计算水溶液中有机小分子的聚集体数目

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-8-31 11:13:40

老师好，我使用GMX来模拟有机小分子在水溶液中的聚集，看多少浓度下能形成聚集体，以及聚集体中有机分子的数目，即形成几聚体，二聚体、三聚体等
我使用GMX自带的分析gmx cluster来分析，发现结果总不对，请问有做过这样的研究的么？具体参数又是怎么设置的呢？谢谢指教！

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-8-31 11:32:57

我最近正好也在鼓捣gromacs，研究AIE。其中一个文章我感觉不错，你看看。还有其他的，你可以搜搜

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-8-31 12:03:15

小范范1989 发表于 2017-8-31 11:32
我最近正好也在鼓捣gromacs，研究AIE。其中一个文章我感觉不错，你看看。还有其他的，你可以搜搜

好的，谢谢您，我看看

gchen001 · 发表于 Post on 2017-8-31 16:57:31

gmx cluster 一般是分析时间序列的同一种分子在空间的聚类分析，不适合处理这种小分子聚集数目的问题吧？

应该针对每一帧的数据判断有机分子之间的两两距离，根据自己设计的算法和判据，判断二聚体或者多聚体的数目。类似问题可以用MDanalysis python 库或者GMX支持的C 自己编写。

http://manual.gromacs.org/online/xtc.html

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-8-31 19:04:26

gchen001 发表于 2017-8-31 16:57
gmx cluster 一般是分析时间序列的同一种分子在空间的聚类分析，不适合处理这种小分子聚集数目的问题吧？
...

谢谢您，我对编写代码一窍不通额，请问上述哪个方法简单一些？MD analysis python 使用这个有什么教程之类的么？

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-31 19:23:36

你要用的不应当是gmx cluster，而是gmx clustsize。后者可以很容地讨论这类问题。

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-8-31 19:43:35

sobereva 发表于 2017-8-31 19:23
你要用的不应当是gmx cluster，而是gmx clustsize。后者可以很容地讨论这类问题。

好的，我研究研究，谢谢sob老师！

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-8-31 19:50:29

sobereva 发表于 2017-8-31 19:23
你要用的不应当是gmx cluster，而是gmx clustsize。后者可以很容地讨论这类问题。

我看以前一个帖子上写的，是不是要得到只含有这个有机分子的tpr文件和ndx文件才能计算？

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-31 20:20:09

苏玖染发表于 2017-8-31 19:50
我看以前一个帖子上写的，是不是要得到只含有这个有机分子的tpr文件和ndx文件才能计算？

ndx不是必需的
需要什么文件你用-h显示帮助就知道了

gchen001 · 发表于 Post on 2017-9-1 21:00:52

苏玖染发表于 2017-8-31 19:04
谢谢您，我对编写代码一窍不通额，请问上述哪个方法简单一些？MD analysis python 使用这个有什么教程之 ...

既然有现成的工具肯定更方便些。 gmx clustsize 确实很适合你的问题。
MD analysis 处理各种类型轨迹文件也很方便，主要是自由度比较高。 http://www.mdanalysis.org/
里面有很多例子和教程。

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-12-8 08:55:16

本帖最后由苏玖染于 2017-12-8 09:17 编辑

sob老师，像这样平衡之后，我想知道形成聚集体的分子的原子序号(因为是两种分子)，判断是同种分子聚集，还是异种分子聚集，应该怎么办？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-8 15:03:26

苏玖染发表于 2017-12-8 08:55
sob老师，像这样平衡之后，我想知道形成聚集体的分子的原子序号(因为是两种分子)，判断是同种分子聚集，还 ...

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