药物与蛋白作用的问题

xxxjjjqqq · 发表于 Post on 2017-7-4 21:16:06

各位老师，有一药物分子是我觉得先通过非共价作用进入蛋白的口袋，然后再与位置刚好的残基反应，成键。但有人觉得可能在蛋白表面的残基更好反应。请问怎么能通过计算说明第一种方式更容易更快呢？有没有类似的文献介绍呢？

kunkun · 发表于 Post on 2017-7-7 22:12:24

先模拟一个复合物动力学，看看药物和蛋白口袋怎么相互作用，再模拟一个药物和蛋白表面的结合，看看稳定程度，之后再做合理猜测吧。

xxxjjjqqq · 发表于 Post on 2017-7-9 08:43:30

谢谢老师，我先试试

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-7-10 02:09:02

本帖最后由 HarrisLin 于 2017-7-10 02:10 编辑

先確認沒有已知文獻提到這個配體和蛋白的接合方式實際點突變實驗>純模擬實驗 (避免無用功)

將藥物用Docking接到你要的兩個區域進行比較
第一個前提當然是Docking接得上去
第二可以考慮用Docking通常都有內建的打分看哪個比較好
第三就是用軟體分析Docking後的interaction好壞

如果Docking分析覺得差不多
或許就可以把Docking完的結構各自拿去做MD
看RMSD表現分析穩定度還有成鍵的穩定度

因為MD終究是比較吃硬體設備的步驟
如果有經費和設備的限制
或許可以考慮先用Docking的方式去分析
個人的一點淺見供你參考

xxxjjjqqq · 发表于 Post on 2017-7-10 17:32:51

但是docking和MD好像都没有考虑成共价键的，我想知道的是哪两种环境下反应容易进行。不知道我的理解对不对

HarrisLin · 发表于 Post on 2017-7-11 01:23:29

xxxjjjqqq 发表于 2017-7-10 17:32
但是docking和MD好像都没有考虑成共价键的，我想知道的是哪两种环境下反应容易进行。不知道我的理解对不对

原來你也是要做共價
我們實驗室也一個要共價現在悲劇的
不過據說薛丁格出品的軟體裡有一個可以算共價(我忘記名稱
你可以去找一下用用看
不過如果是試用版
可能得思考要怎麼發表
不然可能會被告

kunkun · 发表于 Post on 2017-7-11 11:46:20

我觉得先加个限制势看看，共价键的话要把药物分子自己写进top文件，比较麻烦，还要补参数。

k64_cc · 发表于 Post on 2017-7-29 14:22:02

其实你可以考虑只研究小分子的扩散和捕捉，先按机理找可能的反应位点，然后靠大量动力学模拟研究蛋白是如何捕捉小分子的。

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