请问应该是刚性的小分子在模拟中弯曲是否正常呢？

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-24 17:51:42

我的小分子有一个共轭多烯长链，我使用GVIEW产生的构形，然后使用antechamber用am1-bcc的方法拟合的电荷，最后用acpype转换为gromacs的格式，但是在模拟的过程中，发现这个共轭多烯链发生了弯曲，貌似有SP2-SP2杂化的C-C键发生了旋转，请问这样的模拟结果合理吗？如果不合理是哪一步出现了问题呢？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-11-24 18:06:14

正常，很大的分子即使局部再刚性，有限温度下有弯曲也是正常的

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-24 18:18:38

liyuanhe211 发表于 2017-11-24 18:06
正常，很大的分子即使局部再刚性，有限温度下有弯曲也是正常的

嗯嗯。谢谢！但是我想不通一点就是，失去了平面刚性，按道理不是荧光会减弱吗？为什么实验做出来这种情况荧光增强了.....所以我觉得是不是我的模拟有点虚假的成分在里面....

另外请问如何判断我的模拟结果是否正确呢？我感觉很迷.....总觉得怪怪的..

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-11-24 19:46:57

jase20 发表于 2017-11-24 18:18
嗯嗯。谢谢！但是我想不通一点就是，失去了平面刚性，按道理不是荧光会减弱吗？为什么实验做出来这种情况 ...

相对于谁增强了

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-11-24 22:03:42

截图来看看才知道是什么情况

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-25 14:45:27

liyuanhe211 发表于 2017-11-24 19:46
相对于谁增强了

右边是初始结构，左边是模拟平衡之后算出来的平均结构.....这个反式构像都变成顺式的了...相对于没有被binding的情况....
貌似说gmx covar算出来的平均结构不是很准确...不知道是不是因为平均结构的问题...

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-25 14:47:03

fhh2626 发表于 2017-11-24 22:03
截图来看看才知道是什么情况

谢谢您，截图我刚发上去了...

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-11-27 18:37:51

jase20 发表于 2017-11-25 14:47
谢谢您，截图我刚发上去了...

像是拓扑文件里把双键识别为单键了

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-27 21:30:02

fhh2626 发表于 2017-11-27 18:37
像是拓扑文件里把双键识别为单键了

我用的antechamber产生的参数文件，top里有这个二面角约束项

wbn · 发表于 Post on 2017-11-28 00:28:46

个人觉得这点程度的弯曲没什么问题

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[GROMACS] 请问应该是刚性的小分子在模拟中弯曲是否正常呢？

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