在产生相模拟时，模拟时间多少比较合适？

guoy14iccas

在做MD模拟时，平衡一段时间最终拿来分析的时候一般会看一下密度，能量的波动大小，但是不知道波动误差是多少，有的实验上没有这种密度大小可以参照。所以有的时候糊涂该选多久作为模拟时间？也不是越长越好，但多少合适？另外为了合理的消除时间关联性，多少间隔取snapshot比较合理？望有经验者老师指点。非常感谢

xylz6188

                           Initial        Final      Average    Std. Dev.
                             -------        -----      -------    ---------
Tot. energy (kcal/mol)     28571.393    28328.488    28389.842       69.935
Pot. energy (kcal/mol)     21930.218    21773.567    21770.209       61.274
Kin. energy (kcal/mol)      6641.174     6554.921     6619.633       59.083
Tot. enthalpy (kcal/mol)   29354.775    28093.637    28441.021      139.140
Temperature (K)              359.000      354.337      357.836        3.194
Pressure (GPa)                 0.031       -0.009        0.002        0.005
Volume (A^3)               175456.329    175763.115    175707.815       76.804
Density (g/cm^3)               0.698        0.697        0.697        0.000
比如，这是我做的，看最初设置的温度和最后得到的平均温度，越接近越好，密度等也是一样的

guoy14iccas

xylz6188 发表于 2017-9-23 10:05
Initial        Final      Average    Std. Dev.
                          ...

恩，多谢你的回复，我也这样对照，但仍然无法控制跑多久时间。还是这就没有标准？

xylz6188

先跑个10-20ps试试，看看是否能到到预期平衡，后面可以适当再跑几十个ps

fhh2626

要看你研究的问题，对于非平衡模拟，事件结束了就可以停止了，比如你模拟水中的一个bubble爆炸，那当然是在bubble消失，水的密度稳定以后就可以停止了

对于平衡模拟，要观测到整个事件的发生和结束，就需要知道事件的时间尺度。比如水中氢键的解离和形成是ps级别的过程，那在体系平衡了之后跑个1ns就有充分的样本来分析水中的氢键了。如果研究蛋白质和配体的相互作用，或者蛋白质自身的结构变化，这样的过程通常是几百ns或者是微秒级别的，那就需要进行微秒或者毫秒级别的平衡模拟
PS:平衡模拟当然是越长越好