请问GMX 如何实现分子间的约束即constraint？

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-4 04:09:10

我想把两个小分子的某一部分约束在一起，但是查了手册，【constraint】是属于moleculartype里的参数，也就是只能适用与分子内部，而不能用于分子间。请问如果要实现分子间的约束，应该如何操作呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-11-4 09:54:15

分子间的约束，那是restraint吧，就要涉及到定义colvar

可以用plumed实现，具体可以查看一下plumed用户手册

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-11-4 11:27:32

妳可以考慮按照這篇中文教學中(應該就是樓上說的restraint)
第六步: NVT平衡限制配体
1. 对配体施加限制
2. 处理温度耦合组

這篇是描述如何將蛋白和配體綁再一起
我覺得同理應該也能綁分子

sobereva · 发表于 Post on 2017-11-5 00:10:13

没法直接实现，可以把两个分子弄到同一个moleculetype里再约束

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-5 00:16:33

fhh2626 发表于 2017-11-4 09:54
分子间的约束，那是restraint吧，就要涉及到定义colvar

可以用plumed实现，具体可以查看一下plumed用户 ...

嗯嗯，我去看看plumed的手册，非常感谢，在网上看到有colvar和NAMD联用的

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-5 00:18:00

HarrisLin 发表于 2017-11-4 11:27
妳可以考慮按照這篇中文教學中(應該就是樓上說的restraint)
第六步: NVT平衡限制配体
1. 对配体施加 ...

谢谢拉，不过这个不是我想实现的那个功能，这样的限制只能对单个分子起作用。

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-5 00:18:26

sobereva 发表于 2017-11-5 00:10
没法直接实现，可以把两个分子弄到同一个moleculetype里再约束

谢谢sob老师

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-11-6 11:39:20

jase20 发表于 2017-11-5 00:16
嗯嗯，我去看看plumed的手册，非常感谢，在网上看到有colvar和NAMD联用的

plumed和colvars都是自由能计算引擎，其中colvars支持NAMD和LAMMPS，plumed支持gromacs，amber等等，它们做的事情是相同的

你如果用NAMD的话就可以用colvars，我可以详细给你说一下用法

jase20 · 发表于 Post on 2017-11-11 09:32:58

fhh2626 发表于 2017-11-6 11:39
plumed和colvars都是自由能计算引擎，其中colvars支持NAMD和LAMMPS，plumed支持gromacs，amber等等，它们 ...

非常感谢！

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