蛋白-配體MD後RMSD分析問題

HarrisLin

各位前輩好
目前正在做蛋白配體MD後的數據分析
不過網路上的教學看完做了後有點困惑所以上來請教
網路上的教學只說兩次輸4看protein的backbone-backbone RMSD 做出來如下圖


目標是做出像圖a/b這樣蛋白-配體一起的骨架RMSD以及單獨配體骨架的RMSD


目的是用來證明蛋白-配體的相對位置變化不會過大
因此目標的蛋白-配體間氫鍵能穩定生成發揮作用


(MOL是我的配體)

那麼在Gromacs RMSD分析選單中 第一次輸入和第二次輸入分別要怎麼選才能產生我所需的a/b兩圖?
還是我得先去研究如何建立蛋白配體骨架和配體骨架.ndx的方法讓他們出現在選單中?
因為google發現 蛋白-配體MD分析和建立.ndx的詳細教學似乎很少或是我抓錯關鍵字
只好先上來請教了

謝謝

sobereva

默认的组里面backbone和MOL分别对应蛋白骨架原子和配体所有原子，如果你要得到“骨架+配体”的RMSD，必须利用make_ndx工具生成一个把backbone和MOL合并的组，假设叫backbone_MOL。

RMSD分析界面第一个让你选择使轨迹对哪个组来消除平动和转动（即对哪个组做Align），第二个让你选择输出哪个组的RMSD。因此第一步选backbone_MOL，第二步时候，如果选backbone_MOL给出的就是蛋白质骨架+配体的RMSD，如果选MOL就是配体的RMSD。