计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 19206|回复 Reply: 20
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 绘图求助:用什么软件可以将两点坐标自动连成线并能设置线的粗细?

[复制链接 Copy URL]

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

请教公社各位是否有绘制过类似上传的两张图中的图?用途是用来说明动力学模拟中分子之间的连接性,绘制原理根据确定分子的质心坐标,然后连成线,我想求助有什么软件能够实现两个坐标之间连线并能设置线的粗细?非常感谢!

捕获.JPG (202.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 106)

图一

图一

捕获1.JPG (264.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 104)

图二

图二

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-3-6 14:46:56 | 只看该作者 Only view this author
VMD里自己写个脚本就可以实现,也就几十行。现成的工具没听说过
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1149

帖子

6

威望

6633

eV
积分
7902

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2018-3-6 15:57:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-6 14:46
VMD里自己写个脚本就可以实现,也就几十行。现成的工具没听说过

可以用vmd里面的dynamic bonds,只选中想要连线的原子,然后调节成键的判断条件

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-6 17:45:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-6 14:46
VMD里自己写个脚本就可以实现,也就几十行。现成的工具没听说过

谢谢sob老师指点。

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-6 17:46:53 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-3-6 15:57
可以用vmd里面的dynamic bonds,只选中想要连线的原子,然后调节成键的判断条件

谢谢指点。但是我想要连线的原子很多,所以手动起来很麻烦。没用过这个选项,我待会试下。先请问你这个可以设置序号吗?

1149

帖子

6

威望

6633

eV
积分
7902

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2018-3-6 18:23:42 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2018-3-6 17:46
谢谢指点。但是我想要连线的原子很多,所以手动起来很麻烦。没用过这个选项,我待会试下。先请问你这个可 ...

原子类型应该就那么几种,或者原子名称相同,总有规律的,并不是手动输入序号

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2018-3-6 18:26:27 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-3-6 15:57
可以用vmd里面的dynamic bonds,只选中想要连线的原子,然后调节成键的判断条件


连线貌似是对质心连线
团簇数目太多,如果自己一个个点怕会累死,而且也不好考察随随时间的变化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2018-3-6 18:29:31 | 只看该作者 Only view this author
你可以上传个图5那样的结构文件,如果谁(或我)有空说不定就帮你把脚本顺手写了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1149

帖子

6

威望

6633

eV
积分
7902

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2018-3-6 18:54:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-6 18:26
连线貌似是对质心连线
团簇数目太多,如果自己一个个点怕会累死,而且也不好考察随随时间的变化

质心的话就比较麻烦了
如果是原子的话比较简单(偷懒的话选个看起来在分子中心的原子,连起来也行。。)

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-7 10:27:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-6 18:29
你可以上传个图5那样的结构文件,如果谁(或我)有空说不定就帮你把脚本顺手写了

感谢sob老师的提议。我上传了一个结构文件(snapshot-1.gro),一个包含两个残基之间质心的距离及坐标文件(test.dat)。希望经验丰富的老师,看到此贴子,如果您有时间有兴趣的话能实现绘制此图的方法。期待回复。非常感谢!

snapshot-1.gro

931.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

结构文件

test.dat

58.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

质心距离及坐标文件

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-7 10:28:40 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-3-6 18:54
质心的话就比较麻烦了
如果是原子的话比较简单(偷懒的话选个看起来在分子中心的原子,连起来也行。。) ...

恩恩,谢谢指点。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2018-3-7 19:12:13 | 只看该作者 Only view this author
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-7 19:38:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-7 19:12
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

感谢sob老师!

87

帖子

0

威望

1969

eV
积分
2056

Level 5 (御坂)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 14:51:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-7 19:12
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

sob老师,再向您请教个问题,这个怎么把盒子周期性考虑进去呢?盒子两边的分子也有可能是小于设定距离的?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2018-3-13 22:40:33 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2018-3-13 14:51
sob老师,再向您请教个问题,这个怎么把盒子周期性考虑进去呢?盒子两边的分子也有可能是小于设定距离的 ...


没有简单办法。除非修改脚本,在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 11:14 , Processed in 0.175240 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list