表面的固定与虚频问题

華華

我在计算表面反应时，用Dmol3搜索过渡态之后，频率分析，发现除了大的虚频，有很多-0.08左右的小虚频，而这些小虚频对应的振动方向是表面下层固定的原子，想知道（1）为什么下层原子已经固定了，反应过程中还会振动？（2）这些小虚频有影响吗，如果有的话应该怎么消去这些小虚频呢？谢谢大家！！！！

xylz6188

用DMol3 来做反应机理，特别是周期性模型，要想把虚频全部消除那简直是天方夜谭，我曾经也遇到这种问题，一般把虚频小于40以下的可以忽略，能消除那是最好的。

華華

xylz6188 发表于 2017-12-21 14:51
用DMol3 来做反应机理，特别是周期性模型，要想把虚频全部消除那简直是天方夜谭，我曾经也遇到这种问题，一 ...

好的，谢谢解答！！

卡开发发

華華 发表于 2017-12-21 14:55
好的，谢谢解答！！

你可以考虑使用Vib_Atoms_Move关键字来移动非固定的原子来构造Hessian，这样等同于其他Hessian中固定原子的矩阵元为0，http://classic.chem.msu.su/cgi-b ... HW-7245-1039+00.htm提到的方法与此方法类似。

華華

卡开发发 发表于 2017-12-22 06:56
你可以考虑使用Vib_Atoms_Move关键字来移动非固定的原子来构造Hessian，这样等同于其他Hessian中固定原子 ...

你好，可以具体说一下吗？刚开始做不是很明白。MS在哪里可以输关键词呢？
还有想问一下老师，搜索过渡态是勾选“Frequency”是必须的吗？不勾选的话有没有影响？谢谢！！

卡开发发

華華 发表于 2017-12-22 22:13
你好，可以具体说一下吗？刚开始做不是很明白。MS在哪里可以输关键词呢？
还有想问一下老师，搜索过渡态 ...

1、dmol3 calculations->files->save files，然后会产生input文件，手工修改input后在激活input状态下dmol3 calculations->files->run files。
2、频率当然要勾选，这样Hessian是通过有限差分严格计算得到，否则Hessian矩阵是BFGS近似更新得到的。

華華

卡开发发 发表于 2017-12-22 22:52
1、dmol3 calculations->files->save files，然后会产生input文件，手工修改input后在激活input状态下dmo ...

好的，谢谢老师解答