详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换

Uus/pMeC6H4-/キ

OpenBabel可以把带*号标记连接点的SMILES字符串转换成带*号原子的xyz文件，如C(*)*对应于

1. 5
   
2. 
   
3. C          1.01196        0.08344       -0.04608
   
4. *          0.75682        0.08590       -0.76817
   
5. *          1.77780        0.08344       -0.04595
   
6. H          0.64206       -0.82410        0.47374
   
7. H          0.64206        0.98740        0.47992

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当然它不符合http://sobereva.com/477提到的用元素名标记原子的惯例，试图载入multiwfn会有提示

1. Warning: Found unknown element "* ", assume it is carbon

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然而实际识别的结构在*坐标处并不是碳原子而是镁原子，与上述提示不符。

不过考虑到当成碳原子会与原有的碳原子混淆而损失信息，我觉得更合适的行为应该像molden和wfn文件那样，遇到无法辨认的元素名当成鬼原子处理并用Bq标记。