关于gromacs模拟过程中mdp的咨询

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-10-13 08:17:33

背景介绍：自己自学gromacs，然后参加过sob老师的培训班，现在想实战。想模拟纯有机分子做成的薄膜（film）。
我的思路如下：
1：高斯构建有机分子，并初步优化。
2：构建GAFF力场，并拟合RESP电荷修改。
3：通过packmol建盒子。
我目前进行到这里。问题如下：
1：后面需要能量极小化（em），还需要eq和prod过程吗？
mdp文件应该是有退火过程，是NPT还是NVP，这个是属于md过程吧？
还是说，我的这个盒子，直接em，然后就NPT，在NVT？
2：具体的规范过程一般是什么流程？
3：自己对mdp文件了解的比较少，有没有模板参考？培训班到是给出了几个模板，用这个做NVT或者NPT吗？

哎，最后这一部分思路有点乱，自己写的也不清楚。望老师指点一二，谢谢指点。

lyfchem · 发表于 Post on 2017-10-13 08:46:32

Impact of Dielectric Constant on the Singlet−Triplet Gap in Thermally Activated Delayed Fluorescence Materials这篇文章是模拟固相的一个很好的思路很简单的操作不需要你那么复杂你可以看看

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-10-13 09:33:50

本帖最后由小范范1989 于 2017-10-13 09:35 编辑

lyfchem 发表于 2017-10-13 08:46
Impact of Dielectric Constant on the Singlet−Triplet Gap in Thermally Activated Delayed Fluore ...

谢谢，孙老师和钟老师的文章。我很早之前看过了，一种用PCM来代替器件的方法。
现在想添加分子间相互作用，激子耦合等等，所以需要gromacs得到结构。然后在通过后续计算来衡量。所以，想通过gromacs得到film。谢谢指点

wbn · 发表于 Post on 2017-10-13 10:36:07

本帖最后由 wbn 于 2017-10-13 10:38 编辑

em , eq 和 prod 过程都是缺一不可的

em的目的是防止一开始原子排布不合理导致能量过高系统崩溃。
eq的目的是通过长时间MD使得你的系统达到平衡态，从而使得结果分析有意义
prod的目的是记录原子轨迹（或速度），从而进行分析

至于是要NVT还是NPT还是NVE那得根据你自己的需要来确定。如果你是均相液体盒子的话可以NPT到底，如果有分相的话可能先NPT再NVT，如果做动力学也有可能先NPT再NVE这样比较精确。
我没参加过培训班。mdp 文件样本可以从Justin Lemkul 的tutorial里面找。你也可以把他的教程走一遍算是学习了

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-10-13 12:22:09

wbn 发表于 2017-10-13 10:36
em , eq 和 prod 过程都是缺一不可的

em的目的是防止一开始原子排布不合理导致能量过高系统崩溃。

谢谢指点，也就是em eq prod三个过程不能缺少。
我就是研究一种有机分子做成的薄膜，没有掺杂。
所以，em不用加退火过程？后面的eq和prod需要加退伙？那md相当于那个过程呢？

同时咨询一下，假如说最后模拟完了，通过轨迹如何选取我要研究的一个薄膜的构型？
通过找能量最小的结构点还是通过簇的分析找出现概率最多的团簇，还是什么其他的选取方式，针对我这个研究体系。
谢谢指点，咨询gromacs，有很多不懂得地方。

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-13 13:31:36

你应当仔细从头到尾复习一遍科音动力学培训班的讲义，系统性极强，比网上任何乱七八糟资料都强百倍，justin那个更是完全没必要看，把培训班内容完全弄懂后会发现他那个教程不仅非常不系统，还有不少bug

你仔细把培训班里模拟乙醇纯溶液的过程都跑一遍（所有输入输出文件也都给了），搞懂每一步的流程和含义，搞懂mdp里关键词的目的（“GROMACS的使用基础”那一节幻灯片里讲得非常清楚，原理在“分子动力学的基本原理与算法”那一节也讲得超级清楚），如果哪一步没懂，再具体问

PS：听你的描述让人误以为好像培训班里什么都没讲一样，好像参加的是山寨培训一样...幻灯片多达1200页，输入输出文件共计1300多个，可谓做得没法更系统详细了，真不信世界上哪还有比这更好的gromacs学习资源。

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-13 13:38:30

你问的讲义上全都有

“GROMACS的使用基础”部分十分充分地解释了mdp常用的选项的含义

培训里不仅给了不同过程mdp模板，还给了几十个不同问题不同体系的十分完整详细的例子，每个例子各有特点，适当变通，在与你研究的体系最接近的体系的mdp基础上修改。光是只占整个培训一小节的均相体系的模拟都有89页

怎么做退火在前述mdp介绍部分里已经详解了，“气相分子、分子团簇与纳米液滴的模拟”那一节还有具体例子。慢慢退火，且反复执行退火，选最终能量最低的。

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-10-13 14:47:55

sobereva 发表于 2017-10-13 13:31
你应当仔细从头到尾复习一遍科音动力学培训班的讲义，系统性极强，比网上任何乱七八糟资料都强百倍，justin ...

谢谢sob老师指点，自己太心急了，想直接用gromacs来做。培训班的讲义自己没有静心查看学习。
谢谢sob老师指点，我仔细研读一下讲义，练习一下例子。谢谢老师

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