新手请教关于力场选择和参数修改问题

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-5-13 21:41:31

我研究的体系是两相界面体系，一相为纤维素，一相为有机分子水溶液，研究在界面的相互作用
1.若有机分子选用GAFF力场，纤维素选用GLYCAM力场，它们都与Amber力场完全兼容，而GMX中不含有这两个力场参数，那么在写top文件的时候，选用的水、离子和一些小分子应该选择GMX中amber库中哪个参数文件呢？还是这种情况选择AMBER软件来做更合适一些？
2.若纤维素和有机小分子都用opls力场，但发现tppmktop生成的有机小分子的top文件有很多参数缺失，我看有书上说opls力场的键参数形式和amber力场相同，那是否就可以参照上面的GAFF力场的键参数修改呢？还有非键参数应该怎么处理？
希望有老师可以解答，谢谢！

gchen001 · 发表于 Post on 2017-5-14 00:59:11

请参考 http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
mktop的电荷需要自己给定。
用antechamebr对小分子建模，acpype转换成gmx格式即可。

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-14 01:01:43

1 建议用amber
想办法把GLYCAM搞到GROMACS里用也可以，此时水就用TIP3P，离子用amber99的，小分子用acpype产生基于GAFF力场的
2 我不推荐OPLS

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-5-14 06:13:11

sobereva 发表于 2017-5-14 01:01
1 建议用amber
想办法把GLYCAM搞到GROMACS里用也可以，此时水就用TIP3P，离子用amber99的，小分子用acpype ...

好的👌，多谢sob老师！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 新手请教关于力场选择和参数修改问题

浏览过的版块