自由能分解问题

xiaochenxi

自由能分解中group1和group2有什么区别， 和colvarsA中的 distanceZ {    forceNoPBC   yes
      main {
         atomnumbers { 71 }
      }
      ref {
         atomnumbers { 100 131 162 193 224 255 286 }  有关系吗？谢谢大家了

fhh2626

pair interaction里面的group1和group2和colvars里面的设置没关系

不管group1和group2怎么设置，算出来的能量都是一样的，算出来的力应该是group1的受力，所以如果你把pair interaction里面的group1和group2写反了的话，能量应该不变，输出的力相反

话说这个问题你好像问过。。

xiaochenxi

fhh2626 发表于 2018-1-31 14:27
pair interaction里面的group1和group2和colvars里面的设置没关系

不管group1和group2怎么设置，算出来 ...

是的，我问过，可是namd教程里没有说清到底谁是group1和group2,想弄得更明白些，能提供可靠地文献或者其他相关的来证明它吗？谢谢啦，我对这方面不是很懂，一个人在捉摸，所以会遇到一些问题

xiaochenxi

fhh2626 发表于 2018-1-31 14:27
pair interaction里面的group1和group2和colvars里面的设置没关系

不管group1和group2怎么设置，算出来 ...

就是说group1是受力者，group2是施加力的？

xiaochenxi

fhh2626 发表于 2018-1-31 14:27
pair interaction里面的group1和group2和colvars里面的设置没关系

不管group1和group2怎么设置，算出来 ...

@fhh2626

fhh2626

xiaochenxi 发表于 2018-1-31 19:34
是的，我问过，可是namd教程里没有说清到底谁是group1和group2,想弄得更明白些，能提供可靠地文献或者其 ...

NAMD supportes the calculation of interaction energy calculations between two groups of atoms. When enabled, pair interaction information will be calculated and printed in the standard output file on its own line at the same frequency as energy output. The format of the line is PAIR INTERACTION: STEP: step VDW_FORCE: fx fy fz ELECT_FORCE: fx fy fz. The displayed force is the force on atoms in group 1 and is units of kcal/mol/Å.

For trajectory analysis the recommended way to use this set of options is to use the NAMD Tcl scripting interface as described in Sec. 2.2.2 to run for 0 steps, so that NAMD prints the energy without performing any dynamics.