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[GROMACS] 运行能量最小化出现System I/O error,这个怎么解决啊

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本帖最后由 zdy 于 2018-3-8 20:46 编辑

跪求这个问题咋解决啊,运行最小化就卡住了。

System I/O error:
Library file 'residuetypes.dat' not foundin current dir nor in the default
directories.
The following paths were searched:
/sob/100 (current dir)
/sob/gmx2016.4/share/gromacs/top (default)
You can set additional directories to searchwith the GMXLIB path variable.
    ,在运行的过程中还会出现如图片所示的现象,想问一下为什么出现这种情况,是模型构建不合理吗?(我是从ATB网站上下载下来的拓扑和结构文件)谢谢

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发表于 Post on 2018-3-8 21:21:21 | 只看该作者 Only view this author
正常安装完毕后,residuetypes.dat就应该在/sob/gmx2016.4/share/gromacs/top下面。检查此目录下到底有没有,如果没有,看到底这文件在哪里
mdp不合理(升温过快、步长太大等等)、初始结构不合理或者没做优化,或者top文件没弄对都可能导致
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