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[GROMACS] md模拟NVT系综运算问题

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楼主
老师同学们好!我想请问一下各位,就是我在完成了NPT系综的运算模拟后,在进行NVT系综的模拟时,打开log文件时总是显示在step0处不动了(有log附件),请问各位知道是什么原因吗?我所用的mdp文件是NPT系综时用的mdp文件,前面运算都正常也能正常生成tpr文件,就是运算生成NVT系综的log文件时好几天没动静,打开out文件出现Wrote pdb files with previous and current coordinates的字样。还请各位有知道是什么原因的老师或同学能够帮我解答一下,谢谢大家了!

mdNVT.log

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发表于 Post on 2017-12-1 00:39:34 | 只看该作者 Only view this author
先换成最新版本,不行再找原因,光看你的描述看不出什么来
如果最新版本也这样,top看看是否还在算,如果mdrun没用-v参数,加上-v再计算,看终端显示什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 09:24:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 00:39
先换成最新版本,不行再找原因,光看你的描述看不出什么来
如果最新版本也这样,top看看是否还在算,如果m ...

谢谢sob老师!我尝试一下

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