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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS 2018已发布

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发表于 Post on 2018-3-6 10:22:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-16 07:20
只要有个强大的GPU,诸如1080Ti,哪怕四核机子跑也挺快

那请问sob老师,如果我同时安装了gromacs-5.1.2和gromacs-2018的gpu版本的话,调用命令如果是一样的该怎么调整呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-6 13:18:14 | 只看该作者 Only view this author
zdwssg123 发表于 2018-3-6 10:22
那请问sob老师,如果我同时安装了gromacs-5.1.2和gromacs-2018的gpu版本的话,调用命令如果是一样的该怎 ...

在.bashrc里同时加入对两个版本的设置,不用的那个就注释掉
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-3-11 15:04:00 | 只看该作者 Only view this author
随着版本的更新,力场参数有没有增加呢?

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发表于 Post on 2018-3-11 15:46:16 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2018-1-20 11:50
以下是我的个人见解,仅供参考:
1、如果有2683V4就用,由于主频低,单核处理能力是不如2680V3的。但是 ...

您好,linux下用什么监测gpu的温度呢?
另外80-90度的高温是不是影响gpu的温度呀,有什么好办法么
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 21:03:10 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2018-3-11 15:46
您好,linux下用什么监测gpu的温度呢?
另外80-90度的高温是不是影响gpu的温度呀,有什么好办法么
谢谢 ...


对于n卡,装了nvidia的驱动后,在linux系统中的驱动面板里可以看到温度(也看具体显卡)。八九十度完全没关系。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-11 21:04:06 | 只看该作者 Only view this author
zdwssg123 发表于 2018-3-6 10:22
那请问sob老师,如果我同时安装了gromacs-5.1.2和gromacs-2018的gpu版本的话,调用命令如果是一样的该怎 ...

.bashrc文件里同时写上5.1.2和2018的配置信息,用哪个版本就把不用的版本的信息注释掉
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发表于 Post on 2018-3-12 08:03:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 alystone 于 2018-3-12 08:04 编辑
mol 发表于 2018-3-11 15:46
您好,linux下用什么监测gpu的温度呢?
另外80-90度的高温是不是影响gpu的温度呀,有什么好办法么
谢谢 ...

你好,我一般用nvidia-smi命令来检测GPU温度及GPU使用情况。如果linux提示查找不到该命令,请检查nvidia驱动目录是否写进PATH路径。我一般用watch nvidia-smi命令实时监测GPU温度。
对于GPU温度,具体要看是什么GPU型号和厂家,对于同代旗舰GPU,像680,780,980,1080(Ti)等,板子的质量和极限温度会高一些,90度以内是可以接受的,但要注意机器的通风,不要让热量聚集引发烧掉晶体管的危险。对于其他型号的显卡,用量就没这么好,特别是像GTX750Ti,GTX1050这类低功耗的GPU,达到这么高的温度的时候一定要检查显卡的散热系统,因为此类卡即使满载,一般也不可能达到这么高的温度。除此之外,还要注意低代旗舰卡的温度也不应较高,像280,480,580卡,由于硬件工艺和电源管理系统的优化技术较低,这类卡长时间的高温运行,带来的风险会比高代旗舰的风险大得多,尽量保持在80度以内的运行,会对长时间的计算任务有大大的帮助。
如果出现GPU温度实在太高,与自己的预期不符的情况,但是还想进行科学运算,可利用init 5的命令进入图形界面,在nvidia的控制面板处,对GPU进行降频和锁频,以此来限制GPU运行的满载频率,但这个降频和锁频的操作是需要近几年的GPU才支持这样做,早些年的GPU硬件上是不支持的。这样就可以有效的控制GPU的最大温度,但会牺牲掉GPU的运行效率。具体效率和温度之间的关系,需要你不断地测试你当前的环境而决定。
谢谢。

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发表于 Post on 2018-3-12 08:44:48 | 只看该作者 Only view this author
Gromacs 2018版的GPU代码:
$ find . | grep ".cu$"
./gpu_utils/pmalloc_cuda.cu
./gpu_utils/pinning.cu
./gpu_utils/cudautils.cu
./gpu_utils/tests/devicetransfers.cu
./gpu_utils/gpu_utils.cu
./ewald/pme-solve.cu
./ewald/pme.cu
./ewald/pme-gather.cu
./ewald/pme-timings.cu
./ewald/pme-spread.cu
./ewald/pme-3dfft.cu
./utility/cuda_version_information.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_VF_prune.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_F_noprune.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_F_prune.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_VF_noprune.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_pruneonly.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_data_mgmt.cu

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发表于 Post on 2018-3-12 09:50:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有关于gromacs的学习资料吗?比如按照实例操作一下这类型的资料,这类资料好像找不到,只能在一些书上找到些凤毛菱角的东西。谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-12 12:04:39 | 只看该作者 Only view this author
杜黎小松 发表于 2018-3-12 09:50
sob老师,有关于gromacs的学习资料吗?比如按照实例操作一下这类型的资料,这类资料好像找不到,只能在一些 ...


科音的分子动力学与GROMACS培训班是最系统的学习GROMACS的渠道,没有之一,介绍见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
所有网上和gmx有关的资料我一个不差全都看过,基本都是零碎的东西,也就Justin有几个gmx教程还算说得过去(http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html),但是里面有不少错误、不合理的地方
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