利用NAMD将两个或多个原子组合起来

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-8 02:18:04

请问各位大神：我现在想要把体系中几个单个的原子通过某种方法组合起来，并固定他们的相对位置，使它们在后面的模拟过程中作为整体来运动。这些原子都是我新定义的，所以他们的top以及par都比较简略，想知道有什么办法可以做到吗？是通过建立原子间的constrain还是用类似成键的方式呢？谢谢大家！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-8 09:17:14

本帖最后由 fhh2626 于 2017-9-8 19:08 编辑

用colvars定义一个distance的restrain,(可能同时也要定义一些angle和dihedral的）
如果是部分原子的相对位置相同的话，也可以定义RMSD的restrain

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-9 04:54:38

fhh2626 发表于 2017-9-8 09:17
用colvars定义一个distance的restrain,(可能同时也要定义一些angle和dihedral的）
如果是部分原子的相对位 ...

感谢回复！我的意思简单来说就是，因为我定义的pdb里面只有一些单个的原子，我想这些原子的其中几个就按照原始的坐标组合在一起，然后在后面模拟的过程中他们的相对位置就不变了，这样可以做到吗？

P.S 我会先去查看您说的方法的manual，在此感谢您的回复！

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-20 05:47:20

fhh2626 发表于 2017-9-8 09:17
用colvars定义一个distance的restrain,(可能同时也要定义一些angle和dihedral的）
如果是部分原子的相对位 ...

您好，我最近看了一些有关的说明。但是还不是很懂应该怎么操作，可以请您再说详细一些吗？我就是想要固定体系中几个原子的相对位置，让他们在后续的模拟运动过程中作为一个整体来运动

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-20 05:49:29

fhh2626 发表于 2017-9-8 09:17
用colvars定义一个distance的restrain,(可能同时也要定义一些angle和dihedral的）
如果是部分原子的相对位 ...

或者说还有什么办法？我试过extra bond，但是感觉后期处理多原子的时候有些麻烦。而且我希望我选中的原子组合在一起以后能够像真正的分子一样运动，不会出现两个分子重合或是有部分插在一起这种情况，可以做到吗？谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-20 17:43:04

本帖最后由 fhh2626 于 2017-9-20 17:45 编辑

Will_h 发表于 2017-9-20 05:49
或者说还有什么办法？我试过extra bond，但是感觉后期处理多原子的时候有些麻烦。而且我希望我选中的原子 ...

config文件里面写：
colvars on
colvarsConfig xxx.in

xxx.in里面定义colvar:
这是定义了一个colvar，这个colvar描述的是几个原子相对于一个reference的RMSD，你只要施加约束，让RMSD值保持为0就能保证原子的相对位置
colvar {
name xxx
rmsd{
...这里定义原子和reference，见教程
}
}
定义约束
harmonic{
colvars xxx
centers 0
forceconstant xxx
}

具体怎么设置看NAMD教程的colvars部分，然后看NAMD tutorial的自由能计算tutorial（ABF那个），里面有很多colvar的设定

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-21 02:33:08

fhh2626 发表于 2017-9-20 17:43
config文件里面写：
colvars on
colvarsConfig xxx.in

我明白您的意思了，太感谢了！您说的abf是那个"Adaptive Biasing Force Calculations in NAMD"这个教程吧？

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-23 01:32:18

Will_h 发表于 2017-9-21 02:33
我明白您的意思了，太感谢了！您说的abf是那个"Adaptive Biasing Force Calculations in NAMD"这个教程吧 ...

您好，不好意思，在打扰您一下。我想请教，如果我用给RMSD加restrain的方法进行后续的模拟，会不会出现分子（即我通过上述方式组合的多个原子）运动时互相重叠，或是互相交叉起来的情况呢？如果回的话，可以避免吗？谢谢！

tobeant · 发表于 Post on 2017-9-24 10:14:47

是不是可以考虑在top中将这些原子键联，在par中把其中的力常数调的非常大，如9999，这样可以近似看成为一个整体？

Will_h · 发表于 Post on 2017-9-25 03:18:20

tobeant 发表于 2017-9-24 10:14
是不是可以考虑在top中将这些原子键联，在par中把其中的力常数调的非常大，如9999，这样可以近似看成为一个 ...

感谢回复！你说的方法我试过，用键来限制可能不太适合我后续的目的，因为我可能需要所有原子都要重新定义，再加上二面角什么的，会比较麻烦

Will_h · 发表于 Post on 2017-10-10 02:41:11

fhh2626 发表于 2017-9-20 17:43
config文件里面写：
colvars on
colvarsConfig xxx.in

您好，不好意思打扰您了又！我在设定clovers参数时还是会出错，能否请您再详细一点告诉我设置的参数呢？以及我还有一个问题，如果我真的把RMSD限制在0，会不影响我后面对其（整体）施加Tkfource使其移动有影响呢？谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-10-10 10:07:59

Will_h 发表于 2017-10-10 02:41
您好，不好意思打扰您了又！我在设定clovers参数时还是会出错，能否请您再详细一点告诉我设置的参数呢？ ...

不会影响的

具体出错指的是？

colvar {
name RMSD

rmsd {
   atoms {
      atomsFile ./ligand.pdb
   atomsCol B
   atomsColValue 1.0
   }
   refpositionsfile  ./ligand.pdb
}
}

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