PLUMED 自由能面图问题请教

霜晨月

从前做unbiased MD时，感觉蛋白质的自由能面图的能量数值不是很高，十几个Kcal/mol就已经很高了。

但我用PLUMED + Gromacs 跑一个Metadynamics的时候（模拟的是一个loop的开闭运动），自由能动不动就二三百个KJ/mol。PLUMED 手册上说能量单位都是KJ/mol。

不知这正常吗？

陈明mchen

请问你的问题解决了吗？
最近我也是在跑一个自由能的体系，用umbrella sampling的时候，自由能大约是10kJ/mol
但是在跑一个PLUMED + Gromacs的体系，自由能动不动几百到几千kJ/mol

霜晨月

陈明mchen 发表于 2019-1-11 10:32
请问你的问题解决了吗？
最近我也是在跑一个自由能的体系，用umbrella sampling的时候，自由能大约是10kJ/ ...

当初的问题一直没有解决，后来那个体系做umbrella sampling，自由能也是只有20KJ/mol左右。
现在想起来，metadynamics自由能特别高可能与采样未收敛有关。当然这只是我的推测，未必正确。。。

你模拟的是什么体系？CV怎么定义的？metadynamics的时候，体系在CV空间中弥散很快吗？

k64_cc

边界区域gaussian function都没累加到，可不越来越高……

实在搞不定就用umbrella sampling和wham吧

霜晨月

k64_cc 发表于 2019-1-29 14:08
边界区域gaussian function都没累加到，可不越来越高……

实在搞不定就用umbrella sampling和wham吧

弱弱地问一句：边界区域的高斯函数为什么会累加不到？
看Plumed的手册，似乎没提到这个问题。。。
谢谢

fhh2626

霜晨月 发表于 2019-1-11 11:24
当初的问题一直没有解决，后来那个体系做umbrella sampling，自由能也是只有20KJ/mol左右。
现在想起来 ...

你看过轨迹吗？感觉MtD应该是破坏蛋白质结构了，US相比于MtD，在正交空间的采样上要弱很多，也就是说US模拟，体系在与反应坐标正交的方向上一般不会有较大的结构变化，所以US更加依赖于初始结构

你也可以试试Plumed里面的eABF（DRR）模块，我感觉可能会得到类似MtD的结果

霜晨月

fhh2626 发表于 2019-2-3 02:26
你看过轨迹吗？感觉MtD应该是破坏蛋白质结构了，US相比于MtD，在正交空间的采样上要弱很多，也就是说US模 ...

看过MTD的轨迹，蛋白结构没有破坏，所研究的那段loop构象变化很剧烈，但不算破坏结构。其余的蛋白主体部分很稳定。
MTD的主要问题是体系经常掉进很深的坑里，一两百ns才能爬出来，爬出来不久又掉到另一个坑里，二维CV空间到处是坑，有的坑动不动上百KJ/mol。所以自由能达到几百KJ，而且跑了快10个microsecond还没有收敛迹象。。。
这种情况您有什么建议吗？谢谢

fhh2626

霜晨月 发表于 2019-2-3 11:09
看过MTD的轨迹，蛋白结构没有破坏，所研究的那段loop构象变化很剧烈，但不算破坏结构。其余的蛋白主体部 ...

你说的是反应坐标空间内的坑还是正交空间内的坑？

反应坐标空间是指你的反应坐标能描述（在自由能图上显示的）坑
正交空间是反应坐标不能描述的方向（在自由能图上不显示的）坑

霜晨月

fhh2626 发表于 2019-2-3 11:43
你说的是反应坐标空间内的坑还是正交空间内的坑？

反应坐标空间是指你的反应坐标能描述（在自由能图上 ...

反应坐标空间（两个CV组成的二维空间）的坑，也就是自由能图上的坑，到处都是
正交空间有没有坑，还不知道

fhh2626

霜晨月 发表于 2019-2-3 12:01
反应坐标空间（两个CV组成的二维空间）的坑，也就是自由能图上的坑，到处都是
正交空间有没有坑，还不知 ...

反应坐标空间有坑这是正常的吧，你用US就没有坑了？

霜晨月

fhh2626 发表于 2019-2-3 20:27
反应坐标空间有坑这是正常的吧，你用US就没有坑了？

不少坑太深了，动辄几百KJ，而且一两百ns爬不出来
一直不收敛