NAMD-xtb QM/MM interface

tjuptz · 发表于 Post on 2021-12-9 14:15:36

fhh2626 发表于 2021-12-9 13:22
应该是不行的

谢谢您，这个还蛮重要的，期待后续加入该功能。

CasDonkin · 发表于 Post on 2024-4-16 10:15:20

付老师您好，我最近在使用您的NAMD/xtb interface在QM(GFN2-xtb)/MM(Charmm36m)级别下计算酶催化过程，根据前人报道，其中一步由一个亲核进攻和一个质子转移协同发生，请问colvars是否能正确地在QM/MM中处理2个CV，描绘二维反应自由能面吗？在使用NAMD作为QM/MM的interface时，1维的PMF比较常见，在此请教付老师，提前向您表示感谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-4-16 14:24:14

CasDonkin 发表于 2024-4-16 10:15
付老师您好，我最近在使用您的NAMD/xtb interface在QM(GFN2-xtb)/MM(Charmm36m)级别下计算酶催化过程，根据 ...

可以的。Colvars是描述几何/集合变量的方法，和使用QM还是MM本身不直接相关

CasDonkin · 发表于 Post on 2024-7-25 18:17:04

付老师您好，我最近打算尝试使用您的Interface在QM(GFN2-xtb)/MM(Charmm36m)级别下计算活性位点含过渡金属的酶催化过程，类似于下文：https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c10200。

我在阅读了您的脚本后，发现您的脚本中并未通过设置--uhf 选项加入单电子数的设置。根据我的理解，我是否可以在脚本中run_qmmm()函数部分的subprocess.call([XTBDIR, xtbxyz, '--grad', '--chrg', str(QMCHARGE[qmpart]), '--gfn', str(GFNVER)], stdout = outputRedirect, stderr = outputRedirect) 中加入'---uhf ' 选项即可运行计算，而无需其他改动？（如对六重态Mn2+设置为uhf = 5，对于单重态和三重态的Ni2+分别设置uhf为0或2）

提前向您表示感谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-7-28 18:06:25

CasDonkin 发表于 2024-7-25 18:17
付老师您好，我最近打算尝试使用您的Interface在QM(GFN2-xtb)/MM(Charmm36m)级别下计算活性位点含过渡金属 ...

可以的

po390 · 发表于 Post on 2024-9-21 17:15:12

付老师,您好,您的namd-xtb脚本非常好用帮我解决了不少问题,非常感谢!
不过使用中我遇到一个问题,发现无论xtb都是单核在跑(虽然对我的单核的速度也够用了),namd如何可以多核去调用xtb?
NAMD2.14和3.0都试过,都是单核去调用xtb,无法多核调用(设置多核环境变量都无效果).
其实,之前在用namd提供的mopac interface同样存在类似的问题.
这个是否是NAMD本身的限制?

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-9-21 21:12:15

po390 发表于 2024-9-21 17:15
付老师,您好,您的namd-xtb脚本非常好用帮我解决了不少问题,非常感谢!
不过使用中我遇到一个问题,发现无论x ...

你是不是看错了，默认xtb使用所有的核心跑的(top可以看到xtb线程占用超过100%的CPU)，要设置
export OMP_NUM_THREADS=<ncores>,1
环境变量才能更改核心数。

po390 · 发表于 Post on 2024-9-22 10:52:06

fhh2626 发表于 2024-9-21 21:12
你是不是看错了，默认xtb使用所有的核心跑的(top可以看到xtb线程占用超过100%的CPU)，要设置
export OMP ...

谢谢老师的提醒!
之前已经设置过,但还是无法多核运行xtb,
不过老师的话提醒了我,我发现是我个人使用习惯的问题,我在运行namd时加上+setcpuaffinity 导致运行时xtb无法多核,去掉之后就可以了,
不过为啥+setcpuaffinity的影响会这里?

yjb · 发表于 Post on 2024-12-5 15:45:40

本帖最后由 yjb 于 2024-12-5 15:47 编辑

付老师，我用NAMD+ORCA，用BFEE2做了预处理，跑一个蛋白配体的构象翻转过程。现在遇到QM区域缺失元素类型的问题。一个是orca的报错，一个是qm区域的坐标选择。

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-12-6 09:31:48

yjb 发表于 2024-12-5 15:45
付老师，我用NAMD+ORCA，用BFEE2做了预处理，跑一个蛋白配体的构象翻转过程。现在遇到QM区域缺失元素类型的 ...

NAMD的QM/MM有点怪，需要PDB最右边一列显式指定元素类型，缺失原子类型是这个原因

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-12-6 09:31:50

yjb 发表于 2024-12-5 15:45
付老师，我用NAMD+ORCA，用BFEE2做了预处理，跑一个蛋白配体的构象翻转过程。现在遇到QM区域缺失元素类型的 ...

NAMD的QM/MM有点怪，需要PDB最右边一列显式指定元素类型，缺失原子类型是这个原因

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-12-6 09:31:51

yjb 发表于 2024-12-5 15:45
付老师，我用NAMD+ORCA，用BFEE2做了预处理，跑一个蛋白配体的构象翻转过程。现在遇到QM区域缺失元素类型的 ...

NAMD的QM/MM有点怪，需要PDB最右边一列显式指定元素类型，缺失原子类型是这个原因

yjb · 发表于 Post on 2024-12-6 13:27:31

fhh2626 发表于 2024-12-6 09:31
NAMD的QM/MM有点怪，需要PDB最右边一列显式指定元素类型，缺失原子类型是这个原因

谢谢付老师，现在出现一个新的问题，QM-MM bonds的设置出现了问题，可以在哪里找到参考资料吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-12-6 13:38:01

yjb 发表于 2024-12-6 13:27
谢谢付老师，现在出现一个新的问题，QM-MM bonds的设置出现了问题，可以在哪里找到参考资料吗？

这个得看看官方文档了

yjb · 发表于 Post on 2024-12-6 13:52:58

谢谢付老师，解决了。

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[程序/脚本开发] NAMD-xtb QM/MM interface

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