PMF曲线问题

zhaoxin

各位大神好，最近遇到 了一个问题，就是客体分子在环肽纳米管内自由能曲线遇到的能垒很高，对于客体分子来说很难克服，是不是说客体分子就很难进入管内，但是实际上客体分子是进入了管内的，这个自由能曲线不能很好的和模拟结果相一致，这是什么原因呢？PMF曲线和客体分子在管内位置随时间的变化如下图。烦请大家指导帮助

fhh2626

反应坐标是什么意思？如果只是单纯的客体分子在环肽纳米管中的运动的话，PMF应该对称，这个自由能计算还没有收敛。

另外，你怎么确定“实际上客体分子是进入了管内的”？

zhaoxin

fhh2626 发表于 2017-8-8 16:28
反应坐标是什么意思？如果只是单纯的客体分子在环肽纳米管中的运动的话，PMF应该对称，这个自由能计算还没 ...

反应坐标是z轴，这个自由能我模拟了25ns,时间上可能还是不够，但是这个趋势是不是对的呢？上图2就给出了客体分子在管内的运动情况，分子进入管内占据一个位置，基本就不会在向其他位置移动，只是在占据位置上不断的运动，我想问的是分子在管内遇到的能垒很高，理论上应该进不到管内才是，可实际上进去，这是我不能理解的。麻烦大家了

fhh2626

zhaoxin 发表于 2017-8-9 10:54
反应坐标是z轴，这个自由能我模拟了25ns,时间上可能还是不够，但是这个趋势是不是对的呢？上图2就给出了 ...

还是没看懂你的描述。。。我猜你的反应坐标是客体分子与碳纳米管的质心距离？如果是这样的话PMF的趋势还算是合理的

你MD的初始结构是什么，如果初始结构药物分子就在管内的话那根据这个自由能曲线，分子就很有可能因为动力学控制而卡在一个位置。如果药物分子在管外的话，我不太相信它会自发的进入管内

fhh2626

fhh2626 发表于 2017-8-9 15:32
还是没看懂你的描述。。。我猜你的反应坐标是客体分子与碳纳米管的质心距离？如果是这样的话PMF的趋势还 ...

根据这个PMF，用传统MD方法不太可能观测到药物自发的进入管内的过程

zhaoxin

fhh2626 发表于 2017-8-9 15:32
还是没看懂你的描述。。。我猜你的反应坐标是客体分子与碳纳米管的质心距离？如果是这样的话PMF的趋势还 ...

因为环肽管的管轴就是z轴方向，所以反应坐标是z轴，在做自由能曲线时初始时客体分子是在管内的，然后进入的abf采样模拟，但是关于图2，初始时客体分子并不在管内，而是在模拟过程中进入了管内，因为能垒较高，所以无法解释图2的结果，也不知道问题出在哪里了