GROMACS 2018已发布

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-15 00:22:12

release note：
http://manual.gromacs.org/documentation/2018/release-notes/index.html
主要改进还是性能上的提升、对新硬件更好的支持。特别是GPU加速时原本很多CPU的工作都转移到了GPU上，从而降低了对CPU性能的要求。功能上没显著改进。

下载地址
ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.tar.gz

alystone · 发表于 Post on 2018-1-15 08:33:11

Gromacs的Cpu并行实在做的太好了，如果课题组里CPU核数多节点多，个人觉得没必要使用GPU加速。当然如果CPU规模小，这是个好消息。

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-15 10:14:44

alystone 发表于 2018-1-15 08:33
Gromacs的Cpu并行实在做的太好了，如果课题组里CPU核数多节点多，个人觉得没必要使用GPU加速。当然如果CPU ...

GPU性价比还是高得多。不到一万的机子速度能比得上较好配置的双路服务器

alystone · 发表于 Post on 2018-1-15 11:14:00

sobereva 发表于 2018-1-15 10:14
GPU性价比还是高得多。不到一万的机子速度能比得上较好配置的双路服务器

赞同。GPU的性价比是CPU比不来的。

kunkun · 发表于 Post on 2018-1-15 21:21:06

这个提升有多大呢？原来需要10个cpu的计算现在要多少个？如果不需要很多的话，我服务器也可以同时开始跑起动力学了

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-16 07:20:51

kunkun 发表于 2018-1-15 21:21
这个提升有多大呢？原来需要10个cpu的计算现在要多少个？如果不需要很多的话，我服务器也可以同时开始跑起 ...

只要有个强大的GPU，诸如1080Ti，哪怕四核机子跑也挺快

张雅琴 · 发表于 Post on 2018-1-18 16:43:59

sobereva 发表于 2018-1-16 07:20
只要有个强大的GPU，诸如1080Ti，哪怕四核机子跑也挺快

您好想请教个问题，我们现有的节点CPU是32核的E5-2682-v4，
好的GPU，如1080TI算gromacs的速度能比得过吗？

alystone · 发表于 Post on 2018-1-18 17:38:15

本帖最后由 alystone 于 2018-1-18 17:42 编辑

张雅琴发表于 2018-1-18 16:43
您好想请教个问题，我们现有的节点CPU是32核的E5-2682-v4，
好的GPU，如1080TI算gromacs的速度能比得过 ...

具体需要你测试，我的GTX1080/i7-2600没有干过24核的双路E5-2680V3。当然我当时用的版本是GROMACS5.1.4，新版本应该会强一些。

张雅琴 · 发表于 Post on 2018-1-19 21:11:01

alystone 发表于 2018-1-18 17:38
具体需要你测试，我的GTX1080/i7-2600没有干过24核的双路E5-2680V3。当然我当时用的版本是GROMACS5.1.4， ...

2680v3我们也有请问1080TI大概相当于2680v3的几成？

alystone · 发表于 Post on 2018-1-20 11:50:55

张雅琴发表于 2018-1-19 21:11
2680v3我们也有请问1080TI大概相当于2680v3的几成？

以下是我的个人见解，仅供参考：
1、如果有2683V4就用，由于主频低，单核处理能力是不如2680V3的。但是跑mpi并行化作业，36核的综合优势还是比V3要强一些。我没有做过测试，你可以看一些两个cpu的测试。个人感觉跑gromacs，AVX2指令集下，36核的V4要比24核的V3强0.2-0.3左右。
2、在GROMACS5.1.4版本下，我的结果是24核并行2680V3比GTX1080强0.1-0.2，但是由于GTX1080TI要比GTX1080强1.25左右，可以说GTX1080TI已经超越了24核的双路2680V3。
3、在加上新版本2018版把一些CPU计算任务加入到GPU中，这会对发挥GPU优势是很大的提升。
   在老版本里，只有类似PME这种静电会写进GPU，所以会有GPU和CPU性能的平衡，不能有短板才能跑得快。
   新版本里，也就是只要有不是太差的CPU起到调度作用，有逻辑运算能力，不需要大科学运算，只要有强的GPU就会跑的很快。
   这个时候，你会发现老版的Gromacs GPU跑的时候只有50度-60度，新办的Gromacs跑的时候有80度-90度。
4、我个人有4个GPU工作站，我在算一些不是很关键的任务的时候，还是选择服务器提交，因为GPU计算的时候太吵了，我没有专门的机房去放机器，但我们的CPU服务器是远程的。我还是喜欢安静的思考问题的，所以只有要紧急数据的时候，我会用我的GPU加速迅速得到结果。
5、在算一些较多的任务的时候，比如热力学积分、伞形采样，一个GPU只能运算一个作业，但是一般服务器的CPU队列是很多的，这样的情况就可以大大发挥CPU的性能，用GPU只能一个一个算，用CPU可以同时算。大大减少了实际运用的时间。

综上所述，在gromacs5.1.4下，你的GTX1080TI 和 CPU服务器的性能差别不会很大，即使差，最大也是在百分之二十左右的差别，这对于动力学来说是一个可以接受的差别。

动力学的精髓在于分析，拿轨迹只是最初的一步。个人意见，有误见谅。

张雅琴 · 发表于 Post on 2018-1-21 16:46:36

alystone 发表于 2018-1-20 11:50
以下是我的个人见解，仅供参考：
1、如果有2683V4就用，由于主频低，单核处理能力是不如2680V3的。但是 ...

十分感谢！

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2018-1-21 22:30:46

为防止大陆用户下载困难，特上传百度盘，需要的自行下载。

链接：https://pan.baidu.com/s/1ggzFGMv 密码：pmjt

lonemen · 发表于 Post on 2018-1-27 11:48:15

分析的很实际，很透彻。谢谢分享！

神龍 · 发表于 Post on 2018-2-4 15:55:02

谢谢分享

zdwssg123 · 发表于 Post on 2018-3-6 10:22:37

sobereva 发表于 2018-1-16 07:20
只要有个强大的GPU，诸如1080Ti，哪怕四核机子跑也挺快

那请问sob老师，如果我同时安装了gromacs-5.1.2和gromacs-2018的gpu版本的话，调用命令如果是一样的该怎么调整呢？

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