固定原子优化问题

让你变成回忆

需要用VASP优化超胞的表面，现在的想法是需要固定超胞中下面几层的原子，而上面几层的原子优化时可以移动。

现在遇到的是问题是：对于这个超胞有很多原子（几百个），但POSCAR文件中是按照元素类型来排序原子坐标，因此如果直接生成POSCAR文件中不确定哪些原子需要固定。我现在采用的做法是通过MS先做成固定原子的cif，然后用vesta转成poscar；然后再把不需要固定的原子从ms导出cif，再转成poscar.  请教一下如果要实现这个过程，有更好、更方便的方法吗？  先谢谢了~

jiangning198511

把CIF文件导成POSCAR文件，按照Z方向坐标排序，根据Z方向坐标固定即可

卡开发发

我能想到三种方法，你看哪种方便就用哪种：
1、直接根据原子分数坐标的z分量的范围来判断，写个python或者其他语言的小程序就可以了。
2、如果不会编程的话也可以把产生坐标的格式稍微处理一下，然后拷贝到Excel对z分量做个排序，这样要被固定的原子相对比较集中，输入"F F F"往下拖就行，相对写个小程序反而操作麻烦许多。
3、如果你对vi或者ue编辑器稍微熟悉点的话，可以这么做：对要固定的原子在MS下给磁矩初猜，用CASTEP计算选项卡打开自旋极化后，在计算选项卡中files-save files，产生的文件有一个隐藏的cell文件，被标记的原子旁边会有spin的大小，你可以用这个区分原子是否需要固定，最后利用列操作删除元素符号和自旋信息，贴到POSCAR即可。

让你变成回忆

jiangning198511 发表于 2017-10-17 09:23
把CIF文件导成POSCAR文件，按照Z方向坐标排序，根据Z方向坐标固定即可

好的，谢谢，我去试试！

让你变成回忆

卡开发发 发表于 2017-10-17 09:33
我能想到三种方法，你看哪种方便就用哪种：
1、直接根据原子分数坐标的z分量的范围来判断，写个python或者 ...

好的，谢谢老师~

万里云

1. 安装ASE库
2. 读入poscar文件，根据z坐标添加约束
3. 输出POSCAR

让你变成回忆

卡开发发 发表于 2017-10-17 09:33
我能想到三种方法，你看哪种方便就用哪种：
1、直接根据原子分数坐标的z分量的范围来判断，写个python或者 ...

老师您好，按照你的第二种做法，我尝试了。并且可以知道哪些原子需要添加F F F， 但是接下来的问题是： 我这些固定的原子并不是只有一种原子，而是两种或多种， 这样做了以后岂不是原子的顺序完全打乱了？

卡开发发

让你变成回忆 发表于 2017-10-18 11:09
老师您好，按照你的第二种做法，我尝试了。并且可以知道哪些原子需要添加F F F， 但是接下来的问题是：  ...

添加完T和F之后再取消排序

万里云

举个例子：固定所有分数坐标c轴分量小于等于0.5的原子

from ase.io import read, write
from ase.constraints import FixAtoms

crystal = read("POSCAR", format="vasp")
constraint = FixedAtoms(indices=[atom.index for atom in crystal if atom.c <= 0.5])
crystal.set_constraint(constraint)
write(crystal, "POSCAR.new", format="vasp")

616514185

让你变成回忆 发表于 2017-10-18 11:09
老师您好，按照你的第二种做法，我尝试了。并且可以知道哪些原子需要添加F F F， 但是接下来的问题是：  ...

我也在用这种方法 记得删除元素名称。