Opls-AA 的charge问题

hogan6789 · 发表于 Post on 2018-4-3 16:09:43

想请教大神
为什么ffnonbond.itp 里的原子的charge只有一个但是atomename2type.n2t档确有好几种？
我想要自己建构一个itp档，一开始我是先查好我要用的opls然后直接复制ffnonbond里的资讯，但这样最后似乎有总电荷没有中和的问题
请问我的charge应该遵造哪个

beyond · 发表于 Post on 2018-4-3 17:31:17

通常ffnonbonded.itp中的charge是不会被pdb2gmx读取的，而是aminoacids.rtp中的。
如果要自己手动构建itp文件，自己手动设置电荷（计算所得）就可以了

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-3 17:35:11

程序实际用的原子电荷是[moleculetype]里的[atoms]字段的

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-4-3 19:12:40

直接提交到这里

http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

hogan6789 · 发表于 Post on 2018-4-3 19:36:33

sobereva 发表于 2018-4-3 17:35
程序实际用的原子电荷是[moleculetype]里的[atoms]字段的

我就是正在编辑[atoms]碰到的问题!

; include the OPLS forcefield
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"

; add our own ethanol
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
ethanol 3

[ atoms ]
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
1 opls_158 1 THR CB 1 0.145 12.011
问题是这边这个0.145的值该如何决定?
因为可能有好几种不同的charge

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-3 20:51:56

hogan6789 发表于 2018-4-3 19:36
我就是正在编辑[atoms]碰到的问题!

; include the OPLS forcefield

如果你是问电荷怎么获得合适，用Multiwfn计算CM5电荷，乘上1.2，就是适合OPLS-AA力场用的电荷，这里有测试证明此做法的合理性JPCB, 121, 3864 (2017)

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