混晶界面的建模以及界面态密度，巴德电荷分析等问题

樱花菜鸟

各位老师，在文献中看到有人构建W2C/WS2的异质界面，文中用到了W2C表面的W的D轨道态密度，和W2C/WS2界面W的D轨道态密度，也采用了 巴德电子分析的方法对这种界面进行研究，由于我做的体系和他差不多，所以也想采用相同的计算分析方法，但是技术有限，有很多问题。异质界面的间距如何调整？选择间距的依据有什么？建好模型后如何只算表面原子的态密度？以及如何选择某一层的原子做态密度分析？巴德电子分析如何做？

樱花菜鸟

@jiewei 老师，请您指导

sobereva

巴德这个人名翻译得太糟糕，要是不知道Bader，根本不知道这是指什么
除了波普尔以外，理论计算界的人名都不应当翻译

樱花菜鸟

sobereva 发表于 2017-5-23 13:33
巴德这个人名翻译得太糟糕，要是不知道Bader，根本不知道这是指什么
除了波普尔以外，理论计算界的人名都 ...

好吧，bader charge analysis，我想要说到的是这个

樱花菜鸟

sobereva 发表于 2017-5-23 13:33
巴德这个人名翻译得太糟糕，要是不知道Bader，根本不知道这是指什么
除了波普尔以外，理论计算界的人名都 ...

老师，能给予指导吗？@sobereva

卡开发发

樱花菜鸟 发表于 2017-5-23 15:21
好吧，bader charge analysis，我想要说到的是这个

0、首先按照论坛规则避免使用“好吧”http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%BA%C3%B0%C9

1、

在文献中看到有人构建W2C/WS2的异质界面，文中用到了W2C表面的W的D轨道态密度，和W2C/WS2界面W的D轨道态密度，也采用了 巴德电子分析的方法对这种界面进行研究

本人眼力不强，窃以为文献用的方法是VASP+VESTA来完成计算作图的。

2、

建好模型后如何只算表面原子的态密度？以及如何选择某一层的原子做态密度分析？

对于CASTEP（因为你标题给的是CASTEP的），你可以性质计算勾选DOS以及Calculate PDOS的选项，然后选中所关注的原子，在Analysis中分析PDOS。对于VASP，可以构型优化完成后，进行单点自洽并使用LORBIT关键词，之后DOS可以使用spilt_dos脚本划分PDOS，也可以使用p4vasp直接选中关注原子对应的编号或者种类进行PDOS分析。
注：对于PDOS划分，castep采用的划分是Mulliken，而VASP采用的是Wigner-Seiz半径，两者结果有时候不一定一致。

3、

以及如何选择某一层的原子做态密度分析？

一般还是使用Henkelman组的Bader那个程序比较方便，但一般都得产生全电子的密度格点文件才行。CASTEP暂时没啥办法，之前有check2xsf这样的程序能够转化cub文件，本人尝试下来不算好用，另外因使用超软赝势，要重新构造成全电子的密度也很麻烦。对于VASP，Bader程序提供了chksum.pl能够合并芯电子和价电子密度，然后通过Bader电荷分析即可。

先不说建模的问题，这些问题都是程序学习的基本问题，无论是做PDOS/LDOS还是做Bader电荷，网上都有相当丰富的资料，一层楼很难写全涉及到的全部问题。

樱花菜鸟

卡开发发 发表于 2017-5-23 18:16
0、首先按照论坛规则避免使用“好吧”http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=334&highlig ...

对不起，不是有意的，下次注意。@sobereva @卡开发发
老师说的对，文献中是用VASP来计算的。但是我们组的只有castep基础，所以我也首选castep。至于之间的区别也没有深究，只要能证明我的问题就好了。
我的情况是这样子的，我做了一个混晶材料，存在大量的异质界面，然后我想通过计算来证明在混晶界面处的金属原子相比于在单晶中存在的金属原子，其电子云密度发生变化，电子重新排布。目前的我还在建模阶段，我选择两个晶体的优势晶面进行优化，然后使用build layers将两个晶面合并，并且匹配误差小于5%，建立模型之后再优化，然后再用castep里的energy，properties里选择Density of state和Electron density different，我的思路对吗？