结构的么

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-12 22:21:36

zjxitcc 发表于 2021-10-12 22:07
很明显结构十分不合理，14,15号氢两个几乎重合了，算之前不检查结构的么

我刚刚已经试成功了，我上传的不是我的输入文件。我的输入文件中结构是合理的，但是由于序号编的不对，跑的过程中14号15号就重合了。
谢谢各位公社社员以及社长的帮助。
社长的课程，为我打开新世界大门。

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